<div dir="ltr"><div>Thank you for your quick response.</div>To create a dangling bond, I need to remove one atom of Cd (or S) form periodic CdS system. Is it correct method to create a Dangling bond?<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Dr. Sunil Kumar<div>Ph.D (Chemical Engg. IIT Delhi)</div><div><span style="font-size:12.8px">M.Tech (Chemical Engg. IIT Delhi)</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">B.Tech (Chemical Engg. IET-CSJMU Kanpur)</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Scientist-C and Assistant Professor</span></div><div>CSIR-National Metallurgical Laboratory Jamshedpur-831007</div><div><a href="http://www.nmlindia.org/" target="_blank">http://www.nmlindia.org/</a><br></div><div><a href="https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra" target="_blank">https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra</a><br></div><div><br></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 12, 2020 at 10:28 PM Giuseppe Mattioli <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
Dear Kumar<br>
In your attached file there is a correct and fully periodic CdS  <br>
zincblend structure. I don't see any dangling bond.<br>
<br>
  >> I have one more question. Is it sufficient to remove one atom Cd (or  S)<br>
>> form CdS crystal<br>
<br>
To obtain what?<br>
<br>
>> i need to modify/regenerate pseudo-potential file<br>
>> to calculate properties related to Dangling bond during DFT simulation?<br>
<br>
No, you don't<br>
<br>
HTH<br>
Giuseppe<br>
<br>
Quoting "Dr. SUNIL KUMAR" <<a href="mailto:suniliitd14@gmail.com" target="_blank">suniliitd14@gmail.com</a>>:<br>
<br>
> I have carried out some dft simulations as attached file.<br>
> Dr. Sunil Kumar<br>
> Ph.D (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
> M.Tech (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
> B.Tech (Chemical Engg. IET-CSJMU Kanpur)<br>
> Scientist-C and Assistant Professor<br>
> CSIR-National Metallurgical Laboratory Jamshedpur-831007<br>
> <a href="http://www.nmlindia.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.nmlindia.org/</a><br>
> <a href="https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra" rel="noreferrer" target="_blank">https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra</a><br>
><br>
><br>
><br>
> On Thu, Nov 12, 2020 at 10:10 PM Dr. SUNIL KUMAR <<a href="mailto:suniliitd14@gmail.com" target="_blank">suniliitd14@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
><br>
>> Thankyou for your explanation regarding Dangling bond.<br>
>> I have one more question. Is it sufficient to remove one atom Cd (or  S)<br>
>> form CdS crystal or also i need to modify/regenerate pseudo-potential file<br>
>> to calculate properties related to Dangling bond during DFT simulation?<br>
>> thanks<br>
>> Dr. Sunil Kumar<br>
>> Ph.D (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
>> M.Tech (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
>> B.Tech (Chemical Engg. IET-CSJMU Kanpur)<br>
>> Scientist-C and Assistant Professor<br>
>> CSIR-National Metallurgical Laboratory Jamshedpur-831007<br>
>> <a href="http://www.nmlindia.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.nmlindia.org/</a><br>
>> <a href="https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra" rel="noreferrer" target="_blank">https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra</a><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> On Thu, Nov 12, 2020 at 8:53 PM Giuseppe Mattioli <<br>
>> <a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>> wrote:<br>
>><br>
>>><br>
>>> Dear Tamas and Kumar<br>
>>> only to add a few words to the (very pertinent) Tamas' reply:<br>
>>> 1) Semiconductor surfaces can undergoes very complex reconstruction<br>
>>> patterns (the 7x7 Si(111) reconstruction being likely the most famous<br>
>>> case). You will not find complex reconstructions by simply cutting and<br>
>>> relaxing the slabs, and it is best to search in experimental<br>
>>> literature, in order not to waste time simulating unphysical systems<br>
>>> which are never going to converge.<br>
>>><br>
>>> 2) Dangling bonds can be also created inside crystals (e.g, by atomic<br>
>>> vacancies). It is not clear what kind of dangling bond you are<br>
>>> referring to.<br>
>>><br>
>>> 3) There is an additional problem when you want to simulate some<br>
>>> process happening on the surface (e.g., adsorptions of molecules).<br>
>>> Various strategies can be used, including the saturation of dangling<br>
>>> bonds on one side of the slab by "pseudohydrogen atoms" having<br>
>>> fractional charge mimicking that of the pristine bond broken by<br>
>>> cleavage.<br>
>>><br>
>>> This said, you should "make an educated guess" [cit. John Malkovich<br>
>>> :-)] and ask less general questions which may (or may not) generate<br>
