<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Dear Users,</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Problem:</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
I am performing calculations with the optB88-vdW functional to obtain adsorption energies of small aromatic molecules on metallic surface facets (Pt(111) and phenol for the cases discussed here). Unfortunately, the adsorption energies obtained from these calculations
 are systematically 50 kJ mol^-1 below comparable studies performed with VASP. I have replicated their parameters as closely as possible - as such I am also using PBE PAW pseudopotentials from the psl pseudopotential library.<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
The above underestimation occurs for a fully periodic calculation. Using the dipole corrections (2D and ESM (bc1)) appears to exacerbate these issues, leading to a 70 kJ mol^-1 underestimation of the adsorption energy. (The system is centred in the centre of
 the cell with 8 Ang of vacuum either side of the system for 2D, and the system is centred around z=0 for ESM). </div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
The calculation for adsorption energy is performed as:<br>
E_ads = E_slab+ads - (E_slab + E_ads)</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Where the adsorbate is calculated in a 30x30x30 Ang cell with the Markov-Payne dipole correction (Though this give negligable difference compared to full PBC).<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Question:</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
The PBE+rvv10 functional performs significantly better with PBC and 2D Coulomb Cutoff, giving sensible and expected values for the adsorption energy. However, I am cautious in trusting these results given the large errors for the optB88-vdW functional. Is there
 something obvious I am missing in these calculations or is this a known issue?<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
A previous email to this list has pointed out other issues with this functional (<a href="https://www.mail-archive.com/users@lists.quantum-espresso.org/msg35965.html" target="_blank" rel="noopener noreferrer" data-auth="NotApplicable">https://www.mail-archive.com/users@lists.quantum-espresso.org/msg35965.html</a>).
 This might help, but could someone please clarify this as well?<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Additional information:</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
I am using QE v.6.5 compiled with Intel-2018 with the ELPA 2017 library. Enivron Module installed but not used in these calculations. All QC tests pass without error.
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Please find below the input file:</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
___________________________________</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
&CONTROL
<div>   calculation      = 'relax'</div>
<div>   restart_mode     = 'from_scratch'</div>
<div>   prefix           = 'Pt'</div>
<div>   disk_io          = 'low'</div>
<div>   pseudo_dir       = '/home/gab1u17/pslib-kj-paw/'</div>
<div>   nstep            = 300</div>
<div>/</div>
<div>&SYSTEM</div>
<div>   ibrav            = 0</div>
<div>   ecutwfc          = 45</div>
<div>   ecutrho          = 360</div>
<div>   occupations      = 'smearing'</div>
<div>   degauss          = 0.05</div>
<div>   smearing         = 'gaussian'</div>
<div>   input_dft        = 'vdw-df-obk8'</div>
<div>   assume_isolated  = '2D'</div>
<div>   ntyp             = 4</div>
<div>   nat              = 48</div>
<div>/</div>
<div>&ELECTRONS</div>
<div>   electron_maxstep = 150</div>
<div>   conv_thr         = 8e-08</div>
<div>   mixing_mode      = 'local-TF'</div>
<div>   mixing_beta      = 0.2</div>
<div>/</div>
<div>&IONS</div>
<div>   ion_dynamics     = 'bfgs'</div>
<div>/</div>
<div>&CELL</div>
<div>/</div>
<div><br>
</div>
<div>ATOMIC_SPECIES</div>
<div>Pt 195.084 Pt.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div>
<div>C 12.011 C.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div>
<div>O 15.999 O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div>
<div>H 1.008 H.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div>
<div><br>
</div>
<div>K_POINTS automatic</div>
<div>6 6 1  0 0 0</div>
<div><br>
</div>
<div>CELL_PARAMETERS angstrom</div>
<div>7.42718991274627 0.00000000000000 0.00000000000000</div>
<div>3.71359495637314 6.43213514316980 0.00000000000000</div>
0.00000000000000 0.00000000000000 29.000000000003126<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
ATOMIC_POSITIONS angstrom
<div>Pt 2.5641489000 0.4594382200 8.0000000000  0 0 0</div>
<div>Pt 5.2167167200 1.3783146700 8.0000000000  0 0 0</div>
...</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Pt 4.1556895900 0.1531460700 17.1683222700
<div>Pt 6.8082574200 1.0720225200 17.1683222700</div>
Pt 2.0336353300 1.9908989700 17.1683222700</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
...<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
H 0.3060672802 1.6388023741 19.1376040000
<div>H 2.7167357186 1.0284278006 19.1376040000</div>
<div>H 4.4562891110 2.8078620154 19.1376040000</div>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
___________________________________</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Thank you in advance for your assistance.<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Kind regards,</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Gabriel Bramley <br>
</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
PhD. Candidate</div>
<div style="color:black; font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
University of Southampton</div>
<br>
</div>
</body>
</html>