<div dir="auto">Dear all,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Would it be possible to run dist.x along with the input file to find out which atom(s) is(are) positioned incorrectly?</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Best of luck.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em sáb, 12 de set de 2020 07:01,  <<a href="mailto:users-request@lists.quantum-espresso.org">users-request@lists.quantum-espresso.org</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:users-request@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users-request@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:users-owner@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users-owner@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of users digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: mBEEF-vdW (Fabrizio Ferrari)<br>
   2. Fwd: Wrong projection of wannier functions. (Poonam Kaushik)<br>
   3. problem with number of atoms in pw.x (Jos? Carlos Conesa Cegarra)<br>
   4. Re: problem with number of atoms in pw.x (Paolo Giannozzi)<br>
   5. Re: Error in routine read_xml_file (hamed asadi)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 11 Sep 2020 12:07:25 +0200<br>
From: Fabrizio Ferrari <<a href="mailto:ferrariruffino.fz@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">ferrariruffino.fz@gmail.com</a>><br>
To: Quantum ESPRESSO users Forum <<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
Subject: Re: [QE-users] mBEEF-vdW<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAL7fUk4NZ3LLeC9UyktFewMLnt7j5_thmcYxHDV0szHnsTEHig@mail.gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">CAL7fUk4NZ3LLeC9UyktFewMLnt7j5_thmcYxHDV0szHnsTEHig@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Michal,<br>
at present libbeef is used by QE only for GGA. The libxc functional<br>
'mgga_x_mbeefvdw' formally appears as an ordinary mGGA functional, with no<br>
dependence on extra parameters, so I would say that, at least formally, it<br>
is possible to use it as an input_dft. That said, I don't know much about<br>
vdW and can't say if the program will converge properly or not to the<br>
expected results with that choice.<br>
Hope it helps,<br>
Fabrizio<br>
<br>
<br>
On Fri, Sep 11, 2020 at 10:03 AM Michal Krompiec <<a href="mailto:michal.krompiec@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">michal.krompiec@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> Hello,<br>
> Is it possible to use the MGGA mBEEF-vdW in QE? (via libbeef or libxc)<br>
> Best regards,<br>
> Michal Krompiec<br>
> Merck KGaA<br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/b6de39f3/attachment-0001.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/b6de39f3/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Fri, 11 Sep 2020 15:51:19 +0530<br>
From: Poonam Kaushik <<a href="mailto:poonamkaushik40@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">poonamkaushik40@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
Subject: [QE-users] Fwd: Wrong projection of wannier functions.<br>
Message-ID:<br>
        <CAESGd6k_JX+Qu2U2rUwE2=<a href="mailto:hWH148sTCLt2J2ye3M3e3dYX7AAQ@mail.gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">hWH148sTCLt2J2ye3M3e3dYX7AAQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Experts,<br>
It is just a reminder of my previous post. I just want to know is I am<br>
asking something wrong or this is an issue that is not solvable?.<br>
<br>
Thanks and regards,<br>
Poonam Sharma<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Poonam Sharma<br>
Research Scholar<br>
Department of Physics<br>
Indian Institute of Technology Bombay<br>
Mumbai - 400076<br>
India.<br>
<br>
<br>
<br>
---------- Forwarded message ---------<br>
From: Poonam Kaushik <<a href="mailto:poonamkaushik40@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">poonamkaushik40@gmail.com</a>><br>
