<div dir="ltr">thank you so much<div><br></div><div>regard</div><div>jayraj anadani</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 14, 2022 at 5:39 PM Giovanni La Penna <<a href="mailto:giovanni.lapenna@cnr.it">giovanni.lapenna@cnr.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Jayraj Anadani,<br>
<br>
One easy way is to read the animated x-crysden format with VMD,<br>
then write coordinates into CHARMM DCD format, finally use<br>
Gromacs analysis tools or LAMMPS compute commands<br>
(rerun with molfile package). Or VMD itself.<br>
Check results to correctly handle periodic boundary conditions.<br>
If the system is large, conversion must be done in segments<br>
of trjactories, because VMD keeps the whole trajectory<br>
in memory.<br>
Below a simple VMD script, to run with "vmd -dispdev text -e file.vmd":<br>
<br>
#!/usr/local/bin/vmd<br>
# VMD script written by save_state : 1.47 $<br>
# VMD version: 1.9.2<br>
set path "./"<br>
set path1 "./"<br>
set inputname "md50K"<br>
<br>
mol new $path/$inputname.axsf type xsf first 0 last -1 step 1 filebonds 1 autobonds 1 waitfor all<br>
#eventual trajectory to load into topology previously read:<br>
#mol addfile $path1/$inputname1.axsf type xsf first 0 last -1 step 1 filebonds 1 autobonds 1 waitfor all<br>
set sel [atomselect top {all}]<br>
animate write dcd $path1/$inputname.dcd sel $sel beg 1 end -1<br>
exit<br>
<br>
<br>
Best,<br>
      Giovanni La Penna<br>
<br>
National research council of Italy<br>
Institute of chemistry of organometallic compounds<br>
via Madonna del Piano 10, 50019 Sesto Fiorentino (FI), Italy<br>
<a href="http://sites.google.com/view/wwwgiovannilapennait" rel="noreferrer" target="_blank">http://sites.google.com/view/wwwgiovannilapennait</a><br>
<br>
On Tue, Sep 13, 2022 at 12:25:32PM +0530, Jayraj Anadani wrote:<br>
> Hello QE Community Support Team,<br>
> <br>
> There very less number of resources available on post processing and actual<br>
> method on specially cp.x code using quantum espresso.<br>
> My question is<br>
> How we can visualise cp.x output file? There is cppp.x in which we can<br>
> convert .pos,.cell, and .for file into xsf or axsf format but how to<br>
> analyse different properties like Radial distribution function (RDF) means<br>
> squre displacement (MSD) etc.?<br>
> Also, most of tools like ovito,xcrysden,VESTA,VMD support lammps and castep<br>
> md file directly but cp.x generate completely different file format so<br>
> which is the best way or any tool to analyse output of cp.x code. i also<br>
> used code "cp2xsf.f90" but it is only convert cp pos,for and cell file into<br>
> axsf trajectory how to find RDF and MSD from that ?<br>
> <br>
> Thank you<br>
_______________________________________________<br>
The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian<br>
people and expresses its concerns about the devastating<br>
effects that the Russian military offensive has on their<br>
country and on the free and peaceful scientific, cultural,<br>
and economic cooperation amongst peoples<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</blockquote></div>