<html dir="ltr">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
<body ocsi="0" fpstyle="1" class="" style="word-wrap:break-word">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">I changed the ppn down to 1 and restart the last part. It's successful and finished just in a few seconds. Thank you very much!<br>
Xu Huang<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF852036"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> pw_forum-bounces@pwscf.org [pw_forum-bounces@pwscf.org] on behalf of Giovanni Cantele [giovanni.cantele@spin.cnr.it]<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, September 23, 2015 2:45 AM<br>
<b>To:</b> PWSCF Forum<br>
<b>Subject:</b> Re: [Pw_forum] Problem in average.x<br>
<div>Try to relaunch it on just one processor, usually it is very fast and it does not require parallelization.
<div class=""><br class="">
<div class="">Giovanni</div>
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 23 Sep 2015, at 00:06, Huang, Xu <<a href="mailto:xu-huang@uiowa.edu" class="" target="_blank">xu-huang@uiowa.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="" style="font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px; direction:ltr; font-family:Tahoma; font-size:10pt">
Dear all,<br class="">
<br class="">
I'm using QE to plot the layer-averaged potential for hematite (Fe2O3) surface slabs. I did scf (pw.x) first, then got the potential (pp.x), and finally tried to make layer-averaged potential (average.x) along surface normal. The first 2 steps were successful
 and finished in ~10 minutes. But in the last step, the output file of average.x just stopped at the beginning for several days without any new update like this:<br class="">
----------------------<br class="">
     Program AVERAGE v.5.1.1 starts on 20Sep2015 at 16:58:27<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<br class="">
     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite<br class="">
     for quantum simulation of materials; please cite<br class="">
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);<br class="">
          URL<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://www.quantum-espresso.org/" class="" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org</a>",<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
     in publications or presentations arising from this work. More details at<br class="">
    <span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://www.quantum-espresso.org/quote" class="" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org/quote</a><br class="">
<br class="">
     Parallel version (MPI), running on    16 processors<br class="">
     R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =      16<br class="">
     Reading header from file  Fe2O3.potential<br class="">
<br class="">
   Info: using nr1, nr2, nr3 values from input<br class="">
<br class="">
   Info: using nr1s, nr2s, nr3s values from input<br class="">
----------------------<br class="">
<br class="">
And currently the all the files in the working directory are:<br class="">
       2779 Sep 20 16:48 QEneonscript_pot_avg<br class="">
            2 Sep 20 16:49 results<br class="">
       2150 Sep 20 16:49 Fe2O3.scf.in<br class="">
           19 Sep 20 16:58 temp<br class="">
    127237 Sep 20 16:58 Fe2O3.scf.out<br class="">
         138 Sep 20 16:58 Fe2O3.pp.in<br class="">
 16051771 Sep 20 16:58 Fe2O3.potential<br class="">
        2263 Sep 20 16:58 Fe2O3.pp.out<br class="">
            39 Sep 20 16:58 Fe2O3.avg.in<br class="">
          696 Sep 20 16:59 Fe2O3.avg.out<br class="">
<br class="">
I'm very confused about it. I don't know if I missed anything in the script for the last step. Here I added the entire run script (QEneonscript_pot_avg) of this calculation with all 3 steps below. Thank you very much for helping me with this!<br class="">
<br class="">
Regards,<br class="">
Xu Huang<br class="">
<br class="">
Below is the QEneonscript_pot_avg file:<br class="">
-----------------------------------------------------------<br class="">
#!/bin/bash<br class="">
#$ -S /bin/bash<br class="">
#$ -N uhv_pot<br class="">
#$ -cwd<br class="">
#$ -q UI<br class="">
#$ -l std_mem<br class="">
#$ -pe 16cpn 16<br class="">
<br class="">
module load espresso/5.1.1<br class="">
BIN_DIR=/opt/quantum-espresso/5.1.1/<br class="">
<br class="">
temp=$PWD/temp<br class="">
mkdir -p $temp<br class="">
<br class="">
results=$PWD/results<br class="">
mkdir -p $results<br class="">
<br class="">
cat > Fe2O3.scf.in <<EOF<br class="">
&CONTROL<br class="">
  calculation = 'scf',<br class="">
  pseudo_dir = '/Users/xhuang3/pwf/',<br class="">
  outdir='$temp/',<br class="">
  prefix = 'Fe2O3',<br class="">
/<br class="">
&SYSTEM<br class="">
  ibrav = 4,<br class="">
  celldm(1) = 9.536271655,<br class="">