Date: Thu, Sep 3, 2020 at 7:09 PM<br>
Subject: Wrong projection of wannier functions.<br>
To: <<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
<br>
<br>
Dear QE  Experts,<br>
I am doing a spin polarised calculations. I have 3 types of atoms in my<br>
system in which two I am taking as s spin polarised. During Wannier_ham.x<br>
calculations, I am getting the wrong projection of the Wannier function for<br>
one type of atom that is spin unpolarised. This thing is happening in the<br>
spin1 case only, while in spin2 everything is fine as i defined in my input<br>
file.<br>
Please help me to understand why this is happening.<br>
<br>
Warm regards,<br>
Poonam Sharma<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Poonam Sharma<br>
Research Scholar<br>
Department of Physics<br>
Indian Institute of Technology Bombay<br>
Mumbai - 400076<br>
India.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/6f249960/attachment-0001.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/6f249960/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Fri, 11 Sep 2020 14:25:19 +0200<br>
From: Jos? Carlos Conesa Cegarra <<a href="mailto:jcconesa@icp.csic.es" target="_blank" rel="noreferrer">jcconesa@icp.csic.es</a>><br>
To: <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
Subject: [QE-users] problem with number of atoms in pw.x<br>
Message-ID: <<a href="mailto:0aa35648-7ba9-dd24-1156-c648ce7b69bc@icp.csic.es" target="_blank" rel="noreferrer">0aa35648-7ba9-dd24-1156-c648ce7b69bc@icp.csic.es</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed<br>
<br>
Dear all,<br>
<br>
I have found a problem with the number of atoms resulting in a <br>
computation with pw.x. The essentials of the geometry specification are:<br>
<br>
&SYSTEM<br>
 ? space_group=155, rhombohedral=.TRUE.<br>
 ? A=8.7018, B=8.7018, C=8.7018<br>
 ? cosAB=-0.0032742, cosAC=-0.0032742, cosBC=-0.0032742<br>
 ? nat=13, ntyp=4<br>
...<br>
<br>
/<br>
<br>
ATOMIC_POSITIONS crystal_sg<br>
V??????? 0.00000??? 0.00000??? 0.00000<br>
Ge????? -0.75399?? -0.99800?? -0.74920<br>
N?????? -0.73084?? -0.51728?? -0.00123<br>
N?????? -0.01635?? -0.01149?? -0.23613<br>
N?????? -0.52047?? -0.23372?? -0.50080<br>
N?????? -0.22951?? -0.73368?? -0.74864<br>
N?????? -0.26226?? -0.48504?? -0.98625<br>
Sn????? -0.12491?? -0.62544?? -0.12283<br>
Ge?????? 0.00000?? -0.49511?? -0.50488<br>
Ge????? -0.50000?? -0.75534?? -0.24466<br>
Sn????? -0.50000?? -0.24993?? -0.75007<br>
N?????? -0.76700?? -0.76700?? -0.76700<br>
Sn????? -0.62767?? -0.62767?? -0.62767<br>
<br>
With this input I expect to have 56 atoms, as corresponds to a V-doped <br>
(Ge,Sn) spinel nitride having almost the same number of Ge and Sn atoms <br>
(in fact, there is one Sn atom less) as I have verified independently. <br>
However, I obtain at the beginning of the pw.x calculation the following <br>
list of atoms:<br>
<br>
 ???? site n.???? atom????????????????? positions (alat units)<br>
 ???????? 1?????????? V?? tau(?? 1) = (?? 0.0000000?? 0.0000000 0.0000000? )<br>
 ???????? 2?????????? Ge? tau(?? 2) = (? -0.0033926? -0.2015179 0.2870436? )<br>
 ???????? 3?????????? Ge? tau(?? 3) = (?? 0.1762159?? 0.0978209 0.2870436? )<br>
 ???????? 4?????????? Ge? tau(?? 4) = (? -0.1728234?? 0.1036970 0.2870436? )<br>
 ???????? 5?????????? Ge? tau(?? 5) = (? -0.0033926?? 0.2015179 1.4393268? )<br>
 ???????? 6?????????? Ge? tau(?? 6) = (?? 0.1762159? -0.0978209 1.4393268? )<br>
 ???????? 7?????????? Ge? tau(?? 7) = (? -0.1728234? -0.1036970 1.4393268? )<br>
 ???????? 8?????????? N?? tau(?? 8) = (? -0.5167561? -0.1236930 1.0074235? )<br>
 ???????? 9?????????? N?? tau(?? 9) = (?? 0.3654993? -0.3856774 1.0074235? )<br>
 ??????? 10?????????? N?? tau(? 10) = (?? 0.1512567?? 0.5093704 1.0074235? )<br>
