<div dir="ltr">You can refer to Phonopy's webpage directly in which Dr. Togo has already shown several examples using Phonopy+QE.<br><div>You were using the "finite displacement method" of supercells to get the force constants, thus the supercell structures used for force calculations were defined with "finite displacements", that was why you saw the reduction of symmetry.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Neelam Swarnkar <<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com">neelamswarnkar35@gmail.com</a>> 于2020年7月3日周五 下午5:31写道:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Thanks for the reply .</div><div><br></div><div>Can anyone share a user guide or tutorial of phonopy . which has working techniques of phonopy, how to define the structure, and how to obtain required parameters. <br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 2, 2020 at 9:08 PM Lorenzo Paulatto <<a href="mailto:paulatz@gmail.com" target="_blank">paulatz@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">> I make a supercell of dim 2 1 1 . But in the unit cell , I define a <br>
> space group R-3c (167) rhombohedral structure , but after making the <br>
> supercell its space group changed to C2 (5) .<br>
<br>
This is not just a supercell, atoms are moved to phonons via force <br>
constants. Symmetry is reduced.<br>
<br>
> so it can be possible or either error .<br>
> I don't know about phonopy , that's why I have a doubt.<br>
> also after running the above command. There are too many <a href="http://supercell001.in" rel="noreferrer" target="_blank">supercell001.in</a> <br>
> <<a href="http://supercell001.in" rel="noreferrer" target="_blank">http://supercell001.in</a>> upto <a href="http://supercell072.in" rel="noreferrer" target="_blank">supercell072.in</a> <<a href="http://supercell072.in" rel="noreferrer" target="_blank">http://supercell072.in</a>>.<br>
> which one is correct. for further scf, nscf, relax calculation in QE.<br>
<br>
All of them. I.e. phonopy needs 72 calculations of forces in order to <br>
compute all the force constants. Btw a 2x1x1 supercell is very likely <br>
going to be too small for whatever you want to compute.<br>
<br>
cheers<br>
<br>
> <br>
> <br>
> pl. Suggest me.<br>
> <br>
> On Thu, Jul 2, 2020 at 3:16 PM Neelam Swarnkar <br>
> <<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a>>> wrote:<br>
> <br>
>     Thanks for reply<br>
> <br>
> <br>
>     On Thu, Jul 2, 2020, 12:37 PM Saibabu Madas<br>
>     <<a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a> <mailto:<a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a>>> wrote:<br>
> <br>
>         Dear Neelam Swarnkar,<br>
> <br>
> <br>
>         I believe the space between "dim" and " =" in the phonopy<br>
>         command is causing the error. Please try the following command:<br>
> <br>
>         "phonopy --qe -d --dim="2 1 1" -c <a href="http://filename.in" rel="noreferrer" target="_blank">filename.in</a> <<a href="http://filename.in" rel="noreferrer" target="_blank">http://filename.in</a>>"<br>
> <br>
> <br>
>         Best regards,<br>
> <br>
>         *Madas Saibabu*<br>
> <br>
>         Early Stage Researcher<br>
> <br>
> <br>
>         *ELI-HU Non-Profit Ltd.*<br>
> <br>
>         Computational and Applied Materials Science Group<br>
> <br>
>         Attosecond and Strong Field Science division<br>
> <br>
>         HQ: H-6728 Szeged, Wolfgang Sandner utca 3.<br>
> <br>
>         E-mail: <a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a>><br>
> <br>
>         Website: <a href="http://www.eli-alps.hu" rel="noreferrer" target="_blank">www.eli-alps.hu</a> <<a href="http://www.eli-alps.hu" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.eli-alps.hu</a>><br>
> <br>
>         ------------------------------------------------------------------------<br>
>         *From:* users <<a href="mailto:users-bounces@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users-bounces@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:users-bounces@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users-bounces@lists.quantum-espresso.org</a>>> on behalf of<br>
>         Neelam Swarnkar <<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a>>><br>
>         *Sent:* Thursday, July 2, 2020 7:00<br>
>         *To:* Quantum ESPRESSO users Forum<br>
>         *Subject:* [QE-users] supercell<br>
>         Dear expert and all<br>
> <br>
>         I am making a supercell of dim 2 1 1, i already installed <br>
>         phonopy-2.6.0 version , but it is showing me an error.<br>
> <br>
>         this is my input file<br>
> <br>
> <br>
>         &control<br>
>              calculation = 'scf',<br>
>              prefix = '2d_exc1',<br>
>              outdir = './tmp/'<br>
>              pseudo_dir = './'<br>
> <br>
> <br>
>           /<br>
>           &system<br>
>              ibrav =  0,<br>
>              celldm(1)= 23.1132402,<br>
>              celldm(3)= 1.016106614,<br>
>              nat =  12,<br>
>              ntyp = 2,<br>
>              ecutwfc = 27,<br>
>              ecutrho = 136<br>
> <br>
>           /<br>
>           &electrons<br>
