<div dir="ltr"><p style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin:0px 0px 0.5rem;color:rgb(13,13,13);font-family:ui-sans-serif,-apple-system,system-ui,"Segoe UI",Helvetica,"Apple Color Emoji",Arial,sans-serif,"Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";font-size:16px">Dear all<br>I am attempting to simulate the adsorption of an N₂ molecule on a Na(100) slab using QE. In my input file, I’m using a 12-layer Na 2x2 supercell with a 15 Å vacuum gap. I have kept the interlayers fixed, allowing only the top 3 surface layers on both ends to relax, with an N₂ molecule on each surface oriented perpendicular to the slab.</p><p style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px 0.5rem;color:rgb(13,13,13);font-family:ui-sans-serif,-apple-system,system-ui,"Segoe UI",Helvetica,"Apple Color Emoji",Arial,sans-serif,"Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";font-size:16px">Additionally, I am using:</p><ul style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;list-style-position:initial;margin:0px 0px 0.75em;padding:0px 0px 0px 1.625em;color:rgb(13,13,13);font-family:ui-sans-serif,-apple-system,system-ui,"Segoe UI",Helvetica,"Apple Color Emoji",Arial,sans-serif,"Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";font-size:16px"><li style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin-bottom:0.5em;margin-top:0.5em;padding-left:0.375em">The DFT-D3 van der Waals correction</li><li style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin-bottom:0.5em;margin-top:0.5em;padding-left:0.375em"><code style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;font-feature-settings:normal;font-size:0.875em;border-radius:0.25rem;padding:0.15rem 0.3rem;margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,"SF Mono",Menlo,Consolas,"Liberation Mono",monospace">assume_isolated=2D</code> to truncate interactions along the z-axis</li><li style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin-bottom:0.5em;margin-top:0.5em;padding-left:0.375em"><code style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;font-feature-settings:normal;font-size:0.875em;border-radius:0.25rem;padding:0.15rem 0.3rem;margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,"SF Mono",Menlo,Consolas,"Liberation Mono",monospace">nspin=2</code> to allow for unconstrained polarization</li></ul><p style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px 0.5rem;color:rgb(13,13,13);font-family:ui-sans-serif,-apple-system,system-ui,"Segoe UI",Helvetica,"Apple Color Emoji",Arial,sans-serif,"Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";font-size:16px">The calculation has not yet converged, but it appears to be resulting in a shortening of the N≡N bond, which is the opposite of what I expected.</p><p style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px 0.5rem;color:rgb(13,13,13);font-family:ui-sans-serif,-apple-system,system-ui,"Segoe UI",Helvetica,"Apple Color Emoji",Arial,sans-serif,"Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";font-size:16px">Am I missing something here?</p><p style="border:0px solid rgb(227,227,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px 0.5rem;color:rgb(13,13,13);font-family:ui-sans-serif,-apple-system,system-ui,"Segoe UI",Helvetica,"Apple Color Emoji",Arial,sans-serif,"Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol""><span style="font-size:16px">Thank you for any suggestions!</span><br><br><span style="font-size:16px">Sincerely,</span><br><span style="font-size:16px">Federico</span><br><br><span style="font-size:16px">Input file:</span><br><font size="1">&CONTROL<br>  calculation = 'relax'<br>  etot_conv_thr =   1.0000000000d-04 <br>  forc_conv_thr =   1.0000000000d-03 <br>  outdir        = ""<br>  prefix        = ""<br>  pseudo_dir    = "./SSSP_precision_pseudos"<br>  verbosity = 'low'<br>  restart_mode='from_scratch'<br> /<br> <br>&SYSTEM<br>  ibrav = 0<br>  A =    8.30638<br>  nat = 52<br>  ntyp = 2<br>  ecutrho = 385 ! *11<br>  ecutwfc = 35<br>  occupations = 'smearing'<br>  smearing = 'gaussian'<br>  degauss =   0.01<br>  assume_isolated = '2D' <br>  vdw_corr = 'dft-d3' <br>  nspin = 2<br>  starting_magnetization(1)= 0              ! Na<br>  starting_magnetization(2)= 0.1 ! N <br>/<br><br>&ELECTRONS<br>  conv_thr =   1.0000000000d-6   ! Default <br>  electron_maxstep = 200<br>  mixing_beta =   4.0000000000d-01<br>/<br><br>&IONS<br>  ion_dynamics = 'bfgs'<br>/<br>  <br>CELL_PARAMETERS {alat}<br>  1.000000000000000   0.000000000000000   0.000000000000000 <br>  0.000000000000000   1.000000000000000   0.000000000000000 <br>  0.000000000000000   0.000000000000000   4.683585508970213 <br>ATOMIC_SPECIES<br>  Na   22.98900  Na.paw.z_9.ld1.psl.v1.0.0-low.upf<br>   N   14.00650   N.oncvpsp.upf<br>ATOMIC_POSITIONS {crystal}<br>Na   0.000000000000000   0.000000000000000  -0.000032000000000 1 1 1<br>Na   0.000000000000000   