<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>first suggestion is start with "simple" calculations, then move to trickier ones (such as phonon dispersions). </div><div>Second suggestion is to follow tutorials to be fully aware of all the main issues you may face during a specific calculation.</div><div><br></div><div>This being said, some considerations about your questions:</div><div><br></div><div>i) it is absolutely "normal" that if you replicate a unit cell along one or more directions the number of bands increases</div><div>proportionally to the number of unit cells, even if you are making a calculation for a "perfect" undoped crystal.</div><div>You might want to study, for example, what happens to a one dimensional monoatomic chain with period a when you study it </div><div>in a doubled unit cell with period 2a. This is something you might find in textbooks and in web sites as well.</div><div>If your supercell is composed of N supercells of the original lattice, for each band of the latter you will get N bands of the former.</div><div>The explanation stands in the size of the Brillouin zone, whose volume reduces by a factor N. However, the "perfect" crystal with</div><div>its minimal primitive cell and the same with the supercell will have exactly the same "physics". For example, you should get</div><div>the same density of states, except for a factor N. What I've explained is generally referred to as "band folding". The change in the</div><div>volume and possibly the shape of the Brillouin zone also explain the fact that some point of the original Brillouin zone (e.g. K, M)</div><div>can be "folded" to a different point of the new Brillouin zone. In the monoatomic chain above mentioned, for example, the</div><div>Brillouin zone extremum pi/a gets folded to the gamma point.</div><div><br></div><div>ii) "<span style="font-family:tahoma,sans-serif"> </span><span style="font-family:tahoma,sans-serif">I am working with the un-relaxed unitcell" : what does it mean? Did you optimize the atomic positions? Calculation of phonon</span></div><div><span style="font-family:tahoma,sans-serif">frequencies is based on the assumption that the starting configuration is an equilibrium configuration, that is, zero forces.</span></div><div><span style="font-family:tahoma,sans-serif">So the first step is to optimize the atomic positions, sometimes you need to optimize them also with thresholds tighter than </span></div><div><span style="font-family:tahoma,sans-serif">those one normally uses to get equilibrium geometries. Starting from a non-equilibrium geometry means an unstable system and in turn</span></div><div><span style="font-family:tahoma,sans-serif">this results in negative phonon frequencies. Be careful to experience the calculation of phonons on very simple systems, the convergence</span></div><div><span style="font-family:tahoma,sans-serif">of the frequencies is harder to obtain than other properties, such as band structure or bond lengths.</span></div><div><span style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></span></div><div><span style="font-family:tahoma,sans-serif">Giovanni</span></div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="color:rgb(0,0,0)">-- <br><br>Giovanni Cantele, PhD<br>CNR-SPIN<br>c/o Dipartimento di Fisica<br>Universita' di Napoli "Federico II"<br>Complesso Universitario M. S. Angelo - Ed. 6<br>Via Cintia, I-80126, Napoli, Italy<br><a href="mailto:giovanni.cantele@spin.cnr.it" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">e-mail: giovanni.cantele@spin.cnr.it</a><br>Phone: +39 081 676910<br>Skype contact: giocan74<br><br>ResearcherID: <a href="http://www.researcherid.com/rid/A-1951-2009" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www.researcherid.com/rid/A-1951-2009</a><br>Web page: </span><a href="https://sites.google.com/view/giovanni-cantele/home" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://sites.google.com/view/giovanni-cantele/home</a><br></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno gio 29 mag 2025 alle ore 23:52 AMOGH A . <<a href="mailto:f20220890@hyderabad.bits-pilani.ac.in">f20220890@hyderabad.bits-pilani.ac.in</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Hello folks!</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I am having 3 problems with MoSe2.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><ol><li>I got the correct electronic band structure of the MoSe2 unitcell, but when I try it for the supercell (3x3 or 5x5), or some doped version, the band plots look very "busy" and messed up (plots attached). The direct bandgap at the K-point also disappears. Nothing except <i>nat</i> and <i>atomic_positions</i> changed in the input files. Is this typical of large atomic systems? Is there a way to reduce the "business"? I read about "unfolding" the Brillouin zone but not too sure how it might help.</li><li><div class="gmail_default">I am trying to get the phonon dispersion and PhDOS for the monolayer. I am working with the un-relaxed unitcell having 3 atoms. I have been getting frequencies from -3000 cm^-1 to 2000 cm^-1 (plots attached). Can someone please tell me why I am getting such large negative frequencies and how to get the correct plot? I tried changing almost all parameters in the input file to no avail.</div></li><li><div class="gmail_default">MoSe2.dyn(i) files for some values of i, will have a string of asterisks in place of a few numbers which gives me a Fortran compiler error when I run q2r.x (QE version 7.4.1). Thus far, I have been going to the files, finding the asterisks where numbers <i>should</i> be, and replacing them with 0.000. Any idea why that happens (and how to fix it)?</div></li></ol><div>Thanks for your help in advance!</div><div><div class="gmail_default">Amogh A</div><div class="gmail_default">Undergrad student at BITS Pilani, Hyderabad.</div></div><div class="gmail_default"><br></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">(GitHub and Google Drive links)</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><a href="https://github.com/AmoghA4/Quantum-ESPRESSO" target="_blank">Github rep containing all the input files.</a><br></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><a href="https://drive.google.com/file/d/1C_7zDhHir8eiHbNe2YyJhbrPSw7mSYjs/view?usp=sharing" target="_blank">Unitcell band structure</a> v.s. <a href="https://drive.google.com/file/d/1Dfxv2r9vj9FsLcI3cq3QVpkys2_ePyii/view?usp=sharing" target="_blank">supercell band structure</a> and <a href="https://drive.google.com/file/d/1XtAbmdGoNS8EklQ6GuJADlz6fLZREHmP/view?usp=sharing" target="_blank">oxygen-doped</a>.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><a href="https://drive.google.com/file/d/1plCzIl364o0ZEIkLxQujZ3Sg7hZpRHwU/view?usp=sharing" target="_blank">Phonon dispersion plot I got</a> v.s. <a href="https://www.researchgate.net/figure/The-phonon-dispersion-of-monolayer-a-MoS2-b-MoSe2-b-and-c-MoTe2-Non-negative_fig3_377939317" target="_blank">the correct one</a>.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><table style="color:rgb(136,136,136);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;max-width:600px"><tbody><tr><td><table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="max-width:470px;padding-bottom:10px;margin-bottom:8px"><tbody></tbody></table></td></tr></tbody></table></div></div></div></div>
</div>

<br>
The information contained in this electronic communication is intended solely for the individual(s) or entity to which it is addressed. It may contain proprietary, confidential and/or legally privileged information. Any review, retransmission, dissemination, printing, copying or other use of, or taking any action in reliance on the contents of this information by person(s) or entities other than the intended recipient is strictly prohibited and may be unlawful. If you have received this communication in error, please notify us by responding to this email or telephone and immediately and permanently delete all copies of this message and any attachments from your system(s). The contents of this message do not necessarily represent the views or policies of BITS Pilani.<br>_______________________________________________________________________________<br>
The Quantum ESPRESSO Foundation stands in solidarity with all civilians worldwide who are victims of terrorism, military aggression, and indiscriminate warfare.<br>
--------------------------------------------------------------------------------<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>