>              mixing_beta = 0.6<br>
>           /<br>
> <br>
>           ATOMIC_SPECIES<br>
>           Zn 60.00  Zn.pbe-dnl-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>           Sb 102.00 Sb.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
> <br>
> <br>
>           ATOMIC_POSITIONS crystal<br>
>           Zn  1.000000   0.866025    1.016107<br>
>           Zn  1.016107   1.000000    0.866025<br>
>           Zn  0.866025   1.016107    1.000000<br>
>           Zn -0.366025  -0.500000   -0.516107<br>
>           Zn -0.516107  -0.366025   -0.500000<br>
>           Zn -0.500000  -0.516107   -0.366025<br>
>           Sb -1.000000  -0.866025   -1.016107<br>
>           Sb -1.016107  -1.000000   -0.866025<br>
>           Sb -0.866025  -1.016107   -1.000000<br>
>           Sb  0.366025   0.500000    0.516107<br>
>           Sb  0.516107   0.366025    0.500000<br>
>           Sb  0.500000   0.516107    0.366025<br>
> <br>
> <br>
>            K_POINTS (automatic)<br>
> <br>
>             4 4 4 0 0 0<br>
> <br>
> <br>
>           CELL_PARAMETERS angstrom<br>
> <br>
>         12.2309951090    0.0000000000   0.0000000000<br>
>                  -6.1154975550   10.5923524780   0.0000000000<br>
>            0.0000000000    0.0000000000  12.4279950260<br>
> <br>
>         I don't know what's wrong in my input file.<br>
> <br>
> <br>
>         ------------------------------------------------------------------------<br>
> <br>
>         A jelen email útján megküldött vélemény vagy információ<br>
>         kizárólag a küldő személyéhez kapcsolódik és nem feltétlenül<br>
>         jeleníti meg az ELI-HU Nonprofit Kft. álláspontját is.<br>
>         Társaságunk nem vállal felelősséget az email tartalmáért, ide<br>
>         értve különösen, de nem kizárólagosan kötelezettségvállalást<br>
>         jogi kötő erővel bíró szerződések létrehozásáért, módosításáért<br>
>         vagy megszűntetéséért, valamint az átadott információ alapján<br>
>         indult eljárásokért mindaddig, amíg az adott információt utólag<br>
>         és írásban a megfelelően meghatalmazott vagy az ELI-HU Nonprofit<br>
>         Kft. képviseleti jogával felruházott személy meg nem erősíti. Az<br>
>         email bizalmas vagy jogilag védett információt tartalmazhat,<br>
>         amelyet kizárólag a címzett személy vagy szervezet, illetve az<br>
>         általuk felhatalmazottak használhatnak fel. Amennyiben Ön nem az<br>
>         üzenet címzettje, kérjük, értesítse erről az üzenet küldőjét és<br>
>         törölje az üzenetet rendszeréből. A jelen email tartalmának nem<br>
>         a címzett általi bármilyen formában történő illetéktelen<br>
>         közzététele, terjesztése, másolása, illetve felhasználása vagy<br>
>         alkalmazása szigorúan tilos és jogszabályba ütközhet.<br>
> <br>
> <br>
>         Please note that any information or opinions presented in this<br>
>         email are solely those of the sender and do not necessarily<br>
>         represent those of ELI-HU Nonprofit Ltd. Our Company accepts no<br>
>         liability or responsibility for the content of this email,<br>
>         especially, but not limited to commitment for establishing,<br>
>         modifying or terminating legally binding contracts, or for the<br>
>         consequences of any actions taken on the basis of the<br>
>         information provided, unless that information is subsequently<br>
>         confirmed in writing by a person duly authorized or endowed with<br>
>         the right of representation of ELI-HU Nonprofit Ltd. This email<br>
>         may contain confidential or legally protected information, and<br>
>         is intended solely for the use of the individual or entity to<br>
>         whom it is addressed and others authorized to receive it. If you<br>
>         are not the intended recipient of this email, please inform the<br>
>         sender immediately and delete it from your system. Any<br>
>         unauthorized disclosure, dissemination, copying or use of or<br>
>         reliance upon the content of this email by anyone other than the<br>
>         intended recipient is strictly prohibited and may be unlawful.<br>
> <br>
>         _______________________________________________<br>
>         Quantum ESPRESSO is supported by MaX<br>
>         (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a><br>
>         <<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>>)<br>
>         users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
>         <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
<br>
-- <br>
Lorenzo Paulatto - Paris<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">------------------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div dir="ltr"><font face="georgia, serif">Yue-Wen FANG, PhD</font></div><div><font face="georgia, serif">Tokyo Institute of Technology, Japan</font></div><div dir="ltr"><div><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:georgia,serif;font-size:12.8px"></div><div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:14px;background-color:rgb(255,255,255)"><br></div></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>