0.500000000000000  -0.000032000000000 1 1 1<br>Na   0.500000000000000   0.000000000000000  -0.000032000000000 1 1 1<br>Na   0.500000000000000   0.500000000000000  -0.000032000000000 1 1 1<br>Na   0.000000000000000   0.000000000000000   0.106684000000000 1 1 1<br>Na   0.000000000000000   0.500000000000000   0.106684000000000 1 1 1<br>Na   0.500000000000000   0.000000000000000   0.106684000000000 1 1 1<br>Na   0.500000000000000   0.500000000000000   0.106684000000000 1 1 1<br>Na   0.000000000000000   0.000000000000000   0.213377000000000 0 0 0<br>Na   0.000000000000000   0.500000000000000   0.213377000000000 0 0 0<br>Na   0.500000000000000   0.000000000000000   0.213377000000000 0 0 0<br>Na   0.500000000000000   0.500000000000000   0.213377000000000 0 0 0<br>Na   0.000000000000000   0.000000000000000   0.320068000000000 0 0 0<br>Na   0.000000000000000   0.500000000000000   0.320068000000000 0 0 0<br>Na   0.500000000000000   0.000000000000000   0.320068000000000 0 0 0<br>Na   0.500000000000000   0.500000000000000   0.320068000000000 0 0 0<br>Na   0.000000000000000   0.000000000000000   0.426760000000000 0 0 0<br>Na   0.000000000000000   0.500000000000000   0.426760000000000 0 0 0<br>Na   0.500000000000000   0.000000000000000   0.426760000000000 0 0 0<br>Na   0.500000000000000   0.500000000000000   0.426760000000000 0 0 0<br>Na   0.000000000000000   0.000000000000000   0.533446000000000 1 1 1<br>Na   0.000000000000000   0.500000000000000   0.533446000000000 1 1 1<br>Na   0.500000000000000   0.000000000000000   0.533446000000000 1 1 1<br>Na   0.500000000000000   0.500000000000000   0.533446000000000 1 1 1<br>Na   0.250000000000000   0.250000000000000   0.053371000000000 1 1 1<br>Na   0.250000000000000   0.750000000000000   0.053371000000000 1 1 1<br>Na   0.750000000000000   0.250000000000000   0.053371000000000 1 1 1<br>Na   0.750000000000000   0.750000000000000   0.053371000000000 1 1 1<br>Na   0.250000000000000   0.250000000000000   0.160012000000000 0 0 0<br>Na   0.250000000000000   0.750000000000000   0.160012000000000 0 0 0<br>Na   0.750000000000000   0.250000000000000   0.160012000000000 0 0 0<br>Na   0.750000000000000   0.750000000000000   0.160012000000000 0 0 0<br>Na   0.250000000000000   0.250000000000000   0.266740000000000 0 0 0<br>Na   0.250000000000000   0.750000000000000   0.266740000000000 0 0 0<br>Na   0.750000000000000   0.250000000000000   0.266740000000000 0 0 0<br>Na   0.750000000000000   0.750000000000000   0.266740000000000 0 0 0<br>Na   0.250000000000000   0.250000000000000   0.373399000000000 0 0 0<br>Na   0.250000000000000   0.750000000000000   0.373399000000000 0 0 0<br>Na   0.750000000000000   0.250000000000000   0.373399000000000 0 0 0<br>Na   0.750000000000000   0.750000000000000   0.373399000000000 0 0 0<br>Na   0.250000000000000   0.250000000000000   0.480132000000000 1 1 1<br>Na   0.250000000000000   0.750000000000000   0.480132000000000 1 1 1<br>Na   0.750000000000000   0.250000000000000   0.480132000000000 1 1 1<br>Na   0.750000000000000   0.750000000000000   0.480132000000000 1 1 1<br>Na   0.250000000000000   0.250000000000000   0.586794000000000 1 1 1<br>Na   0.250000000000000   0.750000000000000   0.586794000000000 1 1 1<br>Na   0.750000000000000   0.250000000000000   0.586794000000000 1 1 1<br>Na   0.750000000000000   0.750000000000000   0.586794000000000 1 1 1<br> N   0.500000000000000   0.250000000000000   0.638203000000000 1 1 1 <br> N   0.500000000000000   0.250000000000000   0.667799000000000 1 1 1 <br> N   0.250000000000000   0.000000000000000   0.948559000000000 1 1 1 <br> N   0.250000000000000   0.000000000000000   0.918963000000000 1 1 1<br>K_POINTS automatic<br>7 7 1 0 0 0<br></font><br></p><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font color="#666666" face="georgia, serif"><i>Federico Verdicchio </i></font><div><i style="color:rgb(102,102,102);font-family:georgia,serif">Ph.D. in Chemical Sciences</i><div><div><font color="#666666" face="georgia, serif"><i>School of Science and Technology - Chemistry Division</i></font></div></div><div><div><font color="#666666" face="georgia, serif"><i>Via S. Agostino, 1</i></font></div></div><div><div><font color="#666666" face="georgia, serif"><i>62032 Camerino (MC)</i></font></div></div><div><div><font color="#666666" face="georgia, serif"><i>Italy</i></font></div></div><div><div><font color="#666666" face="georgia, serif"><i>Phone: +39 334 2758061</i></font></div></div><div><font color="#666666" face="tahoma, sans-serif"><i><br></i></font></div><div><font color="#666666" face="georgia, serif"><i><img width="200" height="100" src="https://ci3.googleusercontent.com/mail-sig/AIorK4xg-ceeylZdyRP1uEDa5f_snJSXLvzHVZDQX6B5oKE39AjlxTpi3fxnbQN8nE5SKexdIlOg4a8"><br></i></font></div></div></div></div></div>

<br>
<img src="https://www.unicam.it/sites/default/files/documenti-pag/2024/5xmille_2024_300x180px2.jpg"><br>