<div dir="ltr"><div>Thanks for the reply .</div><div><br></div><div>Can anyone share a user guide or tutorial of phonopy . which has working techniques of phonopy, how to define the structure, and how to obtain required parameters. <br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 2, 2020 at 9:08 PM Lorenzo Paulatto <<a href="mailto:paulatz@gmail.com">paulatz@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">> I make a supercell of dim 2 1 1 . But in the unit cell , I define a <br>
> space group R-3c (167) rhombohedral structure , but after making the <br>
> supercell its space group changed to C2 (5) .<br>
<br>
This is not just a supercell, atoms are moved to phonons via force <br>
constants. Symmetry is reduced.<br>
<br>
> so it can be possible or either error .<br>
> I don't know about phonopy , that's why I have a doubt.<br>
> also after running the above command. There are too many <a href="http://supercell001.in" rel="noreferrer" target="_blank">supercell001.in</a> <br>
> <<a href="http://supercell001.in" rel="noreferrer" target="_blank">http://supercell001.in</a>> upto <a href="http://supercell072.in" rel="noreferrer" target="_blank">supercell072.in</a> <<a href="http://supercell072.in" rel="noreferrer" target="_blank">http://supercell072.in</a>>.<br>
> which one is correct. for further scf, nscf, relax calculation in QE.<br>
<br>
All of them. I.e. phonopy needs 72 calculations of forces in order to <br>
compute all the force constants. Btw a 2x1x1 supercell is very likely <br>
going to be too small for whatever you want to compute.<br>
<br>
cheers<br>
<br>
> <br>
> <br>
> pl. Suggest me.<br>
> <br>
> On Thu, Jul 2, 2020 at 3:16 PM Neelam Swarnkar <br>
> <<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a>>> wrote:<br>
> <br>
>     Thanks for reply<br>
> <br>
> <br>
>     On Thu, Jul 2, 2020, 12:37 PM Saibabu Madas<br>
>     <<a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a> <mailto:<a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a>>> wrote:<br>
> <br>
>         Dear Neelam Swarnkar,<br>
> <br>
> <br>
>         I believe the space between "dim" and " =" in the phonopy<br>
>         command is causing the error. Please try the following command:<br>
> <br>
>         "phonopy --qe -d --dim="2 1 1" -c <a href="http://filename.in" rel="noreferrer" target="_blank">filename.in</a> <<a href="http://filename.in" rel="noreferrer" target="_blank">http://filename.in</a>>"<br>
> <br>
> <br>
>         Best regards,<br>
> <br>
>         *Madas Saibabu*<br>
> <br>
>         Early Stage Researcher<br>
> <br>
> <br>
>         *ELI-HU Non-Profit Ltd.*<br>
> <br>
>         Computational and Applied Materials Science Group<br>
> <br>
>         Attosecond and Strong Field Science division<br>
> <br>
>         HQ: H-6728 Szeged, Wolfgang Sandner utca 3.<br>
> <br>
>         E-mail: <a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:Saibabu.Madas@eli-alps.hu" target="_blank">Saibabu.Madas@eli-alps.hu</a>><br>
> <br>
>         Website: <a href="http://www.eli-alps.hu" rel="noreferrer" target="_blank">www.eli-alps.hu</a> <<a href="http://www.eli-alps.hu" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.eli-alps.hu</a>><br>
> <br>
>         ------------------------------------------------------------------------<br>
>         *From:* users <<a href="mailto:users-bounces@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users-bounces@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:users-bounces@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users-bounces@lists.quantum-espresso.org</a>>> on behalf of<br>
>         Neelam Swarnkar <<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:neelamswarnkar35@gmail.com" target="_blank">neelamswarnkar35@gmail.com</a>>><br>
>         *Sent:* Thursday, July 2, 2020 7:00<br>
>         *To:* Quantum ESPRESSO users Forum<br>
>         *Subject:* [QE-users] supercell<br>
>         Dear expert and all<br>
> <br>
>         I am making a supercell of dim 2 1 1, i already installed <br>
>         phonopy-2.6.0 version , but it is showing me an error.<br>
> <br>
>         this is my input file<br>
> <br>
> <br>
>         &control<br>
>              calculation = 'scf',<br>
>              prefix = '2d_exc1',<br>
>              outdir = './tmp/'<br>
>              pseudo_dir = './'<br>
> <br>
> <br>
>           /<br>
>           &system<br>
>              ibrav =  0,<br>
>              celldm(1)= 23.1132402,<br>
>              celldm(3)= 1.016106614,<br>
>              nat =  12,<br>
>              ntyp = 2,<br>
>              ecutwfc = 27,<br>
>              ecutrho = 136<br>
> <br>
>           /<br>
>           &electrons<br>
