[QE-users] [SPAM] outRelax001.txt

Paolo Giannozzi paolo.giannozzi at uniud.it
Thu Apr 18 15:08:53 CEST 2024


I confirm: it runs on 2 nodes with 4 GPUs (of a big machine)

Paolo

On 17/04/2024 16:45, Paolo Giannozzi wrote:
> I think it is just a problem of memory: it's a rather big job
> 
> Paolo
> 
> PS: 'dft-d3' or 'DFT-D3', 'dft-D3' is not recognized (note the warning 
> in the output)
> 
> On 17/04/2024 11:20, Vor st via users wrote:
>> Dear users and developers,
>> &CONTROL
>>    calculation = 'relax'
>>    etot_conv_thr =   6.0000000000d-05
>>    forc_conv_thr =   1.0000000000d-04
>>    outdir = './out/'
>>    prefix = 'aiida'
>>    pseudo_dir = './pseudo/'
>>    tprnfor = .true.
>>    tstress = .true.
>>    verbosity = 'high'
>>    tprnfor = .true.
>>    tstress = .true.
>>    verbosity = 'high'
>>    tefield       = .true.
>>    dipfield      = .true.
>>    wf_collect = .true.
>>    !max_seconds = 64800
>> /
>> &SYSTEM
>>    degauss =   0.02
>>    ecutrho =   5.0000000000d+02
>>    ecutwfc =   5.0000000000d+01
>>    ibrav = 0
>>    nat = 192
>>    !nosym = .true.
>>    !nspin = 2
>>    ntyp = 2
>>    occupations = 'smearing'
>>    smearing = 'gaussian'
>>    vdw_corr = 'dft-D3'
>>    edir        = 3
>>    emaxpos     = 0.85
>>    eopreg      = 0.0357419858
>>    eamp        = 0.0
>> /
>> &ELECTRONS
>>    !conv_thr =   1.2000000000d-09
>>    electron_maxstep = 300
>>    mixing_beta =   4.0000000000d-01
>> /
>> &ions
>> /
>> &cell
>> /
>> ATOMIC_SPECIES
>> O      15.9994 O.pbesol-n-kjpaw_psl.0.1.UPF
>> Ti     47.867 ti_pbesol_v1.4.uspp.F.UPF
>> ATOMIC_POSITIONS crystal
>> O    0.0000000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.0000000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.0000000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.0000000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.8750000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.3750000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
>> O    0.6250000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.1250000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.3750000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.6250000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
>> Ti    0.8750000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
>> O    0.0000000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.0000000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.0000000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.0000000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.2500000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.5000000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.7500000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
>> O    0.1250000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.1250000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.1250000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.1250000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.0000000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.2500000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.5000000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
>> O    0.7500000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.0000000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.2500000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.5000000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
>> Ti    0.7500000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.8750000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.1250000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.1250000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.1250000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.1250000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.3750000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
>> O    0.6250000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
>> K_POINTS automatic
>> 3 3 2 0 0 0
>> CELL_PARAMETERS angstrom
>>       15.0734840000       0.0000000000       0.0000000000
>>        0.0000000000      15.0734840000       0.0000000000
>>        0.0000000000       0.0000000000      27.9783000000
>> I have problem with calculation, it stops after 2nd iteration with 
>> message:
>> iteration #  2     ecut=    50.00 Ry     beta= 0.40
>>       Davidson diagonalization with overlap
>> ---- Real-time Memory Report at c_bands before calling an iterative 
>> solver
>>            3039 MiB given to the printing process from OS
>>            1923 MiB allocation reported by mallinfo(arena+hblkhd)
>>           63989 MiB available memory on the node where the printing 
>> process lives
>> ------------------
>> Is there any solutions, like parallelization by k points  
>> or G-vectors, npools,ndiag
>> #SBATCH --nodes=1
>> #SBATCH -n 56
>> export MKL_NUM_THREADS=1
>> export OMP_NUM_THREADS=1
>> 128 gb RAM  48 streams
>> Bes regards,
>> -- 
>> Vorobyev Stepan
>> ITMO university , Infochemistry science centre
>>
>> _______________________________________________
>> The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian
>> people and expresses its concerns about the devastating
>> effects that the Russian military offensive has on their
>> country and on the free and peaceful scientific, cultural,
>> and economic cooperation amongst peoples
>> _______________________________________________
>> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (www.max-centre.eu)
>> users mailing list users at lists.quantum-espresso.org
>> https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users
> 

-- 
Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,
Univ. Udine, via delle Scienze 206, 33100 Udine Italy, +39-0432-558216


More information about the users mailing list