[Pw_forum] zero activation energy in NEB calculations
manchugh at iitk.ac.in
manchugh at iitk.ac.in
Wed Apr 16 15:41:35 CEST 2014
Dear all
I am doing NEB calculation to find the MEP between two states using
version neb-5.0.2. First, I want to get the path trajectory using no-CI
and after 10-15 iterations, if the path trajectory is stabilized, I will
use CI. But after 2nd iteration, the calculation is showing zero
activation energy. My system is Ga terminated surface of GaN(0001) and one
N atom is diffusing from one fcc site to another.
Here are my input and output files. (The output is not complete since job
is still running). Can anyone clarify why activation energy is zero?
BEGIN
BEGIN_PATH_INPUT
&PATH
restart_mode = 'from_scratch',
string_method = 'neb',
nstep_path = 20,
ds = 1.0D0,
opt_scheme = "broyden",
num_of_images = 6,
k_max = 0.6D0,
k_min = 0.4D0,
path_thr = 0.1D0,
/
END_PATH_INPUT
BEGIN_ENGINE_INPUT
&CONTROL
title = 'NEB_for_N_fcc'
prefix = 'symmetric_NfccNEB',
pseudo_dir = '/home/manchugh/pseudopotentials/',
outdir = '/home/manchugh/tmp/'
/
&SYSTEM
ibrav = 0 ,
celldm(1) = 6.088,
nat = 53 ,
ntyp = 3 ,
ecutwfc = 60.0 ,
ecutrho = 480.0 ,
input_dft = 'PBE' ,
occupations = 'smearing',
smearing = 'methfessel-paxton' ,
degauss = 0.05
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.D-6,
mixing_mode = 'local-TF',
mixing_beta = 0.5D0
/
&IONS
ion_dynamics = 'bfgs'
/
ATOMIC_SPECIES
Ga 69.723 Ga.pbe-n-van.UPF
N 14.006 N.pbe-van_ak.UPF
H 1.0079 H.pz-vbc_075.UPF
K_POINTS (automatic)
2 2 1 0 0 0
CELL_PARAMETERS {hexagonal}
2.00 0.00 0.00
1.00 1.732 0.00
0.00 0.00 9.756
BEGIN_POSITIONS
FIRST_IMAGE
ATOMIC_POSITIONS {crystal}
H 0.000000000 0.000000000 0.196479930 0 0 0
H 0.000000000 0.500000000 0.196479930 0 0 0
H 0.500000000 0.000000000 0.196479930 0 0 0
H 0.500000000 0.500000000 0.196479930 0 0 0
N 0.000000000 0.000000000 0.229502345 0 0 0
N 0.000000000 0.500000000 0.229502345 0 0 0
N 0.500000000 0.000000000 0.229502345 0 0 0
N 0.500000000 0.500000000 0.229502345 0 0 0
Ga 0.166666666 0.166666666 0.249992062 0 0 0
Ga 0.166666666 0.666666666 0.249992062 0 0 0
Ga 0.666666666 0.166666666 0.249992062 0 0 0
Ga 0.666666666 0.666666666 0.249992062 0 0 0
N 0.166666666 0.166666666 0.312865782 0 0 0
N 0.166666666 0.666666666 0.312865782 0 0 0
N 0.666666666 0.166666666 0.312865782 0 0 0
N 0.666666666 0.666666666 0.312865782 0 0 0
Ga 0.000000000 0.000000000 0.333276902 0 0 0
Ga 0.000000000 0.500000000 0.333276902 0 0 0
Ga 0.500000000 0.000000000 0.333276902 0 0 0
Ga 0.500000000 0.500000000 0.333276902 0 0 0
N 0.000000000 0.000000000 0.396156112 0 0 0
N 0.000000000 0.500000000 0.396156112 0 0 0
N 0.500000000 0.000000000 0.396156112 0 0 0
N 0.500000000 0.500000000 0.396156112 0 0 0
Ga 0.166666666 0.166666666 0.416443231 0 0 0
Ga 0.166666666 0.666666666 0.416443231 0 0 0
Ga 0.666666666 0.166666666 0.416443231 0 0 0
Ga 0.666666666 0.666666666 0.416443231 0 0 0
N 0.166666666 0.166666666 0.479347469 0 0 0
N 0.166666666 0.666666666 0.479347469 0 0 0
