[Wannier] TB hopping integral from Wannier90
Nick Papior
nickpapior at gmail.com
Wed Oct 12 17:46:08 CEST 2016
On 12 Oct 2016 4:41 pm, "Riemann Derakhshan" <riemann.derakhshan at gmail.com>
wrote:
>
> Dear Users and developers,
>
> I've done the wannier90 calculations for extracting TB parameters of
graphene as a toy example. I've put only P_z in each carbon atoms (Two P_z
orbitals in the unit cell).
>
> I've done the calculations without any warning and error. But now I have
two question about the output of Wannier90 package as listed below.
>
> 1. Real space hopping integrals and Onsite terms are stored in a
seedname_hr.dat file, what is the energy unit for this hopping and Onsite
values ( Ry or eV?)?
The wannier90 user guide says that energy units are always in eV. (8.1.1)
>
> 2. Since I've interested in the hopping and Onsite terms in the original
unit cell, I've found them in my seedname_hr.dat file as below:
>
> 0 0 0 1 1 -1.662862 0.000000
> 0 0 0 2 1 -2.796273 0.000000
> 0 0 0 1 2 -2.796273 0.000000
> 0 0 0 2 2 -1.662863 0.000000
>
> now my question is this, which of above rows corresponding to the Onsite
term and hopping between P_z orbitals (V_pp\pi)?
The Hamiltonian output file is described in sec. 8.18, and give information
about the meaning of each number on the lines. Specifically the first line
you quote corresponds to:
1-3 the integer lattice vector offsets,
4-5, the m and n indices, in order of your projections,
6-7 the real and imaginary part of the Hamiltonian elements.
On site H are then lines with :
0 0 0 m m Hr Hi
The rest should follow.
>
> It would be a great help if You give me a detailed guidance about my
questions and I'll appreciate it. Herewith I've attached my QE and
Wannier90 input files.
>
> Sincerely Yours
> Riemann
>
> ==================================== SCF INPUT
=========================================================================
> &CONTROL
> calculation = 'scf' ,
> wf_collect = .true. ,
> outdir = './' ,
> pseudo_dir = './' ,
> prefix = 'calc' ,
> verbosity = 'high' ,
> tstress = .true. ,
> tprnfor = .true. ,
> /
> &SYSTEM
> ibrav = 4,
> celldm(1) = 4.6509939378d0,
> celldm(3) = 8.1261173411d0,
> nat = 2,
> ntyp = 1,
> input_dft = 'PBE',
> ecutwfc = 60.0d0 ,
> occupations = 'smearing' ,
> degauss = 0.002000d0 ,
> smearing = 'gaussian' ,
> /
> &ELECTRONS
> conv_thr = 1.0e-8,
> mixing_mode = 'plain' ,
> mixing_beta = 0.200d0 ,
> diagonalization = 'david' ,
> /
> ATOMIC_SPECIES
> C 12.01070 C.rel-pbe-nc.UPF
> ATOMIC_POSITIONS {alat}
> C 0.0000000000d0 0.0000000000d0 4.0630586706d0
> C 0.5000000000d0 0.2886751346d0 4.0630586706d0
> K_POINTS automatic
> 12 12 1 0 0 0
>
> ======================================== NSCF INPUT
=================================================================
>
> &CONTROL
> calculation = 'nscf' ,
> wf_collect = .true. ,
> outdir = './' ,
> pseudo_dir = './' ,
> prefix = 'calc' ,
> verbosity = 'high' ,
> tstress = .true. ,
> tprnfor = .true. ,
> /
> &SYSTEM
> ibrav = 4,
> celldm(1) = 4.6509939378d0,
> celldm(3) = 8.1261173411d0,
> nat = 2,
> ntyp = 1,
> nbnd = 20,
> input_dft = 'PBE',
> ecutwfc = 60.0d0 ,
> occupations = 'smearing' ,
> degauss = 0.002000d0 ,
> smearing = 'gaussian' ,
> /
> &ELECTRONS
> conv_thr = 1.0e-8,
> mixing_mode = 'plain' ,
> mixing_beta = 0.200d0 ,
> diagonalization = 'david' ,
> /
> ATOMIC_SPECIES
> C 12.01070 C.rel-pbe-nc.UPF
> ATOMIC_POSITIONS {alat}
> C 0.0000000000d0 0.0000000000d0 4.0630586706d0
> C 0.5000000000d0 0.2886751346d0 4.0630586706d0
> K_POINTS crystal
> 144
> 0.00000000 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.00000000 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.08333333 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.16666667 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.25000000 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.33333333 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.41666667 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.50000000 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.58333333 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.66666667 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.75000000 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.83333333 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.00000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.08333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.16666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.25000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.33333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.41666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.50000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.58333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.66666667 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.75000000 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.83333333 0.00000000 6.944444e-03
> 0.91666667 0.91666667 0.00000000 6.944444e-03
>
> ======================================== .Win INPUT
=================================================================
> num_bands = 20
> num_wann = 2
> num_iter = 200
>
>
> hr_plot = .true.
