[Pw_forum] Getting NaN values in QHA calculations
Sanjeev Gupta
physics.skgupta at gmail.com
Thu May 30 06:35:58 CEST 2013
Dear Peram,
I am suspecting some imaginary frequencies in .fc file may lead to NaN.
Another issue may be not complied correctly. Did you tried the reproduce
the result another machine? did you got same error?
Looking to see your mail, it indicate something missing:
mv: cannot stat `Displacements': No such file or directory
equivalent atomic symbols are not found
be sure these things and let me know.
Best
Sanjeev
2013/5/28 Peram sreenivasa reddy <peramsreenivas at gmail.com>
> Dear Users,
>
> While i am doing QHA calculations I am not able to get
> mean square displacements and in case.QHA.out file NaN values are coming in
> F_vibration and entropy places. While running it is showing as below..
>
> forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 5, file stdin
> Image PC Routine Line
> Source
> Mean_square_displ 000000000047D58D Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 000000000047C095 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000434CF0 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 000000000040537F Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000404BB2 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 000000000041A24C Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000401349 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 00000000004011CC Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000488554 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 00000000004010A1 Unknown Unknown Unknown
> mv: cannot stat `Displacements': No such file or directory
> equivalent atomic symbols are not found
> forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 5, file stdin
> Image PC Routine Line
> Source
> Mean_square_displ 000000000047D58D Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 000000000047C095 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000434CF0 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 000000000040537F Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000404BB2 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 000000000041A24C Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000401349 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 00000000004011CC Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 0000000000488554 Unknown Unknown Unknown
> Mean_square_displ 00000000004010A1 Unknown Unknown Unknown
> mv: cannot stat `Displacements': No such file or directory
> ndiv from file === 343
> ndiv=== 343
> 5.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 10.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 15.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 20.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 25.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 30.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 35.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 40.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 45.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 50.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 55.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 60.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 65.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 70.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 75.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 80.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 85.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 90.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 95.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 100.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 105.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 110.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 115.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 120.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 125.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 130.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 135.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 140.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 145.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 150.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 155.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 160.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 165.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 170.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 175.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 180.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 185.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 190.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 195.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 200.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 205.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 210.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 215.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 220.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 225.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 230.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 235.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 240.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 245.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 250.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 255.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 260.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 265.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 270.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 275.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 280.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 285.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 290.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 295.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 300.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 305.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 310.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 315.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 320.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 325.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 330.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 335.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 340.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 345.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 350.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 355.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 360.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 365.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 370.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 375.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 380.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 385.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 390.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 395.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 400.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 405.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 410.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 415.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 420.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 425.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 430.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 435.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 440.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 445.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 450.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 455.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 460.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 465.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 470.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 475.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 480.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 485.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 490.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 495.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 500.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 505.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 510.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 515.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 520.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 525.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 530.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 535.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 540.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 545.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 550.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 555.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 560.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 565.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 570.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 575.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 580.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 585.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 590.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 595.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 600.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 605.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 610.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 615.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 620.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 625.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 630.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 635.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 640.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 645.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 650.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 655.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 660.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 665.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 670.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 675.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 680.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 685.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 690.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 695.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 700.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 705.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 710.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 715.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 720.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 725.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 730.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 735.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 740.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 745.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 750.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 755.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 760.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 765.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 770.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 775.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 780.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 785.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 790.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 795.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 800.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 805.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 810.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 815.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 820.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 825.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 830.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 835.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 840.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 845.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 850.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 855.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 860.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 865.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 870.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 875.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 880.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 885.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 890.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 895.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 900.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 905.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 910.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 915.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 920.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 925.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 930.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 935.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 940.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 945.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 950.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 955.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 960.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 965.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 970.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 975.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 980.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 985.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 990.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 995.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> 1000.00 12.04392410 0.00783003 NaN NaN
> Phonon DOS and Quasiharmonic calculations have finished.
> Now you can analyse these data using Gnuplot or xmgrace
> Enjoy!
> Can any one give solution to my problem...
>
> thank you in advance....
>
> _______________________________________________
> Pw_forum mailing list
> Pw_forum at pwscf.org
> http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum
>
--
With Best Regards,
------------------------------------
Dr. Sanjeev Kumar Gupta
Fulbright Post-Doctoral Scholar
Dept. of Physics
Michigan Technological University
1400 Townsend Drive, Houghton
MI 49931, USA
------------------------------------
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20130529/75d0b2e5/attachment.html>
More information about the users
mailing list