 ??????? 11?????????? N?? tau(? 11) = (? -0.5167561?? 0.1236930 0.7189470? )<br>
 ??????? 12?????????? N?? tau(? 12) = (?? 0.3654993?? 0.3856774 0.7189470? )<br>
 ??????? 13?????????? N?? tau(? 13) = (?? 0.1512567? -0.5093704 0.7189470? )<br>
 ??????? 14?????????? N?? tau(? 14) = (?? 0.1556621?? 0.0938462 1.5744671? )<br>
 ??????? 15?????????? N?? tau(? 15) = (? -0.1591043?? 0.0878842 1.5744671? )<br>
 ??????? 16?????????? N?? tau(? 16) = (?? 0.0034422? -0.1817305 1.5744671? )<br>
 ??????? 17?????????? N?? tau(? 17) = (?? 0.1556621? -0.0938462 0.1519033? )<br>
 ??????? 18?????????? N?? tau(? 18) = (? -0.1591043? -0.0878842 0.1519033? )<br>
 ??????? 19?????????? N?? tau(? 19) = (?? 0.0034422?? 0.1817305 0.1519033? )<br>
 ??????? 20?????????? N?? tau(? 20) = (? -0.0139315?? 0.2264700 1.0041779? )<br>
 ??????? 21?????????? N?? tau(? 21) = (? -0.1891630? -0.1253001 1.0041779? )<br>
 ??????? 22?????????? N?? tau(? 22) = (?? 0.2030945? -0.1011699 1.0041779? )<br>
 ??????? 23?????????? N?? tau(? 23) = (? -0.0139315? -0.2264700 0.7221925? )<br>
 ??????? 24?????????? N?? tau(? 24) = (? -0.1891630?? 0.1253001 0.7221925? )<br>
 ??????? 25?????????? N?? tau(? 25) = (?? 0.2030945?? 0.1011699 0.7221925? )<br>
 ??????? 26?????????? N?? tau(? 26) = (?? 0.3676808? -0.2000458 0.7412862? )<br>
 ??????? 27?????????? N?? tau(? 27) = (? -0.0105956?? 0.4184438 0.7412862? )<br>
 ??????? 28?????????? N?? tau(? 28) = (? -0.3570852? -0.2183980 0.7412862? )<br>
 ??????? 29?????????? N?? tau(? 29) = (?? 0.3676808?? 0.2000458 0.9850842? )<br>
 ??????? 30?????????? N?? tau(? 30) = (? -0.0105956? -0.4184438 0.9850842? )<br>
 ??????? 31?????????? N?? tau(? 31) = (? -0.3570852?? 0.2183980 0.9850842? )<br>
 ??????? 32?????????? N?? tau(? 32) = (?? 0.5127756?? 0.1138545 0.7287873? )<br>
 ??????? 33?????????? N?? tau(? 33) = (? -0.3549887?? 0.3871495 0.7287873? )<br>
 ??????? 34?????????? N?? tau(? 34) = (? -0.1577869? -0.5010040 0.7287873? )<br>
 ??????? 35?????????? N?? tau(? 35) = (?? 0.5127756? -0.1138545 0.9975831? )<br>
 ??????? 36?????????? N?? tau(? 36) = (? -0.3549887? -0.3871495 0.9975831? )<br>
 ??????? 37?????????? N?? tau(? 37) = (? -0.1577869?? 0.5010040 0.9975831? )<br>
 ??????? 38?????????? Sn? tau(? 38) = (? -0.0014732? -0.4102001 1.2238930? )<br>
 ??????? 39?????????? Sn? tau(? 39) = (?? 0.3559803?? 0.2038242 1.2238930? )<br>
 ??????? 40?????????? Sn? tau(? 40) = (? -0.3545071?? 0.2063759 1.2238930? )<br>
 ??????? 41?????????? Sn? tau(? 41) = (? -0.0014732?? 0.4102001 0.5024774? )<br>
 ??????? 42?????????? Sn? tau(? 42) = (?? 0.3559803? -0.2038242 0.5024774? )<br>
 ??????? 43?????????? Sn? tau(? 43) = (? -0.3545071? -0.2063759 0.5024774? )<br>
 ??????? 44?????????? Ge? tau(? 44) = (? -0.3506754?? 0.2104528 0.5754626? )<br>
 ??????? 45?????????? Ge? tau(? 45) = (? -0.0069197? -0.4089202 0.5754626? )<br>
 ??????? 46?????????? Ge? tau(? 46) = (?? 0.3575951?? 0.1984674 0.5754626? )<br>
 ??????? 47?????????? Ge? tau(? 47) = (?? 0.3575880?? 0.1984633 0.5754510? )<br>
 ??????? 48?????????? Ge? tau(? 48) = (? -0.0069197? -0.4089120 0.5754510? )<br>
 ??????? 49?????????? Ge? tau(? 49) = (? -0.3506683?? 0.2104487 0.5754510? )<br>
 ??????? 50?????????? Ge? tau(? 50) = (? -0.1808480?? 0.3132379 0.8631852? )<br>
 ??????? 51?????????? Ge? tau(? 51) = (?? 0.3616960? -0.0000000 0.8631852? )<br>
 ??????? 52?????????? Ge? tau(? 52) = (? -0.1808480? -0.3132379 0.8631852? )<br>
 ??????? 53?????????? Sn? tau(? 53) = (?? 0.1771154? -0.3067729 0.8631852? )<br>
 ??????? 54?????????? Sn? tau(? 54) = (? -0.3542309? -0.0000000 0.8631852? )<br>
 ??????? 55?????????? Sn? tau(? 55) = (?? 0.1771154?? 0.3067729 0.8631852? )<br>
 ??????? 56?????????? N?? tau(? 56) = (?? 0.0000000? -0.0000000 0.4022443? )<br>
 ??????? 57?????????? N?? tau(? 57) = (? -0.0000000? -0.0000000 1.3241261? )<br>
 ??????? 58?????????? Sn? tau(? 58) = (? -0.0000000? -0.0000000 0.6427795? )<br>
