<!DOCTYPE html><html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" /></head><body><div data-crea="font-wrapper" style="font-family: Tahoma; font-size: 16px; direction: ltr"><div style="font-family: Tahoma; font-size: 16px"></div><div dir="ltr" data-setdir="false" style='font-family: "Helvetica Neue", Helvetica, Arial, sans-serif;'><div dir="ltr" data-setdir="false">Hi</div><div dir="ltr" data-setdir="false">I am investigating the adsorption configuration of an organic molecule on platinum metal. When relaxing the molecule on the surface, after several steps, unfortunately, the structure of my molecule changes and actually breaks its bonds and the molecule loses its original structure.</div><div dir="ltr" data-setdir="false">I have no idea how to solve this problem so that the structure of the molecule is fixed and only the configuration is optimized on the surface, any help would be great.</div><div dir="ltr" data-setdir="false">My input file is below</div><div dir="ltr" data-setdir="false">Thank you in advance</div></div><div></div><div><br></div><div>&CONTROL</div><div>    calculation  = "relax"</div><div>  restart_mode='from_scratch',</div><div>  prefix='.',</div><div>  pseudo_dir = '.',</div><div>  outdir='.',</div><div>          verbosity = 'high' ,</div><div>           tstress = .true. ,</div><div>           tprnfor = .true. ,        </div><div>           forc_conv_thr =  1.94469e-03</div><div>            nstep=200</div><div>/</div><div><br></div><div>&SYSTEM</div><div>   </div><div>   ibrav           = 0</div><div>  nat            = 75</div><div>  nspin           = 2</div><div>  ntyp           = 4</div><div>   occupations= "smearing",</div><div>  smearing= 'methfessel-paxton',</div><div>  degauss=0.02,</div><div>  assume_isolated='2D',</div><div>  ecutwfc=30,</div><div>  ecutrho=240,</div><div>  starting_magnetization = 0.2</div><div>  nosym=.true.</div><div>/</div><div><br></div><div>&ELECTRONS</div><div>  conv_thr     = 1.00000e-07</div><div>  electron_maxstep = 300</div><div>  mixing_beta   = 3.00000e-01</div><div>  mixing_mode = "local-TF"</div><div>  </div><div>/</div><div><br></div><div>&IONS</div><div>  ion_dynamics = "bfgs"</div><div><br></div><div>/</div><div><br></div><div>K_POINTS {automatic}</div><div> 3 3 1 0 0 0</div><div><br></div><div>CELL_PARAMETERS {angstrom}</div><div> 10.922466325 -0.000000001  0.000000000</div><div> -5.461233163  9.459132775  0.000000000</div><div>  0.000000000  0.000000000 18.000000000</div><div>  </div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div>Pt  195.07800 pt_pbe_v1.4.uspp.F.UPF</div><div> H  1.00784   H.pbe-rrkjus_psl.1.0.0.UPF</div><div> O  15.999   O.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF</div><div> C  12.0107   C.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div><div>ATOMIC_POSITIONS {angstrom}</div><div><br></div><div>Pt      0.0000077644    1.5765353552    16.3472430825</div><div>Pt      1.3653138403    0.7882699234    13.9807271384</div><div>Pt      0.0000000000    0.0000000000    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      -0.0000000001    1.5765263758    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      -1.3652992973    3.9413174027    16.3472432565</div><div>Pt      0.0000056911    3.1530542088    13.9807237385</div><div>Pt      -1.3653117209    2.3647890738    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      -1.3653117210    3.9413154497    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      -2.7306069919    6.3060985669    16.3472454145</div><div>Pt      -1.3653034692    5.5178371573    13.9807247039</div><div>Pt      -2.7306234418    4.7295791277    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      -2.7306234419    6.3061045235    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      -4.0959140592    8.6708836324    16.3472472241</div><div>Pt      -2.7306117082    7.8826191304    13.9807317397</div><div>Pt      -4.0959361427    7.0943682015    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      -4.0959361428    8.6708945773    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      2.7306236460    1.5765362703    16.3472408801</div><div>Pt      4.0959318247    0.7882691829    13.9807260288</div><div>Pt      2.7306234415    -0.0000000002    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      2.7306234414    1.5765263756    