[QE-users] [SPAM] outRelax001.txt

Paolo Giannozzi paolo.giannozzi at uniud.it
Wed Apr 17 16:45:02 CEST 2024


I think it is just a problem of memory: it's a rather big job

Paolo

PS: 'dft-d3' or 'DFT-D3', 'dft-D3' is not recognized (note the warning 
in the output)

On 17/04/2024 11:20, Vor st via users wrote:
> Dear users and developers,
> &CONTROL
>    calculation = 'relax'
>    etot_conv_thr =   6.0000000000d-05
>    forc_conv_thr =   1.0000000000d-04
>    outdir = './out/'
>    prefix = 'aiida'
>    pseudo_dir = './pseudo/'
>    tprnfor = .true.
>    tstress = .true.
>    verbosity = 'high'
>    tprnfor = .true.
>    tstress = .true.
>    verbosity = 'high'
>    tefield       = .true.
>    dipfield      = .true.
>    wf_collect = .true.
>    !max_seconds = 64800
> /
> &SYSTEM
>    degauss =   0.02
>    ecutrho =   5.0000000000d+02
>    ecutwfc =   5.0000000000d+01
>    ibrav = 0
>    nat = 192
>    !nosym = .true.
>    !nspin = 2
>    ntyp = 2
>    occupations = 'smearing'
>    smearing = 'gaussian'
>    vdw_corr = 'dft-D3'
>    edir        = 3
>    emaxpos     = 0.85
>    eopreg      = 0.0357419858
>    eamp        = 0.0
> /
> &ELECTRONS
>    !conv_thr =   1.2000000000d-09
>    electron_maxstep = 300
>    mixing_beta =   4.0000000000d-01
> /
> &ions
> /
> &cell
> /
> ATOMIC_SPECIES
> O      15.9994 O.pbesol-n-kjpaw_psl.0.1.UPF
> Ti     47.867 ti_pbesol_v1.4.uspp.F.UPF
> ATOMIC_POSITIONS crystal
> O    0.0000000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.0000000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.0000000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.0000000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.0000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.2500000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.5000000000    0.0000000000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.7500000000    0.0000000000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.0000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.2500000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.5000000000    0.0145140000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.7500000000    0.0145140000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.1250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.3750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.6250000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.8750000000    0.0290280000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.8750000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.3750000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.0000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.2500000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.5000000000    0.0853770000    0    0    0
> O    0.6250000000    0.7500000000    0.0853770000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.1250000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.3750000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.6250000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.1250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.3750000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.6250000000    0.0998910000    0    0    0
> Ti    0.8750000000    0.8750000000    0.0998910000    0    0    0
> O    0.0000000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.0000000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.0000000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.0000000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.2500000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.5000000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.1250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.3750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.6250000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.7500000000    0.8750000000    0.1144060000    0    0    0
> O    0.1250000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.1250000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.1250000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.1250000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.1250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.3750000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.6250000000    0.1707550000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.8750000000    0.1707550000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.1250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.3750000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.6250000000    0.1852690000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.8750000000    0.1852690000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.0000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.2500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.5000000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.7500000000    0.1997830000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.0000000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.2500000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.5000000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.1250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.3750000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.6250000000    0.2561320000    1    1    1
> O    0.7500000000    0.8750000000    0.2561320000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.0000000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.2500000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.5000000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.0000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.2500000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.5000000000    0.2706460000    1    1    1
> Ti    0.7500000000    0.7500000000    0.2706460000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.8750000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.1250000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.1250000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.1250000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.1250000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.3750000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.0000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.2500000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.5000000000    0.2851600000    1    1    1
> O    0.6250000000    0.7500000000    0.2851600000    1    1    1
> K_POINTS automatic
> 3 3 2 0 0 0
> CELL_PARAMETERS angstrom
>       15.0734840000       0.0000000000       0.0000000000
>        0.0000000000      15.0734840000       0.0000000000
>        0.0000000000       0.0000000000      27.9783000000
> I have problem with calculation, it stops after 2nd iteration with message:
> iteration #  2     ecut=    50.00 Ry     beta= 0.40
>       Davidson diagonalization with overlap
> ---- Real-time Memory Report at c_bands before calling an iterative solver
>            3039 MiB given to the printing process from OS
>            1923 MiB allocation reported by mallinfo(arena+hblkhd)
>           63989 MiB available memory on the node where the printing 
> process lives
> ------------------
> Is there any solutions, like parallelization by k points  or G-vectors, 
> npools,ndiag
> #SBATCH --nodes=1
> #SBATCH -n 56
> export MKL_NUM_THREADS=1
> export OMP_NUM_THREADS=1
> 128 gb RAM  48 streams
> Bes regards,
> --
> Vorobyev Stepan
> ITMO university , Infochemistry science centre
> 
> _______________________________________________
> The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian
> people and expresses its concerns about the devastating
> effects that the Russian military offensive has on their
> country and on the free and peaceful scientific, cultural,
> and economic cooperation amongst peoples
> _______________________________________________
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (www.max-centre.eu)
> users mailing list users at lists.quantum-espresso.org
> https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users

-- 
Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,
Univ. Udine, via delle Scienze 206, 33100 Udine Italy, +39-0432-558216


More information about the users mailing list