<div dir="ltr">Thank you sir, for your reply<div>but <span style="font-family:"arial narrow",sans-serif">I have one particular molecular system of 10-20 atoms which I am getting from a simulation of a large atom (around 10000 atoms) at a 300K temperature from a molecular dynamic simulation (LAMMPS). and I also did optimization of that MD structure which is amorphous metallic glass. Now,</span><div><div><font face="arial narrow, sans-serif"> Can I do dft study of a small part of a single molecule of a large MD simulation(~10000 atoms) ?</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">till now i did below things but i am bit confused which way is best way to study DFT . i also dis AIMD/CPMD but for metallic glass CPMD doesn't work good with PAW PP.</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">so,</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">1. Can I do direct SCF calculation(without relax) by giving a condition of <b>forc_conv_thr</b> and <b>tot_conv_thr</b> with creating a vacuum</font><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif">(for a non-periodic system)</span><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif"> of around 15 Angstrom to converge properly. </span><b style="font-family:"arial narrow",sans-serif">OR</b></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">2. I should do the RELAX calculation with vacuum and then go to the <b>scf</b> calculation to find the total energy and then <b>nscf</b>. </font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">***questions:</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">1. what if I relax a system and position is changed a bit(which is obvious) to minimize the total energy but that energy is at zero kelvin dft calculation and I want to study the system at 300K. So how can small parts of a structure reflect large MD simulation structural properties?</font></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap">Thank you</span></div></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap">regards </span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap">jayraj anadani</span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap">Ph.D. Research scholar
Department of physics</span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap">sardar patel university</span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap">india</span></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 26, 2022 at 5:00 PM Stefano de Gironcoli <<a href="mailto:degironc@sissa.it">degironc@sissa.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear JAYRAJ ANADANI,<br>
<br>
  calculation="scf"  corresponds to a minimization of the total energy <br>
at fixed atomic positions. you chose where to put the ions. the code <br>
does its best to return the corresponding energy.<br>
<br>
  calculaiton="relax" corresponds to a series of scf calculations, <br>
followed by forces evaluation and geometry update to minimize the energy <br>
of the system. The code does its best to converge to a minimum (non <br>
necessarily the global minimum) in the GS potential energy surface.<br>
<br>
  there is no temperature in any of these calculations.<br>
<br>
  if you want to simulate the system at finite (classical) temperature <br>
for the atoms you should perform MD simlations<br>
<br>
stefano<br>
<br>
On 26/08/22 05:02, Jayraj Anadani wrote:<br>
> Dear QE<br>
>               I put H2O molecular atoms small far apart from each <br>
> other within large supercell so that the periodic image of the H2O do <br>
> not interact with each other and run a scf calculation my convergence <br>
> done successfully with good amount of accuracy upto 10^-9. But it is <br>
> not reflecting original H2O molecule at 300 Kelvin...but when i <br>
> relaxing these atoms and then did scf calculation they are reflecting <br>
> H2O at 300k by observing bond angel and length.. how ? And my question is<br>
> 1) scf is also doing calculation using iteration method algorithm by <br>
> using electronic densities at ground state so why they converge when <br>
> two hydrogen atoms and one oxygen atom are not at appropriate <br>
> distance.still scf converge how ?<br>
> 2) also by doing relax calculation all of sudden two hydrogen and one <br>
> oxygen come closer and they formed a bond and bond angel which is <br>
> reflect 300k H2O molecule structure. So how two hydrogen and one <br>
> oxygen atoms knows during relaxation that i have to make structure at <br>
> a room temperature?<br>
><br>
><br>
> Thank you<br>
> Regards<br>
><br>
> JAYRAJ ANADANI<br>
> Ph.D Research scholar<br>
> Department of physics<br>
> Sardar Patel University<br>
> Anand,Gujarat,<br>
> India<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian<br>
> people and expresses its concerns about the devastating<br>
> effects that the Russian military offensive has on their<br>
> country and on the free and peaceful scientific, cultural,<br>
> and economic cooperation amongst peoples<br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
_______________________________________________<br>
The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian<br>
people and expresses its concerns about the devastating<br>
effects that the Russian military offensive has on their<br>
country and on the free and peaceful scientific, cultural,<br>
and economic cooperation amongst peoples<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>