>              mixing_beta = 0.6<br>
>           /<br>
> <br>
>           ATOMIC_SPECIES<br>
>           Zn 60.00  Zn.pbe-dnl-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>           Sb 102.00 Sb.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
> <br>
> <br>
>           ATOMIC_POSITIONS crystal<br>
>           Zn  1.000000   0.866025    1.016107<br>
>           Zn  1.016107   1.000000    0.866025<br>
>           Zn  0.866025   1.016107    1.000000<br>
>           Zn -0.366025  -0.500000   -0.516107<br>
>           Zn -0.516107  -0.366025   -0.500000<br>
>           Zn -0.500000  -0.516107   -0.366025<br>
>           Sb -1.000000  -0.866025   -1.016107<br>
>           Sb -1.016107  -1.000000   -0.866025<br>
>           Sb -0.866025  -1.016107   -1.000000<br>
>           Sb  0.366025   0.500000    0.516107<br>
>           Sb  0.516107   0.366025    0.500000<br>
>           Sb  0.500000   0.516107    0.366025<br>
> <br>
> <br>
>            K_POINTS (automatic)<br>
> <br>
>             4 4 4 0 0 0<br>
> <br>
> <br>
>           CELL_PARAMETERS angstrom<br>
> <br>
>         12.2309951090    0.0000000000   0.0000000000<br>
>                  -6.1154975550   10.5923524780   0.0000000000<br>
>            0.0000000000    0.0000000000  12.4279950260<br>
> <br>
>         I don't know what's wrong in my input file.<br>
> <br>
> <br>
>         ------------------------------------------------------------------------<br>
> <br>
>         A jelen email útján megküldött vélemény vagy információ<br>
>         kizárólag a küldő személyéhez kapcsolódik és nem feltétlenül<br>
>         jeleníti meg az ELI-HU Nonprofit Kft. álláspontját is.<br>
>         Társaságunk nem vállal felelősséget az email tartalmáért, ide<br>
>         értve különösen, de nem kizárólagosan kötelezettségvállalást<br>
>         jogi kötő erővel bíró szerződések létrehozásáért, módosításáért<br>
>         vagy megszűntetéséért, valamint az átadott információ alapján<br>
>         indult eljárásokért mindaddig, amíg az adott információt utólag<br>
>         és írásban a megfelelően meghatalmazott vagy az ELI-HU Nonprofit<br>
>         Kft. képviseleti jogával felruházott személy meg nem erősíti. Az<br>
>         email bizalmas vagy jogilag védett információt tartalmazhat,<br>
>         amelyet kizárólag a címzett személy vagy szervezet, illetve az<br>
>         általuk felhatalmazottak használhatnak fel. Amennyiben Ön nem az<br>
>         üzenet címzettje, kérjük, értesítse erről az üzenet küldőjét és<br>
>         törölje az üzenetet rendszeréből. A jelen email tartalmának nem<br>
>         a címzett általi bármilyen formában történő illetéktelen<br>
>         közzététele, terjesztése, másolása, illetve felhasználása vagy<br>
>         alkalmazása szigorúan tilos és jogszabályba ütközhet.<br>
> <br>
> <br>
>         Please note that any information or opinions presented in this<br>
>         email are solely those of the sender and do not necessarily<br>
>         represent those of ELI-HU Nonprofit Ltd. Our Company accepts no<br>
>         liability or responsibility for the content of this email,<br>
>         especially, but not limited to commitment for establishing,<br>
>         modifying or terminating legally binding contracts, or for the<br>
>         consequences of any actions taken on the basis of the<br>
>         information provided, unless that information is subsequently<br>
>         confirmed in writing by a person duly authorized or endowed with<br>
>         the right of representation of ELI-HU Nonprofit Ltd. This email<br>
>         may contain confidential or legally protected information, and<br>
>         is intended solely for the use of the individual or entity to<br>
>         whom it is addressed and others authorized to receive it. If you<br>
>         are not the intended recipient of this email, please inform the<br>
>         sender immediately and delete it from your system. Any<br>
>         unauthorized disclosure, dissemination, copying or use of or<br>
>         reliance upon the content of this email by anyone other than the<br>
>         intended recipient is strictly prohibited and may be unlawful.<br>
> <br>
>         _______________________________________________<br>
>         Quantum ESPRESSO is supported by MaX<br>
>         (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a><br>
>         <<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>>)<br>
>         users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
>         <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
<br>
-- <br>
Lorenzo Paulatto - Paris<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>