<div dir="auto"><div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif">Dear QE community<font color="#000000"><span style="font-size:14px;white-space:pre-wrap">,</span></font><br></font><div><font face="arial narrow, sans-serif">              </font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">I have one particular molecular system of 10-20 atoms which I am getting from a simulation of a large atom (around 10000 atoms) at a 300K temperature from a molecular dynamic simulation (LAMMPS). and I also did optimization of MD structure. now if i want to do DFT study to know the bonding characteristic (i.e. DOS/PDOS) of atoms, at 300K configuration.what is the best way to study dft.</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">I already did the AIMD/CPMD calculation using <b>cp.x</b> code but since my material is amorphous metallic and CPMD is too delicate for metals and couldn't control the kinetic energy of an electron (<b>ekin)</b>.</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">so,</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">1. Can I do direct SCF calculation(without relax) by giving a condition of <b>forc_conv_thr</b> and <b>tot_conv_thr</b> with creating a vacuum</font><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif">(for a non-periodic system)</span><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif"> of around 15 Angstrom to converge properly. </span><b style="font-family:"arial narrow",sans-serif">OR</b></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">2. I should do the RELAX calculation with vacuum and then go to the <b>scf</b> calculation to find the total energy and then <b>nscf</b>. </font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">***questions:</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">1. what if I relax a system and position is changed a bit(which is obvious) to minimize the total energy but that energy is at zero kelvin dft calculation and I want to study the system at 300K. So how can small parts of a structure reflect large MD simulation structural properties?</font></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;white-space:pre-wrap">Thank you</span><br></div><div><pre style="font-size:14px;white-space:pre-wrap;margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:"arial narrow",sans-serif">Yours Sincerely,</span><br></pre><pre style="font-size:14px;white-space:pre-wrap;margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></pre><pre style="font-size:14px;white-space:pre-wrap;margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial narrow, sans-serif">Jayraj Anadani</font></pre><pre style="font-size:14px;white-space:pre-wrap;margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial narrow, sans-serif">Research Scholar
Department of Physics, Sardar Patel University</font></pre><pre style="font-size:14px;white-space:pre-wrap;margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial narrow, sans-serif">Gujarat, India-388120</font></pre></div></div>
</blockquote></div></div></div>