>>> more useful answers.<br>
>>><br>
>>> HTH<br>
>>> Giuseppe<br>
>>><br>
>>> Quoting Tamas Karpati <<a href="mailto:tkarpati@gmail.com" target="_blank">tkarpati@gmail.com</a>>:<br>
>>><br>
>>> > Dear Dr. Kumar,<br>
>>> ><br>
>>> > I guess dangling bonds are written about in DFT textbooks of the<br>
>>> > physicists' style<br>
>>> > (in quantum chemistry, ie. clusters rather than crystals, it is less<br>
>>> > of a problem).<br>
>>> ><br>
>>> > The typical problem is that you cut chemical bonds when cleave the<br>
>>> > crystal (to get a slab).<br>
>>> > In case of bonds originally dominated by ionic (Coulomb) forces you<br>
>>> > may still have a closed<br>
>>> > shell system (ie. just paired electrons) after the cleavage. As for<br>
>>> > the more covalent<br>
>>> > bonds, radicals are generated and such high multiplicity electronic<br>
>>> > states (large<br>
>>> > magnetizations in terms of QE/PW.x inputs) reorganize to the more<br>
>>> > stable closed<br>
>>> > shell systems by changing geometry (you need to reoptimize their<br>
>>> > geometry) and<br>
>>> > simultaneously forming new bonds. This way every few surface atom<br>
>>> > pairs get closer<br>
>>> > and such bonds form, ie. bonds that were dangling after you made the<br>
>>> > cut are now<br>
>>> > in covalent bonds again (no dangling anymore).<br>
>>> > This you can model by reoptimizing with low (not sure but probably<br>
>>> > zero) magnetization.<br>
>>> ><br>
>>> > CdS has strong bonds carrying both ionic (maybe less) and covalent<br>
>>> nature<br>
>>> > (more of the latter). Depending on the cleaving plane you applied to<br>
>>> > the crystal,<br>
>>> > you have a high chance to see new Cd-S bonds form. Less probable is<br>
>>> > that you'll<br>
>>> > have Cd-Cd bonds or -S-S- bridges but these are also possible if your<br>
>>> surface<br>
>>> > atoms are situated so.<br>
>>> ><br>
>>> > Another way of treating such systems is to keep the structure as you<br>
>>> have cut<br>
>>> > from the crystal and apply a high starting_magnetization in a PW/relax<br>
>>> job.<br>
>>> ><br>
>>> > Be careful, though, as the chemistries you describe by the above two<br>
>>> methods<br>
>>> > (reorganization vs. high magnetization) are living in two distant<br>
>>> Universes.<br>
>>> ><br>
>>> > I hope this helps,<br>
>>> >   Tamas<br>
>>> ><br>
>>> > On Thu, Nov 12, 2020 at 8:13 AM Dr. SUNIL KUMAR<br>
>>> > <<a href="mailto:suniliitd14@gmail.com" target="_blank">suniliitd14@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>> >><br>
>>> >> Dear QE developers and Users.<br>
>>> >> I am struggling to carry out a DFT simulation of CdS with dangling<br>
>>> >> bonds using Quantum Espresso DFT packages. I am unable to<br>
>>> >> understand the phenomena of Dangling bond and its implementation in<br>
>>> >> QE DFT simulation. I would like to request to you all, kindly<br>
>>> >> suggest me some tutorial and sample QE scripts for CdS with<br>
>>> >> Dangling bonds. I will be grateful to you.<br>
>>> >><br>
>>> >> Thanks<br>
>>> >> With regards<br>
>>> >> SUNIL<br>
>>> >> Dr. Sunil Kumar<br>
>>> >> Ph.D (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
>>> >> M.Tech (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
>>> >> B.Tech (Chemical Engg. IET-CSJMU Kanpur)<br>
>>> >> Scientist-C and Assistant Professor<br>
>>> >> CSIR-National Metallurgical Laboratory Jamshedpur-831007<br>
>>> >> <a href="http://www.nmlindia.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.nmlindia.org/</a><br>
>>> >> <a href="https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra" rel="noreferrer" target="_blank">https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra</a><br>
>>> >><br>
>>> >> _______________________________________________<br>
>>> >> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
>>> >> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>>> >> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
>>> > _______________________________________________<br>
>>> > Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
>>> > users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>>> > <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> GIUSEPPE MATTIOLI<br>
>>> CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
>>> Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
>>> I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
>>> Mob (*preferred*) +39 373 7305625<br>
>>> Tel + 39 06 90672342 - Fax +39 06 90672316<br>
>>> E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
>>> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
>>><br>
>><br>
<br>
<br>
<br>
GIUSEPPE MATTIOLI<br>
CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
Mob (*preferred*) +39 373 7305625<br>
Tel + 39 06 90672342 - Fax +39 06 90672316<br>
E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</blockquote></div>