<div dir="ltr"><div>pw.x -in input will likely solve your issue, but with such a large cell, you will hit all kinds of problems and bottlenecks.</div><div><br></div><div>Paolo<br></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 18, 2021 at 7:38 PM Aaron Friesz <<a href="mailto:friesz@usc.edu">friesz@usc.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I have a fairly large system that (~34k atoms) that I'm attempting to use.  The input file to pw.x is about 1.8 MB with all of the atomic locations listed out and I think this is giving the program issues on my cluster.  Reason being that I have a smaller example that will run with no problem, but when I attempt to run this larger file with the same setup on my infrastructure.  I am providing the input using 'pw.x < input > output' as I learned in the tutorials.<br></div><div><br></div><div>So my question:  Is there a better way to input a large structure such as this?</div><div><br></div><div>Thanks for any suggestions or help,</div><div><br></div><div>Aaron</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>For those that are curious, my errors are as follows:</div><div><br></div><div>[<a href="mailto:proxy%3A0%3A0@d11-28.hpc.usc.edu" target="_blank">proxy:0:0@d11-28.hpc.usc.edu</a>] HYD_pmcd_pmip_control_cmd_cb (pm/pmiserv/pmip_cb.c:921): process reading stdin too slowly; can't keep up<br>[<a href="mailto:proxy%3A0%3A0@d11-28.hpc.usc.edu" target="_blank">proxy:0:0@d11-28.hpc.usc.edu</a>] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (tools/demux/demux_poll.c:77): callback returned error status<br>[<a href="mailto:proxy%3A0%3A0@d11-28.hpc.usc.edu" target="_blank">proxy:0:0@d11-28.hpc.usc.edu</a>] main (pm/pmiserv/pmip.c:200): demux engine error waiting for event<br>[<a href="mailto:mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu" target="_blank">mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu</a>] control_cb (pm/pmiserv/pmiserv_cb.c:208): assert (!closed) failed<br>[<a href="mailto:mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu" target="_blank">mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu</a>] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (tools/demux/demux_poll.c:77): callback returned error status<br>[<a href="mailto:mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu" target="_blank">mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu</a>] HYD_pmci_wait_for_completion (pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:196): error waiting for event<br>[<a href="mailto:mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu" target="_blank">mpiexec@d11-28.hpc.usc.edu</a>] main (ui/mpich/mpiexec.c:336): process manager error waiting for completion</div></div>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 206, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>