<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dears Giuseppe, Stefano, and Nam Tram</div><div dir="ltr"><br></div><div>Sorry, but I'm just thinking about how to sort this issue out.</div><div><br></div><div dir="ltr">Would that kind of problem be circumvented by using the QE's ENVIRON puglin?</div><div>Or to avoid the generated macroscopic electric field, would be a good idea to use a charged plate (variable gate in pw.x input) placed close to the molecule?</div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you all in advance.</div><div><br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Best regards,<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><i style="text-align:center;color:rgb(0,0,0);font-family:monospace"><div style="text-align:left"><i><font size="1">       Marcelo Albuquerque</font></i></div></i><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><i style="text-align:center;color:rgb(0,0,0);font-family:monospace"><div style="text-align:left"><i><font size="1">        Ph.D. Candidate</font></i></div></i><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><i style="text-align:center;color:rgb(0,0,0);font-family:monospace"><div style="text-align:left"><i><font size="1">      Physics Institute</font></i></div></i><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:x-small;text-align:center"><div style="text-align:left"><i>Fluminense Federal University (UFF)</i></div></i><div><div><div style="text-align:left"><font face="monospace" color="#000000" size="1"><i style="background-color:rgb(255,255,255)">       Niterói/RJ - Brazil</i></font></div></div></div><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Feb 23, 2021 at 8:01 AM Nam Tran wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Giuseppe and Stefano,<br>
<br>
Thank you so much for your reply.<br>
I guess I have to rephrase my problem and think about it in a different way.<br>
<br>
Best regards<br>
Nam<br>
<br>
<br>
> On Feb 23, 2021, at 8:22 PM, Giuseppe Mattioli <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>> wrote:<br>
> <br>
> ?<br>
> Dear Nam<br>
> If you forget the DFT problem of unbound electrons in anions (which is not a chemical or physical problem) and think about the chemistry, there is no real process that ends with a nitrate anion in gas phase, AFAIK. Desorption may rather involve a neutral NO2 molecule, depending on the surface redox chemistry. Of course release of anions in solution is possible, but you should simulate a (proper or implicit) solvation environment.<br>
> HTH<br>
> Giuseppe<br>
> <br>
> Quoting Stefano Baroni <<a href="mailto:baroni@sissa.it" target="_blank">baroni@sissa.it</a>>:<br>
> <br>
>> If the anion stays charged, which is an issue by itself in DFT, the distance will never be large enough, because the slab will generate a macroscopic electric field. sb<br>
>> <br>
>> ___<br>
>> Stefano Baroni, Trieste -- <a href="http://stefano.baroni.me" rel="noreferrer" target="_blank">http://stefano.baroni.me</a><br>
>> <br>
>>>> On 23 Feb 2021, at 07:05, Nam Tran <<a href="mailto:vnt981@uowmail.edu.au" target="_blank">vnt981@uowmail.edu.au</a>> wrote:<br>
>>> <br>
>>> ?<br>
>>> Dear QE users,<br>
>>> <br>
>>> I would like to calculate the adsorption energy of a negative anion NO3- with a positive slab (The total system is neutral). I cannot use the convention formula Eds = E(slab+anion) - E(slab) - E(anion) because of the charge compensation when calculating the energy of charged slab and charge adsorbate.<br>
>>> <br>
>>> As the total system (slab+anion) is neutral, I wonder if it is possible to just move the molecule far away from the slab (make sure that vacuum in z-direction is large enough), and calculate the energy difference i.e., one of them the molecule is far away from the surface and in the other one the molecule adsorbed on the surface.<br>
>>> <br>
>>> <br>
>>> Best regards<br>
>>> Nam<br>
>>> <br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
>>> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
> <br>
> <br>
> GIUSEPPE MATTIOLI<br>
> CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
> Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
> I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
> Mob (*preferred*) +39 373 7305625<br>
> Tel + 39 06 90672342 - Fax +39 06 90672316<br>
> E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
> <br>
> ______________________________<br>
</blockquote></div></div>