<div dir="ltr">It is common to use Gaussian distribution for the initial velocities.<br>The purpose is to introduce specious randomness at the temperature T.<br><br>But off course it is not guaranteed that the system is in an<br>equilibrium state. I usually do three steps MD calculation to achieve<br>the equilibrium.<br><br>1. Specify the T and give the Gaussian distributed initial<br>  velocities to the system  (eg. tempw=300 in the QE) .<br><br>2. Calculate the MD upto a few thousands steps regulating the<br>  temperature (velocity scaling method in the QE,<br>  ion_temperature='rescaling').<br><br>3. Calculate the MD without the temperature regulation. In this case,<br>  the system is in the NVE microcanonical ensemble and the total<br>  energy will be conserved (with some fluctuations) during the MD<br>  calculation. We can check it by plotting the energies.  If it was<br>  not conserved, the system may far from the equilibrium state. We<br>  can go back to the step 2 or just modify the initial atomic<br>  geometries.<br><br>I wrote a perl script, <a href="http://qe-velocities.pl">qe-velocities.pl</a>, which estimates the variation<br>of velocities from the output file of QE. You can download from here:<br><br><a href="https://www.filemail.com/d/jbtzfobtxttkamj">https://www.filemail.com/d/jbtzfobtxttkamj</a><br><br><br>It evaluates the velocities using the formula of<br>v = (r(t2)-r(t1))/dt<br>in the unit of (Angstrom/femto-second). <br><br>To run the script, save the file in a directory and<br>type the command of:<br>./<a href="http://qe-velocities.pl">qe-velocities.pl</a> qe-md.out<br>where the file 'qe-md.out' is the output file of QE (MD<br>calculation of 64 H2O molecule in a cubic box).<br><br>Note that you must add the executable permission to the script<br>using the command<br>chmod 755 ./<a href="http://qe-velocities.pl">qe-velocities.pl</a><br>before the execution of it.<br><br>It creates three files; <a href="http://md.xyz">md.xyz</a>, md-v-a-fs.dat, and md-v-au.dat.<br><br>* The file md-v-a-fs.dat contains the velocities in<br>(Angstrom/femto-second) unit at each MD time steps.<br><br>* The file md-v-au.dat contains the velocities in (a.u) unit at each<br>MD time steps and can be directory used as an input for the next MD<br>run (&ATOMIC_VELOCITIES section of the input file).<br><br>The file <a href="http://md.xyz">md.xyz</a> is the position data of atoms (Angstrom) at each MD<br>time steps in the 'xyz' format and can be used as an input for the<br>general MD animation softwares such as the 'Ovito'.<br><br>Note also that the script, <a href="http://qe-velocities.pl">qe-velocities.pl</a>, is not solely checked and<br>may contain some bugs. It is currently applicable only for the cubic<br>sytem (alpha=beta=gamma=90 degrees) due to the difficulty to handle<br>the cycric BC of the other systems (at least for me).<br><br>have fun!<br><br><br>best regards<br>kazume NISHIDATE<br>敬具　西館数芽<br><br><a href="mailto:nisidate@iwate-u.ac.jp">nisidate@iwate-u.ac.jp</a><br><a href="mailto:kazume.nishidate@gmail.com">kazume.nishidate@gmail.com</a><br></div>