<div dir="ltr">Dear Professor Giannozzi,<div><br></div><div>Thank you very much for the update. I am glad that my suggestion helps. I look forward to the next release.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Han</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 25, 2023 at 8:58 PM Paolo Giannozzi <<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it">paolo.giannozzi@uniud.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Thank you for noticing again a problem. It will be fixed in next release:<br>
   <a href="https://gitlab.com/QEF/q-e/-/merge_requests/2137" rel="noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/QEF/q-e/-/merge_requests/2137</a><br>
Paolo<br>
<br>
On 8/14/23 19:24, Han Hsu (徐翰) wrote:<br>
>       <br>
> You don't often get email from <a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a>. Learn why this is <br>
> important <<a href="https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification" rel="noreferrer" target="_blank">https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification</a>><br>
>       <br>
> <br>
> Dear Professor Giannozzi, QE developers, and QE users:<br>
> <br>
> Previously, I reported that while the patch file provided by Prof. <br>
> Giannozzi works (namely, not all restart MD calculations got the same <br>
> sequence of the random numbers), a particular sequence of random numbers <br>
> is generated much more frequently than the others: Nearly half of my <br>
> restart calculations got that sequence of random numbers. Now I think I <br>
> have found out the reason why. By modifying Modules/random_numbers.f90, <br>
> in particular, its subroutine "set_random_seed" (lines 74–87), this <br>
> problem can be resolved, as described below.<br>
> <br>
> In the subroutine "set_random_seed" , the parameter "iseed" is generated <br>
> based on the system time (lines 81–84), as shown below. By calling <br>
> "date_and_time", the system time is extracted in terms of eight numbers <br>
> (year, month, ..., milliseonds). Four of these numbers are adopted to <br>
> generate "iseed", including the time difference with respect to UTC (in <br>
> minutes) [itime(4)], and minutes, seconds, and milliseconds <br>
> [itime(6–8)]. Among them, I find the inclusion of itime(4) <br>
> incomprehensible, as this term is a constant based on the location of <br>
> the computer. Remarkably, in the UK, itime(4)= 0, meaning this term has <br>
> ZERO effects on "iseed", so why should it be included anyway? By <br>
> contrast, in my country Taiwan (GMT+8), itime(4)= 480, which results in <br>
> a much larger "iseed" than in the UK, by up to hundreds of times...<br>
> <br>
> CALL date_and_time ( values = itime )<br>
> ! itime contains: year, month, day, time difference in minutes, hours,<br>
> !                 minutes, seconds and milliseconds.<br>
> iseed = ( itime(8) + itime(6) ) * ( itime(7) + itime(4) )<br>
> irand = randy ( iseed )<br>
> <br>
> Given the above analysis, I modified this subroutine by replacing <br>
> itime(4) with itime(5) (namely, hours), making "iseed" fully <br>
> time-dependent. With this modification, all my test calculations <br>
> (from_scratch and all the restart rounds) got different sequences of <br>
> random numbers. If this modification is correct, perhaps it can be <br>
> included in the next release of Quantum Espresso (7.3)?<br>
> <br>
> Thank you for your suggestions and advice.<br>
> <br>
> Best regards,<br>
> <br>
> Han Hsu<br>
> <br>
> On Sat, Aug 12, 2023 at 1:25 AM Han Hsu (徐翰) <<a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a> <br>
> <mailto:<a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a>>> wrote:<br>
> <br>
>     Dear Professor Giannozzi<br>
> <br>
>     Thank you very much for the patch file. It works!! Now, the random<br>
>     numbers generated in all rounds of calculations (including<br>
>     from_scratch and all the restart calculations) are not always<br>
>     repetitive.<br>
> <br>
>     After more tests, however, I noticed that some "random numbers" are<br>
>     generated much much more frequently than the others. Not<br>
>     surprisingly, this occurs in both 'andersen' and 'svr' thermostats.<br>
>     What surprises me is that this occurs on different machines at<br>
>     different institutes as well. I therefore believe this should be<br>
>     reported, as further described below.<br>
> <br>
>     Again, all the test runs were performed using a 8-atom cell of fcc<br>
>     Si, with dt = 20, tempw = 600. Each run lasts for 12000 steps,<br>
>     divided into a from_scratch (steps 1–1000) and 11 restart<br>
>     calculations (steps 1001–2000, 2001–3000, ..., 11001–12000). Both<br>
>     'andersen' and 'svr' are tested (nraise = 100). A few representative<br>
>     results obtained on two different machines are shown below (JobID on<br>
>     these two machines are very different). In order to print out the<br>
>     random numbers, additional WRITE statements are added to the patched<br>
>     dynamics_module.f90 file.<br>
> <br>
> <br>
>     (1) svr (random numbers R1, R2, ..., R_Nf are generated in each step)<br>
> <br>
>     In run_4323, same sequence of random numbers were generated in<br>
>     rounds 2, 4, 6, 8, 10, and 12. In run_6632321 (on a different<br>
>     machine), same sequence of random numbers were generated in rounds<br>
>     3, 5, 6, 7, 8, and 12. Furthermore, all these 12 rounds on two<br>
>     different machines got the same sequence of random numbers...<br>
> <br>
>     ===========<br>
>     run_4323<br>
>     ===========<br>
>     In pwscf.md.1.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     1<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.5153<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     26.0457<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     2<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0411<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     14.9090<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     3<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.2940<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.9707<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     4<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.0311<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.6863<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     5<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0971<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =      8.4677<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     6<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1053<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.8005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     7<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3552<br>
>     In pwscf.md.2.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.3.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0243<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.0970<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.8330<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.2563<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.2013<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.2091<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.0586<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =      8.7939<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1827<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.2563<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0228<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     12.6388<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.0902<br>
