<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I do not actually see atoms that "after relaxation" go in positions that they did not occupy before relaxation. However, such effects can be</div><div>absolutely "normal", in that due to periodicity, if you did not center your atomic positions around the middle of the cell along z direction, it can happen</div><div>that an atom, let's say at z=0.0 at the beginning, after relaxation is found at z=-0.1 Ang. The visualization of the file with any visualization tool,</div><div>will display the atoms in the primitive cell, so that atom will be seen at z = c - 0.1 Ang. Try to just replicate your cell twice along z and you'll see that</div><div>the structure is correct.</div><div><br></div><div><br></div><div>By looking at the two files, also consider that:</div><div><br></div><div>i) although the total final force is small, strictly speaking your calculation is not ended as far as relaxation is concerned </div><div>(see the message "The maximum number of steps has been reached." at the end of the file)</div><div><br></div><div>ii) you're forcing pw.x to compute every time nbnd=1186 bands. However, your system is composed of 1084 electrons that would correspond</div><div>to 542 occupied bands for a semiconductor. For a metallic system, using occupation='smearing' automatically increases this</div><div>value (542) by some percentage (something like 20%). You can see that also from the estimation of the Fermi level, 2.4851 eV, if compared with</div><div>your highest occupied bands, just slightly below 20 eV. This implies that you're taking much more time than needed to converge scf cycles</div><div>and atomic position optimization. I would get rid of the nbnd variable, complete the relaxation and only after that rerun the calculation with</div><div>the optimized structure and a larger number of bands, in the case you really need them</div><div><br></div><div>iii) I would check convergence against k-point grid, only one k-point could not be enough</div><div><br></div><div>iv) you have specified dipfield = .true. from the documentation you read</div><div>If .TRUE. and tefield==.TRUE. a dipole correction is also<br>added to the bare ionic potential - implements the recipe<br>of L. Bengtsson, PRB 59, 12301 (1999). See variables edir,<br>emaxpos, eopreg for the form of the correction. Must<br>be used ONLY in a slab geometry, for surface calculations,<br>with the discontinuity FALLING IN THE EMPTY SPACE.<br></div><div>So, I think that as you did, the variable is not effective. However, dipole correction for your slab geometry might be needed due to the</div><div>asymmetry between the top and the bottom surface of the slab.</div><div><br></div><div>Giovanni</div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="color:rgb(0,0,0)">-- <br><br>Giovanni Cantele, PhD<br>CNR-SPIN<br>c/o Dipartimento di Fisica<br>Universita' di Napoli "Federico II"<br>Complesso Universitario M. S. Angelo - Ed. 6<br>Via Cintia, I-80126, Napoli, Italy<br><a href="mailto:giovanni.cantele@spin.cnr.it" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">e-mail: giovanni.cantele@spin.cnr.it</a><br>Phone: +39 081 676910<br>Skype contact: giocan74<br><br>ResearcherID: <a href="http://www.researcherid.com/rid/A-1951-2009" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www.researcherid.com/rid/A-1951-2009</a><br>Web page: </span><a href="https://sites.google.com/view/giovanni-cantele/home" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://sites.google.com/view/giovanni-cantele/home</a><br></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno gio 12 dic 2024 alle ore 06:18 Suraj P <<a href="mailto:surajp@iitkgp.ac.in">surajp@iitkgp.ac.in</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear QE users,<br>
<br>
I have relaxed a Pd-doped anatase TiO2 (001) supercell using Quantum espresso. After relaxation, some atoms at the top surface of the slab is going outside the cell. I have attached the input file and output file. Kindly let me know why the atoms cross the boundaries of supercell.<br>
<br>
Input file:  <a href="https://drive.google.com/file/d/10-Q4xL-V3GD_gMzZ3ZJaiO2CrY7PZSsC/view?usp=sharing" rel="noreferrer" target="_blank">https://drive.google.com/file/d/10-Q4xL-V3GD_gMzZ3ZJaiO2CrY7PZSsC/view?usp=sharing</a><br>
Output file:  <a href="https://drive.google.com/file/d/17Nm9q5oiexxhtn16k4lkRdT43ZvnpLhi/view?usp=drive_link" rel="noreferrer" target="_blank">https://drive.google.com/file/d/17Nm9q5oiexxhtn16k4lkRdT43ZvnpLhi/view?usp=drive_link</a><br>
<br>
<br>
Thanking you<br>
Suraj<br>
Research student<br>
IIT Indian institute of technology<br>
_______________________________________________________________________________<br>
The Quantum ESPRESSO Foundation stands in solidarity with all civilians worldwide who are victims of terrorism, military aggression, and indiscriminate warfare.<br>
--------------------------------------------------------------------------------<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</blockquote></div>