> bands_plot = true
>
> begin kpoint_path
> G 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 M 0.5000000000
0.0000000000 0.0000000000
> M 0.5000000000 0.0000000000 0.0000000000 K 0.3333333333
0.3333333333 0.0000000000
> K 0.3333333333 0.3333333333 0.0000000000 G 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000
> end kpoint_path
>
> Begin Atoms_Frac
> C1 0.0000000 0.0000000 0.5000000
> C2 0.6666667 0.3333333 0.5000000
> End Atoms_Frac
>
> Begin Projections
> C1:pz
> C2:pz
> End Projections
>
> Begin Unit_Cell_Cart
> bohr
> 4.650993937800000E+000 0.000000000000000E+000 0.000000000000000E+000
> -2.325496968900000E+000 4.027878902982507E+000 0.000000000000000E+000
> 0.000000000000000E+000 0.000000000000000E+000 3.779452249130756E+001
> End Unit_Cell_Cart
>
> mp_grid = 12 12 1
>
> begin kpoints
> 0.00000000 0.00000000 0.00000000
> 0.00000000 0.08333333 0.00000000
> 0.00000000 0.16666667 0.00000000
> 0.00000000 0.25000000 0.00000000
> 0.00000000 0.33333333 0.00000000
> 0.00000000 0.41666667 0.00000000
> 0.00000000 0.50000000 0.00000000
> 0.00000000 0.58333333 0.00000000
> 0.00000000 0.66666667 0.00000000
> 0.00000000 0.75000000 0.00000000
> 0.00000000 0.83333333 0.00000000
> 0.00000000 0.91666667 0.00000000
> 0.08333333 0.00000000 0.00000000
> 0.08333333 0.08333333 0.00000000
> 0.08333333 0.16666667 0.00000000
> 0.08333333 0.25000000 0.00000000
> 0.08333333 0.33333333 0.00000000
> 0.08333333 0.41666667 0.00000000
> 0.08333333 0.50000000 0.00000000
> 0.08333333 0.58333333 0.00000000
> 0.08333333 0.66666667 0.00000000
> 0.08333333 0.75000000 0.00000000
> 0.08333333 0.83333333 0.00000000
> 0.08333333 0.91666667 0.00000000
> 0.16666667 0.00000000 0.00000000
> 0.16666667 0.08333333 0.00000000
> 0.16666667 0.16666667 0.00000000
> 0.16666667 0.25000000 0.00000000
> 0.16666667 0.33333333 0.00000000
> 0.16666667 0.41666667 0.00000000
> 0.16666667 0.50000000 0.00000000
> 0.16666667 0.58333333 0.00000000
> 0.16666667 0.66666667 0.00000000
> 0.16666667 0.75000000 0.00000000
> 0.16666667 0.83333333 0.00000000
> 0.16666667 0.91666667 0.00000000
> 0.25000000 0.00000000 0.00000000
> 0.25000000 0.08333333 0.00000000
> 0.25000000 0.16666667 0.00000000
> 0.25000000 0.25000000 0.00000000
> 0.25000000 0.33333333 0.00000000
> 0.25000000 0.41666667 0.00000000
> 0.25000000 0.50000000 0.00000000
> 0.25000000 0.58333333 0.00000000
> 0.25000000 0.66666667 0.00000000
> 0.25000000 0.75000000 0.00000000
> 0.25000000 0.83333333 0.00000000
> 0.25000000 0.91666667 0.00000000
> 0.33333333 0.00000000 0.00000000
> 0.33333333 0.08333333 0.00000000
> 0.33333333 0.16666667 0.00000000
> 0.33333333 0.25000000 0.00000000
> 0.33333333 0.33333333 0.00000000
> 0.33333333 0.41666667 0.00000000
> 0.33333333 0.50000000 0.00000000
> 0.33333333 0.58333333 0.00000000
> 0.33333333 0.66666667 0.00000000
> 0.33333333 0.75000000 0.00000000
> 0.33333333 0.83333333 0.00000000
> 0.33333333 0.91666667 0.00000000
> 0.41666667 0.00000000 0.00000000
> 0.41666667 0.08333333 0.00000000
> 0.41666667 0.16666667 0.00000000
> 0.41666667 0.25000000 0.00000000
> 0.41666667 0.33333333 0.00000000
> 0.41666667 0.41666667 0.00000000
> 0.41666667 0.50000000 0.00000000
> 0.41666667 0.58333333 0.00000000