>     In pwscf.md.4.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.5.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.2530<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     32.6780<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3396<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.7820<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.5373<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.2314<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1242<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.5036<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  3.9032<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     29.7656<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.2589<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     34.8099<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.7697<br>
>     In pwscf.md.6.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.7.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.6903<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     37.9392<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0692<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     28.5578<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.1152<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     27.7485<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.9331<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     14.8966<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.9484<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     21.5477<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  3.1608<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.2826<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1782<br>
>     In pwscf.md.8.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.9.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.3924<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     13.3758<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0280<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.0291<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.4009<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =      9.2801<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  7.4547<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     12.8219<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1901<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.8295<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  3.9323<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =      7.4508<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.5293<br>
>     In pwscf.md.10.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.11.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.3791<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.5365<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0077<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     29.3416<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6284<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     32.4019<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.4572<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.9506<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  4.8563<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.8781<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  5.3850<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.7095<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.0461<br>
>     In pwscf.md.12.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
> <br>
>     ===========<br>
>     run_6632321<br>
>     ===========<br>
>     In pwscf.md.1.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     1<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0002<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.0931<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     2<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.4551<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.9707<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     3<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.4066<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.9916<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     4<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1343<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.5648<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     5<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.4946<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     6<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0675<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.0069<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     7<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0900<br>
>     In pwscf.md.2.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0005<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.2561<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  5.9788<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     17.5861<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  6.3549<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     21.5348<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.2456<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     21.4447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  3.4239<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.1115<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  7.3649<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     27.9920<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0014<br>
>     In pwscf.md.3.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.4.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  5.4303<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.3932<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.8734<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     13.0914<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.5076<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.2020<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1433<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.0210<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0064<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.3024<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0149<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.2369<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0167<br>
>     In pwscf.md.5.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.6.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.7.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.8.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>     In pwscf.md.9.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.4205<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     14.5080<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.3050<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.6254<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0240<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     30.3102<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.3059<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     27.2656<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3938<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     25.6995<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1644<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.0694<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.9569<br>