  celldm(3) = 6.000000000,<br class="">
  nat = 30,<br class="">
  ntyp = 3,<br class="">
  ecutwfc = 35,<br class="">
  ecutrho = 280,<br class="">
  occupations = 'smearing',<br class="">
  smearing = 'mp',<br class="">
  degauss = 0.02,<br class="">
  nspin = 2,<br class="">
  starting_magnetization(1) =  0.5,<br class="">
  starting_magnetization(2) = -0.5,<br class="">
/<br class="">
&ELECTRONS<br class="">
  mixing_beta = 0.4,<br class="">
  conv_thr = 1.0d-6,<br class="">
/<br class="">
ATOMIC_SPECIES<br class="">
  Fe1  1.0  Fe.pbe-nd-rrkjus.UPF<br class="">
  Fe2  1.0  Fe.pbe-nd-rrkjus.UPF<br class="">
  O    1.0  O.pbe-rrkjus.UPF<br class="">
ATOMIC_POSITIONS {crystal}<br class="">
Fe1      0.333333330   0.333333330   0.019799034<br class="">
Fe2      0.666666670   0.000000000   0.060629428<br class="">
Fe2      0.000000000   0.666666670   0.075292861<br class="">
Fe1      0.333333330   0.333333330   0.135189943<br class="">
Fe1      0.666666670   0.000000000   0.155817104<br class="">
Fe2      0.000000000   0.666666670   0.210485936<br class="">
Fe2      0.333333330   0.333333330   0.232350369<br class="">
Fe1      0.666666670   0.000000000   0.287045648<br class="">
Fe1      0.000000000   0.666666670   0.307656149<br class="">
Fe2      0.333333330   0.333333330   0.367558597<br class="">
Fe2      0.666666670   0.000000000   0.382170005<br class="">
Fe1      0.000000000   0.666666670   0.423088504<br class="">
O       -0.008926107  -0.020983988   0.031308650<br class="">
O        0.321275458   0.675592765   0.031308650<br class="">
O        0.687650647   0.345391225   0.031308650<br class="">
O       -0.021172740   0.313345511   0.106625540<br class="">
O        0.667851616   0.687839421   0.106625540<br class="">
O        0.353321125  -0.001184934   0.106625540<br class="">
O        0.024534827   0.024970890   0.183306362<br class="">
O        0.333769369   0.642131830   0.183306362<br class="">
O        0.641695804   0.332897279   0.183306362<br class="">
O       -0.000469120   0.357826954   0.259526509<br class="">
O        0.691629403   0.667135802   0.259526509<br class="">
O        0.308839717  -0.024962756   0.259526509<br class="">
O       -0.019998485   0.001310105   0.336192461<br class="">
O        0.354641930   0.686665178   0.336192461<br class="">
O        0.665356554   0.312024717   0.336192461<br class="">
O        0.012004812   0.324454789   0.411508891<br class="">
O        0.645783306   0.654661835   0.411508891<br class="">
O        0.342211883   0.020883376   0.411508891<br class="">
K_POINTS (automatic)<br class="">
  4 4 1 1 1 1<br class="">
EOF<br class="">
<br class="">
mpirun -n 16 $BIN_DIR/pw.x < Fe2O3.scf.in > Fe2O3.scf.out<br class="">
<br class="">
cat > Fe2O3.pp.in <<EOF<br class="">
&inputpp<br class="">
  prefix = 'Fe2O3'<br class="">
  outdir='$temp/',<br class="">
  filplot = 'Fe2O3.potential'<br class="">
  plot_num = 1<br class="">
/<br class="">
EOF<br class="">
<br class="">
mpirun -n 16 $BIN_DIR/pp.x < Fe2O3.pp.in > Fe2O3.pp.out<br class="">
<br class="">
### average calculation<br class="">
cat > Fe2O3.avg.in <<EOF<br class="">
1<br class="">
Fe2O3.potential<br class="">
1.0d0<br class="">
480<br class="">
3<br class="">
4.000000<br class="">
EOF<br class="">
<br class="">
mpirun -n 16 $BIN_DIR/average.x < Fe2O3.avg.in > Fe2O3.avg.out<br class="">
<br class="">
mv Fe2O3.* $results/<br class="">
<br class="">
<span class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px; float:none; display:inline!important">_______________________________________________</span><br class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px">
<span class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px; float:none; display:inline!important">Pw_forum
 mailing list</span><br class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px">
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px">
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" class="" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a></div>
<br class="">
<div class="">-- <br class="">
<br class="">
Giovanni Cantele, PhD<br class="">
CNR-SPIN<br class="">
c/o Dipartimento di Fisica<br class="">
Universita' di Napoli "Federico II"<br class="">
Complesso Universitario M. S. Angelo - Ed. 6<br class="">
Via Cintia, I-80126, Napoli, Italy<br class="">
e-mail: <a href="mailto:giovanni.cantele@spin.cnr.it" class="" target="_blank">giovanni.cantele@spin.cnr.it</a><br class="">
Phone: +39 081 676910<br class="">
Skype contact: giocan74<br class="">
<br class="">
ResearcherID: <a href="http://www.researcherid.com/rid/A-1951-2009" class="" target="_blank">
http://www.researcherid.com/rid/A-1951-2009</a><br class="">
Web page: <a href="http://people.na.infn.it/~cantele" class="" target="_blank">http://people.na.infn.it/~cantele</a><br class="">
<br class="">