
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;"><div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">Hi, Jayraj Anadani:<div class=""><br class=""></div><div class="">I assume you want to perform a molecular dynamics (MD) simulation.<br class=""><br class="">First perform the MD without the temperature regulation (NVE ensemble) </div><div class="">and plot the total energy (ionic kinetic energy + potential energy) </div><div class="">with respect to the time steps, say up to the 10000 time steps. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">If the quantity is almost flat for the long time steps, you are doing </div><div class="">a correct MD calculation. If it shows a slat, there is something wrong</div><div class="">with your calculation.<br class=""><br class=""><br class=""></div><div class="">> Could you tell me if my simulation is going in the right direction? or not ?</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img apple-inline="yes" id="EBD63EE3-0CF9-4F27-8180-6DCB410FF750" src="cid:E7829AC1-1603-444E-A1C9-7D477CA9F1B5" class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">I’m not sure the meanings of the abbreviations in the legend of your graph.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">At least, the ‘Kelectron’ must be the kinetic energy of the electron in the a.u. (Ry) unit.</div><div class="">But the energy of electron part is not a conserved value in your MD simulation.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class="">西館数芽<br class="">Kazume NISHIDATE Ph.D<br class=""><br class="">Department of Systems Innovation Engineering,<br class="">Graduate School of Science and Engineering, Iwate University<br class="">4-3-5 Ueda, Morioka, Iwate, 020-8551 JAPAN<br class="">Phone:+81-19-621-6391<br class=""><a href="mailto:kazume.nishidate@gmail.com" class="">kazume.nishidate@gmail.com</a>, <a href="mailto:nisidate@iwate-u.ac.jp" class="">nisidate@iwate-u.ac.jp</a><br class=""><a href="https://sites.google.com/site/nisidatelab/" class="">https://sites.google.com/site/nisidatelab/</a><br class=""></div><br class=""></div></div></body></html>