>     In pwscf.md.10.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0004<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.3357<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6318<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     29.0240<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.6068<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.8952<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  8.1291<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     20.1966<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.3745<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     17.5602<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.2051<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =      9.9412<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6497<br>
>     In pwscf.md.11.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.2037<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     12.8909<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.7910<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     25.1091<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0001<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.1760<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.5191<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     28.9042<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.1570<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     16.3407<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.5338<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     22.1876<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.8845<br>
>     In pwscf.md.12.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11001<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.4715<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     24.4598<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11002<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.1178<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     19.6385<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11003<br>
>           rr**2 = R1**2 =  1.3458<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     15.8245<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11004<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.6379<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     18.7133<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11005<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0146<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     11.9063<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11006<br>
>           rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>           sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 =     23.3447<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11007<br>
>           rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
> <br>
> <br>
>     (2) andersen (atoms are randomly selected in each step)<br>
> <br>
>     In run_4347, rounds 2, 5, 7, 8, 9, 11, and 12, atoms were randomly<br>
>     selected in the same manner. In run_6632450 (on a different<br>
>     machine), rounds 2, 4, 5, 6, 7, 8, 10, and 11, atoms were randomly<br>
>     selected in the same manner. Furthermore, in all these 15 rounds on<br>
>     two different machines, atoms were randomly selected in the same<br>
>     manner...<br>
> <br>
>     ===========<br>
>     run_4347<br>
>     ===========<br>
>     In pwscf.md.1.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     1<br>
>           Atom #    2 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     2<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     3<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     4<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     5<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     6<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     7<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     8<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     9<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    10<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    11<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    12<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    13<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    14<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    15<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    16<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    17<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    18<br>
>     In pwscf.md.2.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1016<br>
>     In pwscf.md.3.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2007<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2011<br>
>           Atom #    1 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2012<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2016<br>
>     In pwscf.md.4.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3011<br>
>           Atom #    5 is randomly selected<br>
>           Atom #    7 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    2 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3012<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3013<br>
>           Atom #    1 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3014<br>
>           Atom #    4 is randomly selected<br>
>     In pwscf.md.5.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4016<br>
>     In pwscf.md.6.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5004<br>
>           Atom #    4 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5007<br>
>           Atom #    2 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5008<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5012<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5014<br>
>     In pwscf.md.7.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6016<br>
>     In pwscf.md.8.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7016<br>
>     In pwscf.md.9.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8016<br>
>     In pwscf.md.10.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9012<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9014<br>
>           Atom #    3 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9015<br>
>           Atom #    3 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9016<br>
>     In pwscf.md.11.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10016<br>
>     In pwscf.md.12.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11016<br>
> <br>
> <br>
>     ===========<br>
>     run_6632450<br>
>     ===========<br>
>     In pwscf.md.1.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     1<br>
>           Atom #    2 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     2<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     3<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     4<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     5<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     6<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     7<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     8<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =     9<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    10<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    11<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    12<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    13<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    14<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    15<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    16<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    17<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =    18<br>
