<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p>Dear QE users,</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm facing difficulties in interpreting the output of pp.x. I'm running a scf calculation on an isolated atom of Xe and a subsequent post-processing in order to plot the (pseudo) charge density coming from the individual atomic orbitals. I am running QE
 v6.4.1</p>
<p>By reading the manual of pp.x (PP/Doc/INPUT_PP.txt), I read that it should be possible to obtain a 1D plot (a simple x-y plot of a 1D function) of this charge density. I tried to do so with the following input file:</p>
<p><br>
</p>
<p></p>
<div>&INPUTPP</div>
<div>prefix = 'smoothy',</div>
<div>outdir = './smoothy/',</div>
<div>filplot = 'smoothy.dat',</div>
<div>plot_num = 7,</div>
<div>kpoint=1,</div>
<div>kband(1) = 1,</div>
<div>kband(2) = 18,</div>
<div>!lsign=.true.</div>
<div>/</div>
<div>&PLOT</div>
<div>filepp(1)= 'smoothy.dat'</div>
<div>weight(1) = 1.0</div>
<div><br>
</div>
<div>iflag=0</div>
<div>output_format = 0,</div>
<div><br>
</div>
<div>fileout = 'smoothy.plt'</div>
<div>e1(1) = 0.5,</div>
<div>e1(2) = 0.5,</div>
<div>e1(3) = 0.5,</div>
<div>x0(1) = 0,</div>
<div>x0(2) = 0,</div>
<div>x0(3) = 0,</div>
<div>nx = 800</div>
<div>/</div>
<div><br>
</div>
<div>in which my idea is to plot the charge density of each orbital along that line defined by the vectors e1 and x0. </div>
<div><br>
</div>
<div>The calculation finishes fine, but the output "plottable" files contain 3 columns (they look like this): </div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>        0.0000000000       -0.0174697150        0.0000000000</div>
<div>        0.0012515645       -0.0174697013       -0.0000000007</div>
<div>        0.0025031289       -0.0174696330       -0.0000000036</div>
<div>        0.0037546934       -0.0174694282       -0.0000000101</div>
<div>        0.0050062578       -0.0174689508       -0.0000000216</div>
<div><br>
</div>
and many other lines. While I sort of get that the first column is the spatial variable and the second should be the charge density (the |\psi|^2), I have no clue what the third column is. </div>
<div><br>
</div>
<div>Could anyone explain to me what the third column means and what I should plot in order to get the pseudo charge density as a function of this radial coordinate only? Moreover, even with lsign commented out, some values of the second column are negative
 which is very weird as this should be |\psi|^2. Do you also have an answer on this? </div>
<div><br>
</div>
<div>I thank you all in advance for your help and time!</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Luca</div>
<div><br>
</div>
<p></p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols;">
<p></p>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span lang="de" style="font-size:12pt">ETH Zurich</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span lang="de" style="font-size:12pt">Luca Marin</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:12pt">Materials Theory</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span lang="en-US" style="font-size:12pt">Department of Materials</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:12pt">HIT G 43.1</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span lang="de" style="font-size:12pt">Wolfgang-Pauli-Strasse 27</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span lang="de" style="font-size:12pt">8093 Zurich, Switzerland</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><font size="3" color="black" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span lang="en-US" style="font-size:12pt">phone +41 44 633 81 67</span></font></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><a href="mailto:luca.marin@mat.ethz.ch" target="_blank" rel="noopener noreferrer" id="LPNoLP"><font size="3" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span lang="en-US" style="font-size:12pt">luca.marin@mat.ethz.ch</span></font></a></span></font></div>
<div style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif,serif,EmojiFont; font-size:15px; margin:0px">
<font size="2" style="font-family:Calibri,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:11pt"><a href="https://www.theory.mat.ethz.ch/" target="_blank" rel="noopener noreferrer" id="LPNoLP"><font size="3" style="font-family:Arial,sans-serif,serif,EmojiFont"><span style="font-size:12pt"><span lang="en-US">https://www.theory.mat.ethz.ch</span></span></font></a></span></font></div>
<br>
<p></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>