 ??????? 59?????????? Sn? tau(? 59) = (?? 0.0000000? -0.0000000 1.0835909? )<br>
<br>
i.e. there are 3 Ge atoms more than expected (the count for the other <br>
atoms is OK). And one can see that atoms 44/49, 45/48 and 46/47 are at <br>
nearly the same positions. But of course with these positions added <br>
automatically by pw.x the calculation cannot progress. How can this have <br>
happened? There is something wrong here.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
-- <br>
Jos? C. Conesa<br>
Research Professor<br>
Instituto de Cat?lisis y Petroleoqu?mica, CSIC<br>
Marie Curie, 2; Campus de Cantoblanco<br>
28028 Madrid (Spain)<br>
Telef. +34 915854766<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Fri, 11 Sep 2020 14:47:19 +0200<br>
From: Paolo Giannozzi <<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">p.giannozzi@gmail.com</a>><br>
To: Quantum ESPRESSO users Forum <<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
Subject: Re: [QE-users] problem with number of atoms in pw.x<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAPMgbCsapqkbMR5KLWqJ0R6FDMsUQmkbYXh3DLseZ9c-4s6ByQ@mail.gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">CAPMgbCsapqkbMR5KLWqJ0R6FDMsUQmkbYXh3DLseZ9c-4s6ByQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi<br>
<br>
just guessing: the space-group machinery takes the provided Wyckoff<br>
positions, applies crystal symmetries, throws out translationally<br>
equivalent positions. It works also if positions are provided in the form<br>
(x,y,z) (wrt crystal axis), but you have to ensure that the Wyckoff site<br>
symmetry is correct. I suspect that one or more of the Ge positions are not<br>
exact Wyckoff positions but very close to them.<br>
<br>
Paolo<br>
<br>
On Fri, Sep 11, 2020 at 2:25 PM Jos? Carlos Conesa Cegarra <<br>
<a href="mailto:jcconesa@icp.csic.es" target="_blank" rel="noreferrer">jcconesa@icp.csic.es</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear all,<br>
><br>
> I have found a problem with the number of atoms resulting in a<br>
> computation with pw.x. The essentials of the geometry specification are:<br>
><br>
> &SYSTEM<br>
>    space_group=155, rhombohedral=.TRUE.<br>
>    A=8.7018, B=8.7018, C=8.7018<br>
>    cosAB=-0.0032742, cosAC=-0.0032742, cosBC=-0.0032742<br>
>    nat=13, ntyp=4<br>
> ...<br>
><br>
> /<br>
><br>
> ATOMIC_POSITIONS crystal_sg<br>
> V        0.00000    0.00000    0.00000<br>
> Ge      -0.75399   -0.99800   -0.74920<br>
> N       -0.73084   -0.51728   -0.00123<br>
> N       -0.01635   -0.01149   -0.23613<br>
> N       -0.52047   -0.23372   -0.50080<br>
> N       -0.22951   -0.73368   -0.74864<br>
> N       -0.26226   -0.48504   -0.98625<br>
> Sn      -0.12491   -0.62544   -0.12283<br>
> Ge       0.00000   -0.49511   -0.50488<br>
> Ge      -0.50000   -0.75534   -0.24466<br>
> Sn      -0.50000   -0.24993   -0.75007<br>
> N       -0.76700   -0.76700   -0.76700<br>
> Sn      -0.62767   -0.62767   -0.62767<br>
><br>
> With this input I expect to have 56 atoms, as corresponds to a V-doped<br>
> (Ge,Sn) spinel nitride having almost the same number of Ge and Sn atoms<br>
> (in fact, there is one Sn atom less) as I have verified independently.<br>
> However, I obtain at the beginning of the pw.x calculation the following<br>
> list of atoms:<br>
><br>
>       site n.     atom                  positions (alat units)<br>
>           1           V   tau(   1) = (   0.0000000   0.0000000 0.0000000<br>
> )<br>
>           2           Ge  tau(   2) = (  -0.0033926  -0.2015179 0.2870436<br>
> )<br>
>           3           Ge  tau(   3) = (   0.1762159   0.0978209 0.2870436<br>
> )<br>
>           4           Ge  tau(   4) = (  -0.1728234   0.1036970 0.2870436<br>
> )<br>
>           5           Ge  tau(   5) = (  -0.0033926   0.2015179 1.4393268<br>