>     In pwscf.md.2.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  1016<br>
>     In pwscf.md.3.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2003<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2012<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2016<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2017<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  2018<br>
>     In pwscf.md.4.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  3016<br>
>     In pwscf.md.5.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  4016<br>
>     In pwscf.md.6.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  5016<br>
>     In pwscf.md.7.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  6016<br>
>     In pwscf.md.8.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  7016<br>
>     In pwscf.md.9.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8012<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8016<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8017<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8018<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8019<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  8020<br>
>     In pwscf.md.10.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration =  9016<br>
>     In pwscf.md.11.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10005<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10012<br>
>           Atom #    6 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10013<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 10016<br>
>     In pwscf.md.12.out, ...<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11001<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11002<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11003<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11004<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11005<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11006<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11007<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11008<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11009<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11010<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11011<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11012<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11013<br>
>           Atom #    3 is randomly selected<br>
>           Andersen thermostat:    1 collisions<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11014<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11015<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11016<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11017<br>
>           Entering Dynamics:    iteration = 11018<br>
> <br>
> <br>
>     Again, thank you very much for the patch file. I hope this report<br>
>     could provide some useful information for QE development.<br>
> <br>
>     Best regards,<br>
> <br>
>     Han Hsu<br>
> <br>
> <br>
>     On Thu, Aug 10, 2023 at 9:48 PM Paolo Giannozzi<br>
>     <<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it" target="_blank">paolo.giannozzi@uniud.it</a> <mailto:<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it" target="_blank">paolo.giannozzi@uniud.it</a>>> wrote:<br>
> <br>
>         Thank you for reporting this. Could you please try the attached<br>
>         patch<br>
>         and report if it fixes your problem?<br>
> <br>
>         Paolo<br>
> <br>
>         On 8/10/23 12:36, Han Hsu (徐翰) wrote:<br>
>          ><br>
>          > You don't often get email from <a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a>>. Learn why this is<br>
>          > important <<a href="https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification" rel="noreferrer" target="_blank">https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification</a><br>
>         <<a href="https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification" rel="noreferrer" target="_blank">https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification</a>>><br>
>          ><br>
>          ><br>
>          > Dear QE developers and users,<br>
>          ><br>
>          > I've been performing Born-Oppenheimer molecular dynamics (BOMD)<br>
>          > calculations for hcp Fe at high-PT conditions using Quantum<br>
>         Espresso<br>
>          > (pw.x, calculation= 'md'). For the thermostats, I am testing<br>
>         stochastic<br>
>          > velocity rescaling (svr) and Andersen, as they are the only<br>
>         ones (in QE)<br>
>          > that generate canonical ensembles. For these two thermostats,<br>
>         random<br>
>          > numbers are generated in each time step. I find, however,<br>
>         that in<br>
>          > restart calculations (restart_mode= 'restart'), the random<br>
>         numbers are<br>
>          > not generated properly. In each restart calculation, the same<br>
>         sequence<br>
>          > of random numbers are generated, as shown in detail in the<br>
>         next few<br>
>          > paragraphs. Consequently, the calculation results (e.g pressure,<br>
>          > temperature) exhibit a periodic behavior, with a period same<br>
>         as the<br>
>          > length of each restart calculation. My question is: Can we<br>
>         avoid this<br>
>          > problem by properly setting the random seed in restart<br>
>         calculations? If<br>
>          > so, how to do that? (For restart_mode= 'from_scratch', such a<br>
>         problem<br>
>          > does not occur, as also shown in the next few paragraphs).<br>
>          ><br>
>          > Note: To print out the random numbers generated in each time<br>
>         step, a few<br>
>          > more lines (write statements) have to be added to the file<br>
>          > PW/src/dynamics_module.f90. Also, to obtain lots of data<br>
>         within a short<br>
>          > time, I use fcc Si (8-atom cells) to run extensive tests. For<br>
>         these<br>
>          > tests, each run consists of 12000 time steps divided into 12<br>
>         rounds of<br>
>          > calculations: A from_scratch round (steps 1–1000) followed by<br>
>         11 restart<br>
>          > rounds (steps 1001–2000, 2001–3000, ..., 11001–12000).<br>
>          ><br>
>          > For the 'svr' thermostat, random numbers (R1, R2,..., R_Nf) from<br>
>          > gaussian distribution are generated in teach time step. In the<br>
>          > from_scratch calculation (steps 1–1000), the random numbers<br>
>         generated in<br>
>          > steps 1–4 are are as below:<br>
>          ><br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =     1<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  2.2273<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 23.3447<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =     2<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.0441<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 17.0921<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =     3<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.6032<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 16.4800<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =     4<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  1.2989<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 13.2204<br>
>          ><br>
>          > Next, in the restart calculation for steps 1001–2000, the<br>
>         random numbers<br>
>          > generated in steps 1001–1004 are are as below:<br>