> 0.41666667 0.66666667 0.00000000
> 0.41666667 0.75000000 0.00000000
> 0.41666667 0.83333333 0.00000000
> 0.41666667 0.91666667 0.00000000
> 0.50000000 0.00000000 0.00000000
> 0.50000000 0.08333333 0.00000000
> 0.50000000 0.16666667 0.00000000
> 0.50000000 0.25000000 0.00000000
> 0.50000000 0.33333333 0.00000000
> 0.50000000 0.41666667 0.00000000
> 0.50000000 0.50000000 0.00000000
> 0.50000000 0.58333333 0.00000000
> 0.50000000 0.66666667 0.00000000
> 0.50000000 0.75000000 0.00000000
> 0.50000000 0.83333333 0.00000000
> 0.50000000 0.91666667 0.00000000
> 0.58333333 0.00000000 0.00000000
> 0.58333333 0.08333333 0.00000000
> 0.58333333 0.16666667 0.00000000
> 0.58333333 0.25000000 0.00000000
> 0.58333333 0.33333333 0.00000000
> 0.58333333 0.41666667 0.00000000
> 0.58333333 0.50000000 0.00000000
> 0.58333333 0.58333333 0.00000000
> 0.58333333 0.66666667 0.00000000
> 0.58333333 0.75000000 0.00000000
> 0.58333333 0.83333333 0.00000000
> 0.58333333 0.91666667 0.00000000
> 0.66666667 0.00000000 0.00000000
> 0.66666667 0.08333333 0.00000000
> 0.66666667 0.16666667 0.00000000
> 0.66666667 0.25000000 0.00000000
> 0.66666667 0.33333333 0.00000000
> 0.66666667 0.41666667 0.00000000
> 0.66666667 0.50000000 0.00000000
> 0.66666667 0.58333333 0.00000000
> 0.66666667 0.66666667 0.00000000
> 0.66666667 0.75000000 0.00000000
> 0.66666667 0.83333333 0.00000000
> 0.66666667 0.91666667 0.00000000
> 0.75000000 0.00000000 0.00000000
> 0.75000000 0.08333333 0.00000000
> 0.75000000 0.16666667 0.00000000
> 0.75000000 0.25000000 0.00000000
> 0.75000000 0.33333333 0.00000000
> 0.75000000 0.41666667 0.00000000
> 0.75000000 0.50000000 0.00000000
> 0.75000000 0.58333333 0.00000000
> 0.75000000 0.66666667 0.00000000
> 0.75000000 0.75000000 0.00000000
> 0.75000000 0.83333333 0.00000000
> 0.75000000 0.91666667 0.00000000
> 0.83333333 0.00000000 0.00000000
> 0.83333333 0.08333333 0.00000000
> 0.83333333 0.16666667 0.00000000
> 0.83333333 0.25000000 0.00000000
> 0.83333333 0.33333333 0.00000000
> 0.83333333 0.41666667 0.00000000
> 0.83333333 0.50000000 0.00000000
> 0.83333333 0.58333333 0.00000000
> 0.83333333 0.66666667 0.00000000
> 0.83333333 0.75000000 0.00000000
> 0.83333333 0.83333333 0.00000000
> 0.83333333 0.91666667 0.00000000
> 0.91666667 0.00000000 0.00000000
> 0.91666667 0.08333333 0.00000000
> 0.91666667 0.16666667 0.00000000
> 0.91666667 0.25000000 0.00000000
> 0.91666667 0.33333333 0.00000000
> 0.91666667 0.41666667 0.00000000
> 0.91666667 0.50000000 0.00000000
> 0.91666667 0.58333333 0.00000000
> 0.91666667 0.66666667 0.00000000
> 0.91666667 0.75000000 0.00000000
> 0.91666667 0.83333333 0.00000000
> 0.91666667 0.91666667 0.00000000
> End Kpoints
>
> --
> PhD. student of Physics
> Physics Department of Damghan University
> Tel : +98 938 903 6759
> P.O.Box:36716-41167
> Damghan, Iran
>
>
>
> Sent with Mailtrack
>
> _______________________________________________
> Wannier mailing list
> Wannier at quantum-espresso.org
> http://mailman.qe-forge.org/cgi-bin/mailman/listinfo/wannier
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/wannier/attachments/20161012/2588cba1/attachment.html>
More information about the Wannier
mailing list