N 0.666666666 0.166666666 0.479347469 0 0 0
N 0.666666666 0.666666666 0.479347469 0 0 0
Ga 0.000000000 0.000000000 0.499538888
Ga 0.000000000 0.500000000 0.499538888
Ga 0.500000000 0.000000000 0.499538888
Ga 0.500000000 0.500000000 0.499538888
N 0.000000000 0.000000000 0.562604521
N 0.000000000 0.500000000 0.562604521
N 0.500000000 0.000000000 0.562604521
N 0.500000000 0.500000000 0.562604521
Ga 0.166666666 0.166666666 0.582839633
Ga 0.166666666 0.666666666 0.582839633
Ga 0.666666666 0.166666666 0.582839633
Ga 0.666666666 0.666666666 0.582839633
N 0.166666666 0.166666666 0.646698312
N 0.166666666 0.666666666 0.646698312
N 0.666666666 0.166666666 0.646698312
N 0.666666666 0.666666666 0.646698312
Ga 0.000000000 0.000000000 0.667589406
Ga 0.000000000 0.500000000 0.667589406
Ga 0.500000000 0.000000000 0.667589406
Ga 0.500000000 0.500000000 0.667589406
N 0.333333333 0.333333333 0.731223019
LAST_IMAGE
ATOMIC_POSITIONS {crystal}
H 0.000000000 0.000000000 0.196479930 0 0 0
H 0.000000000 0.500000000 0.196479930 0 0 0
H 0.500000000 0.000000000 0.196479930 0 0 0
H 0.500000000 0.500000000 0.196479930 0 0 0
N 0.000000000 0.000000000 0.229502345 0 0 0
N 0.000000000 0.500000000 0.229502345 0 0 0
N 0.500000000 0.000000000 0.229502345 0 0 0
N 0.500000000 0.500000000 0.229502345 0 0 0
Ga 0.166666666 0.166666666 0.249992062 0 0 0
Ga 0.166666666 0.666666666 0.249992062 0 0 0
Ga 0.666666666 0.166666666 0.249992062 0 0 0
Ga 0.666666666 0.666666666 0.249992062 0 0 0
N 0.166666666 0.166666666 0.312865782 0 0 0
N 0.166666666 0.666666666 0.312865782 0 0 0
N 0.666666666 0.166666666 0.312865782 0 0 0
N 0.666666666 0.666666666 0.312865782 0 0 0
Ga 0.000000000 0.000000000 0.333276902 0 0 0
Ga 0.000000000 0.500000000 0.333276902 0 0 0
Ga 0.500000000 0.000000000 0.333276902 0 0 0
Ga 0.500000000 0.500000000 0.333276902 0 0 0
N 0.000000000 0.000000000 0.396156112 0 0 0
N 0.166666666 0.666666666 0.479347469 0 0 0
N 0.666666666 0.166666666 0.479347469 0 0 0
N 0.666666666 0.666666666 0.479347469 0 0 0
Ga 0.000000000 0.000000000 0.499538888
Ga 0.000000000 0.500000000 0.499538888
Ga 0.500000000 0.000000000 0.499538888
Ga 0.500000000 0.500000000 0.499538888
N 0.000000000 0.000000000 0.562604521
N 0.000000000 0.500000000 0.562604521
N 0.500000000 0.000000000 0.562604521
N 0.500000000 0.500000000 0.562604521
Ga 0.166666666 0.166666666 0.582839633
Ga 0.166666666 0.666666666 0.582839633
Ga 0.666666666 0.166666666 0.582839633
Ga 0.666666666 0.666666666 0.582839633
N 0.166666666 0.166666666 0.646698312
N 0.166666666 0.666666666 0.646698312
N 0.666666666 0.166666666 0.646698312
N 0.666666666 0.666666666 0.646698312
Ga 0.000000000 0.000000000 0.667589406
Ga 0.000000000 0.500000000 0.667589406
Ga 0.500000000 0.000000000 0.667589406
Ga 0.500000000 0.500000000 0.667589406
N 0.833333333 0.333333333 0.731223019
END_POSITIONS
END_ENGINE_INPUT
END
Thank you
--
Manjusha
Research Scholar
Department of Chemistry
Indian Institute of Technology,Kanpur
India
More information about the users
mailing list