> )<br>
>           6           Ge  tau(   6) = (   0.1762159  -0.0978209 1.4393268<br>
> )<br>
>           7           Ge  tau(   7) = (  -0.1728234  -0.1036970 1.4393268<br>
> )<br>
>           8           N   tau(   8) = (  -0.5167561  -0.1236930 1.0074235<br>
> )<br>
>           9           N   tau(   9) = (   0.3654993  -0.3856774 1.0074235<br>
> )<br>
>          10           N   tau(  10) = (   0.1512567   0.5093704 1.0074235<br>
> )<br>
>          11           N   tau(  11) = (  -0.5167561   0.1236930 0.7189470<br>
> )<br>
>          12           N   tau(  12) = (   0.3654993   0.3856774 0.7189470<br>
> )<br>
>          13           N   tau(  13) = (   0.1512567  -0.5093704 0.7189470<br>
> )<br>
>          14           N   tau(  14) = (   0.1556621   0.0938462 1.5744671<br>
> )<br>
>          15           N   tau(  15) = (  -0.1591043   0.0878842 1.5744671<br>
> )<br>
>          16           N   tau(  16) = (   0.0034422  -0.1817305 1.5744671<br>
> )<br>
>          17           N   tau(  17) = (   0.1556621  -0.0938462 0.1519033<br>
> )<br>
>          18           N   tau(  18) = (  -0.1591043  -0.0878842 0.1519033<br>
> )<br>
>          19           N   tau(  19) = (   0.0034422   0.1817305 0.1519033<br>
> )<br>
>          20           N   tau(  20) = (  -0.0139315   0.2264700 1.0041779<br>
> )<br>
>          21           N   tau(  21) = (  -0.1891630  -0.1253001 1.0041779<br>
> )<br>
>          22           N   tau(  22) = (   0.2030945  -0.1011699 1.0041779<br>
> )<br>
>          23           N   tau(  23) = (  -0.0139315  -0.2264700 0.7221925<br>
> )<br>
>          24           N   tau(  24) = (  -0.1891630   0.1253001 0.7221925<br>
> )<br>
>          25           N   tau(  25) = (   0.2030945   0.1011699 0.7221925<br>
> )<br>
>          26           N   tau(  26) = (   0.3676808  -0.2000458 0.7412862<br>
> )<br>
>          27           N   tau(  27) = (  -0.0105956   0.4184438 0.7412862<br>
> )<br>
>          28           N   tau(  28) = (  -0.3570852  -0.2183980 0.7412862<br>
> )<br>
>          29           N   tau(  29) = (   0.3676808   0.2000458 0.9850842<br>
> )<br>
>          30           N   tau(  30) = (  -0.0105956  -0.4184438 0.9850842<br>
> )<br>
>          31           N   tau(  31) = (  -0.3570852   0.2183980 0.9850842<br>
> )<br>
>          32           N   tau(  32) = (   0.5127756   0.1138545 0.7287873<br>
> )<br>
>          33           N   tau(  33) = (  -0.3549887   0.3871495 0.7287873<br>
> )<br>
>          34           N   tau(  34) = (  -0.1577869  -0.5010040 0.7287873<br>
> )<br>
>          35           N   tau(  35) = (   0.5127756  -0.1138545 0.9975831<br>
> )<br>
>          36           N   tau(  36) = (  -0.3549887  -0.3871495 0.9975831<br>
> )<br>
>          37           N   tau(  37) = (  -0.1577869   0.5010040 0.9975831<br>
> )<br>
>          38           Sn  tau(  38) = (  -0.0014732  -0.4102001 1.2238930<br>
> )<br>
>          39           Sn  tau(  39) = (   0.3559803   0.2038242 1.2238930<br>
> )<br>
>          40           Sn  tau(  40) = (  -0.3545071   0.2063759 1.2238930<br>
> )<br>
>          41           Sn  tau(  41) = (  -0.0014732   0.4102001 0.5024774<br>
> )<br>
>          42           Sn  tau(  42) = (   0.3559803  -0.2038242 0.5024774<br>
> )<br>
>          43           Sn  tau(  43) = (  -0.3545071  -0.2063759 0.5024774<br>
> )<br>
>          44           Ge  tau(  44) = (  -0.3506754   0.2104528 0.5754626<br>
> )<br>
>          45           Ge  tau(  45) = (  -0.0069197  -0.4089202 0.5754626<br>
> )<br>
>          46           Ge  tau(  46) = (   0.3575951   0.1984674 0.5754626<br>
> )<br>
>          47           Ge  tau(  47) = (   0.3575880   0.1984633 0.5754510<br>
> )<br>
>          48           Ge  tau(  48) = (  -0.0069197  -0.4089120 0.5754510<br>
> )<br>
