<div dir="ltr">I have carried out some dft simulations as attached file.<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Dr. Sunil Kumar<div>Ph.D (Chemical Engg. IIT Delhi)</div><div><span style="font-size:12.8px">M.Tech (Chemical Engg. IIT Delhi)</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">B.Tech (Chemical Engg. IET-CSJMU Kanpur)</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Scientist-C and Assistant Professor</span></div><div>CSIR-National Metallurgical Laboratory Jamshedpur-831007</div><div><a href="http://www.nmlindia.org/" target="_blank">http://www.nmlindia.org/</a><br></div><div><a href="https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra" target="_blank">https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra</a><br></div><div><br></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 12, 2020 at 10:10 PM Dr. SUNIL KUMAR <<a href="mailto:suniliitd14@gmail.com">suniliitd14@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thankyou for your explanation regarding Dangling bond. <div>I have one more question. Is it sufficient to remove one atom Cd (or  S) form CdS crystal or also i need to modify/regenerate pseudo-potential file to calculate properties related to Dangling bond during DFT simulation?</div><div>thanks<br clear="all"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dr. Sunil Kumar<div>Ph.D (Chemical Engg. IIT Delhi)</div><div><span style="font-size:12.8px">M.Tech (Chemical Engg. IIT Delhi)</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">B.Tech (Chemical Engg. IET-CSJMU Kanpur)</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Scientist-C and Assistant Professor</span></div><div>CSIR-National Metallurgical Laboratory Jamshedpur-831007</div><div><a href="http://www.nmlindia.org/" target="_blank">http://www.nmlindia.org/</a><br></div><div><a href="https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra" target="_blank">https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra</a><br></div><div><br></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 12, 2020 at 8:53 PM Giuseppe Mattioli <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
Dear Tamas and Kumar<br>
only to add a few words to the (very pertinent) Tamas' reply:<br>
1) Semiconductor surfaces can undergoes very complex reconstruction  <br>
patterns (the 7x7 Si(111) reconstruction being likely the most famous  <br>
case). You will not find complex reconstructions by simply cutting and  <br>
relaxing the slabs, and it is best to search in experimental  <br>
literature, in order not to waste time simulating unphysical systems  <br>
which are never going to converge.<br>
<br>
2) Dangling bonds can be also created inside crystals (e.g, by atomic  <br>
vacancies). It is not clear what kind of dangling bond you are  <br>
referring to.<br>
<br>
3) There is an additional problem when you want to simulate some  <br>
process happening on the surface (e.g., adsorptions of molecules).  <br>
Various strategies can be used, including the saturation of dangling  <br>
bonds on one side of the slab by "pseudohydrogen atoms" having  <br>
fractional charge mimicking that of the pristine bond broken by  <br>
cleavage.<br>
<br>
This said, you should "make an educated guess" [cit. John Malkovich  <br>
:-)] and ask less general questions which may (or may not) generate  <br>
more useful answers.<br>
<br>
HTH<br>
Giuseppe<br>
<br>
Quoting Tamas Karpati <<a href="mailto:tkarpati@gmail.com" target="_blank">tkarpati@gmail.com</a>>:<br>
<br>
> Dear Dr. Kumar,<br>
><br>
> I guess dangling bonds are written about in DFT textbooks of the<br>
> physicists' style<br>
> (in quantum chemistry, ie. clusters rather than crystals, it is less<br>
> of a problem).<br>
><br>
> The typical problem is that you cut chemical bonds when cleave the<br>
> crystal (to get a slab).<br>
> In case of bonds originally dominated by ionic (Coulomb) forces you<br>
> may still have a closed<br>
> shell system (ie. just paired electrons) after the cleavage. As for<br>
> the more covalent<br>
> bonds, radicals are generated and such high multiplicity electronic<br>
> states (large<br>
> magnetizations in terms of QE/PW.x inputs) reorganize to the more  <br>
> stable closed<br>
> shell systems by changing geometry (you need to reoptimize their  <br>
> geometry) and<br>
> simultaneously forming new bonds. This way every few surface atom<br>
> pairs get closer<br>
> and such bonds form, ie. bonds that were dangling after you made the  <br>
> cut are now<br>
> in covalent bonds again (no dangling anymore).<br>
> This you can model by reoptimizing with low (not sure but probably<br>
> zero) magnetization.<br>
><br>
> CdS has strong bonds carrying both ionic (maybe less) and covalent nature<br>
> (more of the latter). Depending on the cleaving plane you applied to<br>
> the crystal,<br>
> you have a high chance to see new Cd-S bonds form. Less probable is  <br>
> that you'll<br>
> have Cd-Cd bonds or -S-S- bridges but these are also possible if your surface<br>
> atoms are situated so.<br>
><br>
> Another way of treating such systems is to keep the structure as you have cut<br>
> from the crystal and apply a high starting_magnetization in a PW/relax job.<br>
><br>
> Be careful, though, as the chemistries you describe by the above two methods<br>
> (reorganization vs. high magnetization) are living in two distant Universes.<br>
><br>
> I hope this helps,<br>
>   Tamas<br>
><br>
> On Thu, Nov 12, 2020 at 8:13 AM Dr. SUNIL KUMAR  <br>
> <<a href="mailto:suniliitd14@gmail.com" target="_blank">suniliitd14@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Dear QE developers and Users.<br>
>> I am struggling to carry out a DFT simulation of CdS with dangling  <br>
>> bonds using Quantum Espresso DFT packages. I am unable to  <br>
>> understand the phenomena of Dangling bond and its implementation in  <br>
>> QE DFT simulation. I would like to request to you all, kindly  <br>
>> suggest me some tutorial and sample QE scripts for CdS with  <br>
>> Dangling bonds. I will be grateful to you.<br>
>><br>
>> Thanks<br>
>> With regards<br>
>> SUNIL<br>
>> Dr. Sunil Kumar<br>
>> Ph.D (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
>> M.Tech (Chemical Engg. IIT Delhi)<br>
>> B.Tech (Chemical Engg. IET-CSJMU Kanpur)<br>
>> Scientist-C and Assistant Professor<br>
>> CSIR-National Metallurgical Laboratory Jamshedpur-831007<br>
>> <a href="http://www.nmlindia.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.nmlindia.org/</a><br>
>> <a href="https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra" rel="noreferrer" target="_blank">https://scholar.google.co.in/citations?user=OchYqugAAAAJ&hl=en&oi=sra</a><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
>> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br>
<br>
<br>
GIUSEPPE MATTIOLI<br>
CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
Mob (*preferred*) +39 373 7305625<br>
Tel + 39 06 90672342 - Fax +39 06 90672316<br>
E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>