<div dir="ltr">Dear 

Kazume,<div>thanks a lot for the reply.</div><div>Thanks for the information. </div><div>I am not calculating the MSD by myself but just looking at the output of pw.x at the end of the calculation. I suppose that the value printed by Quantum Espresso is calculated using a certain number of MD timesteps. So it should discard the initial part of the trajectory.</div><div>Do you know where I can find this information?</div><div><br></div><div>Moreover, is there a reference for the selection of raise in MD with velocity rescaling? </div><div><br></div><div>Thanks a lot for your help and best regards,</div><div>Mauro.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><font color="#000000" face="tahoma, sans-serif">___</font><font color="#000000" face="tahoma, sans-serif">____________________</font></p><p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><font face="tahoma, sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0)">Dr.
</span><b style="color:rgb(0,0,0)">Mauro Francesco Sgroi</b><br></font></p>
<p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">
<font face="tahoma, sans-serif"><font color="#000000"><font>Department
of Chemistry </font></font>
</font></p>
<p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">
<font color="#000000" face="tahoma, sans-serif">University
of Turin</font></p>
<p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">
<font color="#000000" face="tahoma, sans-serif">Via
P. Giuria,  9</font></p>
<p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">
<font color="#000000" face="tahoma, sans-serif">I-10125
TORINO (Italy)</font></p><p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">Tel.</font></span></p><p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">+39 011-670-8372 </font></span></p><p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">+39 011-670-7364</font></span></p>
<p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><font face="tahoma, sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0)">e-mail:
</span><a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@unito.it" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@unito.it</a><br></font></p>
<p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">
<font face="tahoma, sans-serif"><font color="#000000"><font>Web: </font></font></font></p><p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><a href="http://www.met.unito.it/" rel="noreferrer" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">www.met.unito.it</a><br></p><p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><a href="http://www.chimica.unito.it" style="font-family:tahoma,sans-serif" target="_blank">www.chimica.unito.it</a><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:tahoma,sans-serif">  </span><br></p>
<p lang="zxx" style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">
<font color="#000000"><font><font face="tahoma, sans-serif">Orcid:
<a href="https://orcid.org/0000-0002-0914-4217" target="_blank">https://orcid.org/0000-0002-0914-4217</a></font>
</font></font>
</p></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno ven 24 mar 2023 alle ore 13:00 Kazume NISHIDATE <<a href="mailto:nisidate@iwate-u.ac.jp">nisidate@iwate-u.ac.jp</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Mauro Francesco Sgroi,<br>
<br>
> the diffusion coefficient is calculated using the full trajectory<br>
>  from the initial step or just using the last part of the trajectory<br>
>  calculated with the restarted calculation?<br>
<br>
This would mean that the diffusion constant evaluated from the "full<br>
trajectory" was different from the evaluated one only using the "later<br>
part of the trajectoroy". Right?<br>
<br>
In this case, the calculated diffusion cofficient is apparently<br>
affected by its 'particular' initial configuration and hence it is not<br>
suitable as a diffusion "constant" because it will vary depending on<br>
the initial configulation.<br>
<br>
The effect of the initial configuration may be weired off after<br>
several hundred thousand MD time steps, and you should always use the<br>
later part of the trajectory data to evaluate the diffusion<br>
"constant".<br>
<br>
<br>
> 2023/03/24 19:49、Mauro Francesco Sgroi <<a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@unito.it" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@unito.it</a>>のメール:<br>
> <br>
> Dear all,<br>
> I would need a clarification about the calculation of the diffusion coefficient.<br>
> Using the restart function, the diffusion coefficient is calculated using the full trajectory from the initial step or just using the last part of the trajectory calculated with the restarted calculation?<br>
> <br>
> Many thanks in advance and best regards,<br>
> Mauro Sgroi.<br>
>  _______________________<br>
> Dr. Mauro Francesco Sgroi<br>
> Department of Chemistry University of Turin<br>
> Via P. Giuria, 9<br>
> I-10125 TORINO (Italy)<br>
> Tel.<br>
> +39 011-670-8372 <br>
> +39 011-670-7364<br>
> e-mail: <a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@unito.it" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@unito.it</a><br>
> Web: <br>
> <a href="http://www.met.unito.it" rel="noreferrer" target="_blank">www.met.unito.it</a><br>
> <a href="http://www.chimica.unito.it" rel="noreferrer" target="_blank">www.chimica.unito.it</a>  <br>
> Orcid: <a href="https://orcid.org/0000-0002-0914-4217" rel="noreferrer" target="_blank">https://orcid.org/0000-0002-0914-4217</a> _______________________________________________<br>
> The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian<br>
> people and expresses its concerns about the devastating<br>
> effects that the Russian military offensive has on their<br>
> country and on the free and peaceful scientific, cultural,<br>
> and economic cooperation amongst peoples<br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br>
<br>
西館数芽<br>
Kazume NISHIDATE Ph.D<br>
<br>
Department of Systems Innovation Engineering,<br>
Graduate School of Science and Engineering, Iwate University<br>
4-3-5 Ueda, Morioka, Iwate, 020-8551 JAPAN<br>
Phone:+81-19-621-6391<br>
<a href="mailto:kazume.nishidate@gmail.com" target="_blank">kazume.nishidate@gmail.com</a>, <a href="mailto:nisidate@iwate-u.ac.jp" target="_blank">nisidate@iwate-u.ac.jp</a><br>
<a href="https://sites.google.com/site/nisidatelab/" rel="noreferrer" target="_blank">https://sites.google.com/site/nisidatelab/</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian<br>
people and expresses its concerns about the devastating<br>
effects that the Russian military offensive has on their<br>
country and on the free and peaceful scientific, cultural,<br>
and economic cooperation amongst peoples<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>