>          49           Ge  tau(  49) = (  -0.3506683   0.2104487 0.5754510<br>
> )<br>
>          50           Ge  tau(  50) = (  -0.1808480   0.3132379 0.8631852<br>
> )<br>
>          51           Ge  tau(  51) = (   0.3616960  -0.0000000 0.8631852<br>
> )<br>
>          52           Ge  tau(  52) = (  -0.1808480  -0.3132379 0.8631852<br>
> )<br>
>          53           Sn  tau(  53) = (   0.1771154  -0.3067729 0.8631852<br>
> )<br>
>          54           Sn  tau(  54) = (  -0.3542309  -0.0000000 0.8631852<br>
> )<br>
>          55           Sn  tau(  55) = (   0.1771154   0.3067729 0.8631852<br>
> )<br>
>          56           N   tau(  56) = (   0.0000000  -0.0000000 0.4022443<br>
> )<br>
>          57           N   tau(  57) = (  -0.0000000  -0.0000000 1.3241261<br>
> )<br>
>          58           Sn  tau(  58) = (  -0.0000000  -0.0000000 0.6427795<br>
> )<br>
>          59           Sn  tau(  59) = (   0.0000000  -0.0000000 1.0835909<br>
> )<br>
><br>
> i.e. there are 3 Ge atoms more than expected (the count for the other<br>
> atoms is OK). And one can see that atoms 44/49, 45/48 and 46/47 are at<br>
> nearly the same positions. But of course with these positions added<br>
> automatically by pw.x the calculation cannot progress. How can this have<br>
> happened? There is something wrong here.<br>
><br>
> Best regards,<br>
><br>
> --<br>
> Jos? C. Conesa<br>
> Research Professor<br>
> Instituto de Cat?lisis y Petroleoqu?mica, CSIC<br>
> Marie Curie, 2; Campus de Cantoblanco<br>
> 28028 Madrid (Spain)<br>
> Telef. +34 915854766<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/e3d07b88/attachment-0001.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/e3d07b88/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Fri, 11 Sep 2020 22:45:00 +0430<br>
From: hamed asadi <<a href="mailto:hamedasadi70@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">hamedasadi70@gmail.com</a>><br>
To: Quantum ESPRESSO users Forum <<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
Subject: Re: [QE-users] Error in routine read_xml_file<br>
Message-ID:<br>
        <CAOQt=<a href="mailto:oK5LaZraozGNhMoyk73h9FXtKzFzg8Gfph4wsykLzBD2w@mail.gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">oK5LaZraozGNhMoyk73h9FXtKzFzg8Gfph4wsykLzBD2w@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Unfortunately they did not work. I even deleted the title and prefix and<br>
checked the output address of tmp_dir and pw.x, the versions are the same.<br>
<br>
On Fri, 11 Sep 2020, 00:13 Paolo Giannozzi, <<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">p.giannozzi@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Do examples work?<br>
><br>
> On Wed, Sep 9, 2020 at 5:51 PM hamed asadi <<a href="mailto:hamedasadi70@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">hamedasadi70@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> Dear Paolo;<br>
>> Both versions are 6.5.<br>
>><br>
>> Hamed<br>
>><br>
>> On Wed, 9 Sep 2020, 19:15 Paolo Giannozzi, <<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">p.giannozzi@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> Please verify that you are using the same versions of pw.x and gipaw.x<br>
>>> to produce and read the xml file.<br>
>>><br>
>>> Paolo<br>
>>><br>
>>> On Wed, Sep 9, 2020 at 1:13 PM hamed asadi <<a href="mailto:hamedasadi70@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">hamedasadi70@gmail.com</a>><br>
>>> wrote:<br>
>>><br>
>>>> dear all,<br>
>>>> I am trying to run 'efg' calculation for quartz and working on VMware.<br>
>>>> After scf calculation with mpirun and 2 cores, efg calculation lunched with<br>
>>>> "mpirun -n 2 /home/hamed/qe-6.5/qe-gipaw/bin/gipaw.x -in <<a href="http://efg.in" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">efg.in</a>><br>
>>>> efg.out and unfortunately faced with following error:<br>
