Dear Saeed,<div><br></div><div>How many k points are you using in the z direction</div><div>of your supercell ? Are you using Gamma sampling</div><div>for the orthogonal directions ?</div><div>Also, the wannier code does not order the wannier</div>
<div>functions at all, so make sure that the functions that</div><div>you are looking at are indeed the ones corresponding</div><div>to the proper locations.</div><div>At last, if you use the "translate_home_cell = .true."</div>
<div>option, the centers will be translated back to the original</div><div>supercell that you used. Sometimes, some wannier</div><div>functions that are very close to the plane separating</div><div>two adjacent supercells are translated all the way back</div>
<div>because of rounding.</div><div><br></div><div>hope this helps,</div><div><br></div><div>best,</div><div><br></div><div>Nicolas<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 30, 2011 at 3:40 AM, Saeed Bahramy <span dir="ltr"><<a href="mailto:bahramy@riken.jp">bahramy@riken.jp</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Dear Wannier90 developers,<br>
<br>
I have a supercell for which I've been able to make a TB model using<br>
wannier functions. The TB model seems to be working  fine. However the<br>
transfer matrix elements listed in seedname_hr.dat show somewhat<br>
unexpected values. Let's suppose my supercell consists of two unit<br>
cells along z direction and each cell contains 4 atoms. The relative<br>
positioning of atoms is such that atom #1 of cell #1 (let's call it<br>
A1) is located near the bottom of supercell and atom #4 of cel #2<br>
(let' call it A2) is close to the top of the supercell. In this case,<br>
I expect that the transfer matrix elements between A1-A2  to be quite<br>
small inside the supercell   (rvec= 0 0 0), whereas they should show<br>
appreciable values for rvec=0 0 1. However, what I see is totally<br>
opposite, i.e., A1-A2 elements are large for rvec=0 0 0 and quite<br>
small for rvec = 0 0 0. More strangely, for other two  atoms-adjacent<br>
to each other and  located well inside the first cell- I strangely<br>
encounter the situation which I normally expected for A1 and A2. So<br>
this basically means that the program shifts all the atoms along z-<br>
direction and, hence, assumes a different ordering for atomic<br>
positions inside the supercell. I was wondering, if this is a bug or<br>
there is an option to turn off such a reordering.<br>
<br>
Thanking you in advance,<br>
<br>
-----------------------------------------------------------<br>
Saeed Bahramy<br>
Correlated Electron Research Group<br>
Advanced Science Institute, RIKEN<br>
2-1 Hirosawa, Wako<br>
Saitama 351-0198 JAPAN<br>
TEL: <a href="tel:%2B81-48-462-1111" value="+81484621111">+81-48-462-1111</a> (EXT. 6013)<br>
FAX: <a href="tel:%2B81-48-462-4691" value="+81484624691">+81-48-462-4691</a><br>
Email: <a href="mailto:bahramy@riken.jp">bahramy@riken.jp</a><br>
-----------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Wannier mailing list<br>
<a href="mailto:Wannier@quantum-espresso.org">Wannier@quantum-espresso.org</a><br>
<a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/wannier" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/wannier</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>POILVERT Nicolas<br>PhD candidate,<br>Dpt of Materials Science and Engineering<br>Massachusetts Institute of Technology<br>77, Massachusetts avenue<br>Cambridge, MA 02139<br>
USA<br>work: (617) 452-4212<br><a href="mailto:nicolas.poilvert@gmail.com" target="_blank">nicolas.poilvert@gmail.com</a><br>
</div>