>          ><br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  1001<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.0008<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 18.0810<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  1002<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.8306<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 19.9568<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  1003<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  1.0171<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 14.5561<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  1004<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.0605<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 28.3579<br>
>          ><br>
>          > Next, in the restart calculation for steps 2001–3000, the<br>
>         random numbers<br>
>          > generated in steps 2001–2004 are are as below:<br>
>          ><br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  2001<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.0008<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 18.0810<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  2002<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.8306<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 19.9568<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  2003<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  1.0171<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 14.5561<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  2004<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.0605<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 28.3579<br>
>          ><br>
>          > Next, in the restart calculation for steps 3001–4000, the<br>
>         random numbers<br>
>          > generated in steps 3001–3004 are are as below:<br>
>          ><br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  3001<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.0008<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 18.0810<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  3002<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.8306<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 19.9568<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  3003<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  1.0171<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 14.5561<br>
>          >       Entering Dynamics:    iteration =  3004<br>
>          >       rr**2 = R1**2 =  0.0605<br>
>          >       sum_of_gaussians2 = R2**2+...+R_Nf**2 = 28.3579<br>
>          ><br>
>          > Clearly, the same sequence of random numbers are generated in<br>
>         all<br>
>          > restart rounds (steps 1001–2000, 2001–3000, 3001–4000, ...,<br>
>         etc.), while<br>
>          > the from_scratch round (steps 1–1000) is an exception. I am thus<br>
>          > wondering how to properly generate/seed the random numbers in<br>
>         restart<br>
>          > calculations?<br>
>          ><br>
>          > A few more remarks:<br>
>          > (1) I have done this test on different facilities at different<br>
>          > institutes. The same pattern persists.<br>
>          > (2) For Andersen thermostat, the same pattern persists: In<br>
>         the restart<br>
>          > calculations, at the same respective time steps (e.g. steps<br>
>         1001, 2001,<br>
>          > 3001, ...), the same atoms are "randomly" chosen to interact<br>
>         with the<br>
>          > heat bath.<br>
>          ><br>
>          > Finally, my understanding is that in Quantum Espresso,<br>
>         generation and<br>
>          > seed of random numbers are controlled by<br>
>         Modules/random_numbers.f90 and<br>
>          > a subroutine set_random_seed(). To properly set the random<br>
>         seed in<br>
>          > restart calculations, perhaps the subroutine<br>
>         set_random_seed() should be<br>
>          > called somewhere? (Probably not in dynamics_module.f90, as we<br>
>         do not<br>
>          > want to reseed the random number in every time step...)<br>
>          ><br>
>          > Any suggestions and advice are appreciated. Thank you very<br>
>         much for the<br>
>          > help!!<br>
>          ><br>
>          ><br>
>          > Best regards,<br>
>          ><br>
>          ><br>
>          > Han Hsu<br>
>          > Department of Physics<br>
>          > National Central University (Taiwan)<br>
>          ><br>
>          > --<br>
>          > ===============================<br>
>          >   Han Hsu (徐翰)<br>
>          >   Associate Professor<br>
>          >   Department of Physics<br>
>          >   National Central University<br>
>          >   Taoyuan 32001, Taiwan<br>
>          >   Email: <a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a> <mailto:<a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a>><br>
>         <mailto:<a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a> <mailto:<a href="mailto:hanhsu@ncu.edu.tw" target="_blank">hanhsu@ncu.edu.tw</a>>><br>
>          >   Web: <a href="http://sites.google.com/site/hanhsuphys" rel="noreferrer" target="_blank">sites.google.com/site/hanhsuphys</a><br>
>         <<a href="http://sites.google.com/site/hanhsuphys" rel="noreferrer" target="_blank">http://sites.google.com/site/hanhsuphys</a>><br>
>          > <<a href="https://sites.google.com/site/hanhsuphys/" rel="noreferrer" target="_blank">https://sites.google.com/site/hanhsuphys/</a><br>
>         <<a href="https://sites.google.com/site/hanhsuphys/" rel="noreferrer" target="_blank">https://sites.google.com/site/hanhsuphys/</a>>><br>
>          >   Tel: +886-3-422-7151 ext 65303<br>
>          >   Fax: +886-3-425-1175<br>
>          > ===============================<br>
>          ><br>
>          > _______________________________________________<br>
>          > The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian<br>
>          > people and expresses its concerns about the devastating<br>
>          > effects that the Russian military offensive has on their<br>
>          > country and on the free and peaceful scientific, cultural,<br>
>          > and economic cooperation amongst peoples<br>
>          > _______________________________________________<br>
>          > Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a><br>
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>          > users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
>          > <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
>         <<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a>><br>
> <br>
>         -- <br>
>         Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
>         Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
>         Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>
> <br>
> <br>
> <br>
>     -- <br>
>     =========================<br>
>       Han Hsu (徐翰)<br>
>       NCU Physics, Taoyuan, Taiwan<br>
>       +886-3-422-7151 ext 65303<br>
>     =========================<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> -- <br>
> =========================<br>
>   Han Hsu (徐翰)<br>
>   NCU Physics, Taoyuan, Taiwan<br>
>   +886-3-422-7151 ext 65303<br>
> =========================<br>
<br>
-- <br>
Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine Italy, +39-0432-558216<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">=========================<br> Han Hsu (徐翰)<br><div> NCU Physics, Taoyuan, Taiwan</div><div> +886-3-422-7151 ext 65303</div><div>=========================</div></div></div>