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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">My apologies: I forgot the Box link to the files. Here it is:
<a href="https://baylor.box.com/s/wnq0qqlutj619bb2i7hifswqfnloiufv">https://baylor.box.com/s/wnq0qqlutj619bb2i7hifswqfnloiufv</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Blair, Erik <Enrique_Blair@baylor.edu><br>
<b>Date: </b>Thursday, March 23, 2023 at 6:26 PM<br>
<b>To: </b>users@lists.quantum-espresso.org <users@lists.quantum-espresso.org><br>
<b>Subject: </b>Phonon dispersion - bad results around K point<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">I’m requesting help from all you QE wizards out there.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">I’m trying to learn PHonon dispersion calculations, starting simply with diamond. My results look pretty good except for approaching the K point, were I get a bit of a cusp.
 I’ve tried lots of things: tightening convergences; increasing sampling in the BZ; using asr=’simple’ or asr=’crystal’, etc., but I can’t get rid of the cusping around K. It also makes the X-K path look bad. I’ve tried xc=’lda’ as well as xc=’pbe’.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">I have optimized the structure using a PBE ultrasoft pseudo<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">I point out that I’m using ibrav=2, and I’m using letter notation to specify the high-symmetry points in the path through k-space, so I use q_in_band_form = .true..<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">Computer/QE version details: I’m using the QE 7.0 package on a Linux HPC cluster.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">Relatively low-threshold calculations complete with a bash script and pseudopotentials are available here. I also have my *.out files, and a Python3 script that can generate
 the plots.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">Thanks in advance for your insights.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Enrique (Erik) Blair, Ph.D.<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Associate Professor<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Electrical and Computer Engineering<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Baylor University<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Website: <a href="http://web.ecs.baylor.edu/faculty/blair/">
http://web.ecs.baylor.edu/faculty/blair/</a><span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> <span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">For your convenience, here’s the LDA work-flow:<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"># ===== diamond.in =====<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">&control<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  calculation = 'scf',<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  restart_mode = 'from_scratch',<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  tstress = .true.,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  tprnfor = .true.,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  prefix = 'diamond',<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  outdir = 'data',<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  pseudo_dir = './',<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">/<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> <span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">&system<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  ibrav = 2,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  nat = 2,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  ntyp = 1,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  a = 3.5689000000000006,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  ecutwfc = 90.0,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  ecutrho = 810.0,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  input_dft = 'lda',<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  nbnd = 15,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">/<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> <span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">&electrons<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  conv_thr = 1.000000d-8,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  mixing_beta = 0.7,<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">/<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> <span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">ATOMIC_SPECIES<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  C    12.011000  C.pz-n-rrkjus_psl.0.1.UPF<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> <span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">ATOMIC_POSITIONS {alat}<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  C   0.00000000  0.00000000  0.00000000<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">  C   0.25000000  0.25000000  0.25000000<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> <span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">K_POINTS {automatic}<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">    9   9   9   0   0   0<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> <span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"># ===== diamond.ph.in =====<span style="mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">This is a PHonons (ph.x) input file.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">&inputph<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  tr2_ph = 1.000000d-14,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  ldisp = .true.,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  nq1 = 3,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  nq2 = 3,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  nq3 = 3,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  fildyn = 'diamond.dyn',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  outdir = 'data',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  prefix = 'diamond',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"># ==== diamond.q2r.in =====<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">&input<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  flfrc = 'diamond.fc',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  zasr = 'crystal',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  fildyn = 'diamond.dyn',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"># ==== diamond.matdyn.in =====<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">&input<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  asr = 'simple',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  q_in_band_form = .true.,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  flfrc = 'diamond.fc',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  flfrq = 'diamond.frq',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  flvec = 'diamond.modes',<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">  5<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">gG 40
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">X 20
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">K 30
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">gG 20
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">L 1<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"># ===== plot_phonon_dispersion.py =====<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">import numpy as np<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">import matplotlib.pyplot as plt<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">data = np.loadtxt( 'diamond.frq.gp', unpack=True)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">fdata = np.delete(data, 0, 0) # delete first row - not needed<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="SV" style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">markerpos = [0, 40, 60, 90, 110, ]</span><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="SV" style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">marker_label = ['$\\Gamma$', 'X', 'K', '$\\Gamma$', 'L']</span><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="SV" style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> </span><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="PT-BR" style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">n_ph, n_qpts = fdata.shape</span><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="PT-BR" style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> </span><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">int_idx = range(0, n_qpts)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">for freq in fdata:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">   plt.plot(int_idx, freq)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.xticks(markerpos, marker_label)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.xlim((markerpos[0], markerpos[-1]))<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.grid(True)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">       
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.xlabel('$q$')<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.ylabel('Frequency (cm$^{-1}$)')<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.tight_layout()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.savefig('phonon_dispersion.png')<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">plt.close('all')<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">       
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual"># ===== run.sh =====<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">#!/bin/bash<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">mpiexec -n 8 pw.x < diamond.in > diamond.out<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">mpiexec -n 8 ph.x < diamond.ph.in > diamond.ph.out<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">mpiexec -n 8 q2r.x < diamond.q2r.in > diamond.q2r.out<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">mpiexec -n 8 matdyn.x < diamond.matdyn.in > diamond.matdyn.out<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;mso-ligatures:standardcontextual">python3 < plot_phonon_dispersion.py<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</body>
</html>