>>>><br>
>>>> ---------------------------------------------------------------------------------------------<br>
>>>>      Program GIPAW v.6.5 starts on  4Sep2020 at  8: 3:54<br>
>>>><br>
>>>>      This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite<br>
>>>>      for quantum simulation of materials; please cite<br>
>>>>          "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);<br>
>>>>          "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 29 465901 (2017);<br>
>>>>           URL <a href="http://www.quantum-espresso.org" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org</a>",<br>
>>>>      in publications or presentations arising from this work. More details at<br>
>>>>      <a href="http://www.quantum-espresso.org/quote" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org/quote</a><br>
>>>><br>
>>>>      Serial version<br>
>>>><br>
>>>>      ***** This is GIPAW git revision e4e5b4705a4bd05b622cb47ab228b3cc73e24bfb *****<br>
>>>>      ***** you can cite: N. Varini et al., Comp. Phys. Comm. 184, 1827 (2013)  *****<br>
>>>>      ***** in publications or presentations arising from this work.            *****<br>
>>>><br>
>>>>      Parallelizing q-star over 1 images<br>
>>>><br>
>>>>      Reading xml data from directory:<br>
>>>><br>
>>>>      /home/hamed/Desktop/quartz/out/scf.savescf.save/<br>
>>>>      Message from routine qexsd_readschema :<br>
>>>>      xml data file /home/hamed/Desktop/quartz/out/scf.savescf.save/data-file-schema.x<br>
>>>><br>
>>>>  %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>>>>      Error in routine read_xml_file (1):<br>
>>>>      fatal error reading xml file<br>
>>>>  %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>>>><br>
>>>>      stopping ...<br>
>>>> -------------------------------------------------------<br>
>>>> Primary job  terminated normally, but 1 process returned<br>
>>>> a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.<br>
>>>> -------------------------------------------------------<br>
>>>> --------------------------------------------------------------------------<br>
>>>> mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing<br>
>>>> the job to be terminated. The first process to do so was:<br>
>>>><br>
>>>>   Process name: [[5058,1],0]<br>
>>>>   Exit code:    1<br>
>>>> --------------------------------------------------------------------------<br>
>>>><br>
>>>> The output directory cheeked and xml file is presented. here is the<br>
>>>> input file:<br>
>>>><br>
>>>> &inputgipaw<br>
>>>> job = 'efg'<br>
>>>> prefix = 'scf'<br>
>>>> tmp_dir = '/home/hamed/Desktop/quartz/out/scf.save'<br>
>>>> diagonalization = 'cg'<br>
>>>> verbosity = 'high'<br>
>>>> q_gipaw = 0.01<br>
>>>> spline_ps = .true.<br>
>>>> use_nmr_macroscopic_shape = .true.<br>
>>>> Q_efg(1) = 1.000<br>
>>>> Q_efg(2) = -2.558<br>
>>>> /<br>
>>>><br>
>>>> I will appreciate any helps in this subject.<br>
>>>> Truly yours,<br>
>>>> Hamed Asadi<br>
>>>> KN Toosi university of technology<br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<br>
>>>> <a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
>>>> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>>>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
>>> Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
>>> Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a><br>
>>> )<br>
>>> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
>> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
> Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
> Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/484988d3/attachment-0001.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20200911/484988d3/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of users Digest, Vol 158, Issue 12<br>
**************************************<br>
</blockquote></div>