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      1.3653164814    3.9413181222    16.3472414781</div><div>Pt      2.7306235902    3.1530536188    13.9807225982</div><div>Pt      1.3653117206    2.3647890736    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      1.3653117205    3.9413154495    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      0.0000090139    6.3060992417    16.3472433990</div><div>Pt      1.3653145269    5.5178365556    13.9807237339</div><div>Pt      -0.0000000003    4.7295791275    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      -0.0000000004    6.3061045233    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      -1.3652981764    8.6708842497    16.3472450356</div><div>Pt      0.0000064858    7.8826185842    13.9807309194</div><div>Pt      -1.3653117212    7.0943682013    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      -1.3653117213    8.6708945771    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      5.4612372260    1.5765360174    16.3472433993</div><div>Pt      6.8265475346    0.7882704581    13.9807287820</div><div>Pt      5.4612478630    -0.0000000004    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      5.4612478629    1.5765263755    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      4.0959301298    3.9413179086    16.3472437141</div><div>Pt      5.4612392613    3.1530548263    13.9807252600</div><div>Pt      4.0959361421    2.3647890735    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      4.0959361420    3.9413154493    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      2.7306226904    6.3060990582    16.3472459231</div><div>Pt      4.0959300283    5.5178377680    13.9807261407</div><div>Pt      2.7306234412    4.7295791273    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      2.7306234411    6.3061045231    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      1.3653155429    8.6708839957    16.3472473898</div><div>Pt      2.7306221715    7.8826197992    13.9807332565</div><div>Pt      1.3653117203    7.0943682011    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      1.3653117202    8.6708945770    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      8.1918529878    1.5765365561    16.3472470691</div><div>Pt      9.5571618390    0.7882735064    13.9807363341</div><div>Pt      8.1918713045    -0.0000000006    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      8.1918713044    1.5765263753    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      6.8265457985    3.9413184184    16.3472476089</div><div>Pt      8.1918536386    3.1530577791    13.9807330558</div><div>Pt      6.8265595836    2.3647890733    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      6.8265595835    3.9413154491    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      5.4612382544    6.3060995578    16.3472497009</div><div>Pt      6.8265444294    5.5178407507    13.9807341494</div><div>Pt      5.4612478627    4.7295791271    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      5.4612478626    6.3061045229    9.3594310000  0  0  0</div><div>Pt      4.0959311982    8.6708847198    16.3472515327</div><div>Pt      5.4612362969    7.8826227379    13.9807416081</div><div>Pt      4.0959361418    7.0943682009    11.6344210000  0  0  0</div><div>Pt      4.0959361417    8.6708945768    9.3594310000  0  0  0</div><div> C         3.95619779  5.17747681  18.32291712</div><div> C         2.95442915  6.17887277  18.34491198</div><div> C         1.74931835  5.51976820  18.42013420</div><div> O         1.93930433  4.17782698  18.45089274</div><div> H         5.03101126  5.30666171  18.24637459</div><div> H         3.09401738  7.25466563  18.30950534</div><div> H         0.71613894  5.85334029  18.44987249</div><div> C         3.75049106  2.58712572  18.41614957</div><div> H         2.92137736  1.83776279  18.44425772</div><div> O         4.92983530  2.23931121  18.40363741</div><div> C         3.28030354  4.06768486  18.39728890</div><div><br></div><div data-anchor="reply-title"><br><div data-crea="font-wrapper" style="font-family: Tahoma; direction: ltr;">--</div><div data-crea="font-wrapper" style="font-family: Tahoma; direction: ltr;">khouini fahime,PH.D student<br> physical chemistry, university of zanjan</div></div><br><div><br></div></div></body></html>