<div dir="ltr"><div>I also tried to compute separate isolated energies for Ca and O (example05/PW). For Ca, I used the following script, But I face an error "strange occupations: number of electrons from occupations is wrong."</div><div><br></div><div>#!/bin/sh<br><br># run from directory where this script is<br>cd `echo $0 | sed 's/\(.*\)\/.*/\1/'` # extract pathname<br>EXAMPLE_DIR=`pwd`<br><br># check whether echo has the -e option<br>if test "`echo -e`" = "-e" ; then ECHO=echo ; else ECHO="echo -e" ; fi<br><br>$ECHO<br>$ECHO "$EXAMPLE_DIR : starting"<br>$ECHO<br>$ECHO "This example shows how to calculate the total energy of an isolated"<br>$ECHO "atom in a supercell with fixed occupations."<br>$ECHO "Energy of Ca"<br><br># set the needed environment variables<br>. ../../../environment_variables<br><br># required executables and pseudopotentials<br>BIN_LIST="pw.x"<br>PSEUDO_LIST=" Ca.pbe-nsp-van.UPF"<br><br>$ECHO<br>$ECHO "  executables directory: $BIN_DIR"<br>$ECHO "  pseudo directory:      $PSEUDO_DIR"<br>$ECHO "  temporary directory:   $TMP_DIR"<br>$ECHO "  checking that needed directories and files exist...\c"<br><br># check for directories<br>for DIR in "$BIN_DIR" "$PSEUDO_DIR" ; do<br>    if test ! -d $DIR ; then<br>        $ECHO<br>        $ECHO "ERROR: $DIR not existent or not a directory"<br>        $ECHO "Aborting"<br>        exit 1<br>    fi<br>done<br>for DIR in "$TMP_DIR" "$EXAMPLE_DIR/results" ; do<br>    if test ! -d $DIR ; then<br>        mkdir $DIR<br>    fi<br>done<br>cd $EXAMPLE_DIR/results<br><br># check for executables<br>for FILE in $BIN_LIST ; do<br>    if test ! -x $BIN_DIR/$FILE ; then<br>        $ECHO<br>        $ECHO "ERROR: $BIN_DIR/$FILE not existent or not executable"<br>        $ECHO "Aborting"<br>        exit 1<br>    fi<br>done<br><br># check for pseudopotentials<br>for FILE in $PSEUDO_LIST ; do<br>    if test ! -r $PSEUDO_DIR/$FILE ; then<br>       $ECHO<br>       $ECHO "Downloading $FILE to $PSEUDO_DIR...\c"<br>            $WGET $PSEUDO_DIR/$FILE $NETWORK_PSEUDO/$FILE 2> /dev/null<br>    fi<br>    if test $? != 0; then<br>        $ECHO<br>        $ECHO "ERROR: $PSEUDO_DIR/$FILE not existent or not readable"<br>        $ECHO "Aborting"<br>        exit 1<br>    fi<br>done<br>$ECHO " done"<br><br># how to run executables<br>PW_COMMAND="$PARA_PREFIX $BIN_DIR/pw.x $PARA_POSTFIX"<br>$ECHO<br>$ECHO "  running pw.x as: $PW_COMMAND"<br>$ECHO<br><br># self-consistent calculation for isolated Ca atom<br>cat > Ca.in << EOF<br> &control<br>    calculation='scf',<br>    restart_mode='from_scratch',<br>    pseudo_dir='$PSEUDO_DIR/'<br>    outdir='$TMP_DIR/'<br> /<br> &system<br>   ibrav=1,<br>   celldm(1)=24.0,<br>   nat=1,<br>   ntyp=1,<br>   nbnd=12,<br>   nosym=.true.,<br>   ecutwfc=100.0,<br>   occupations='from_input',<br> /<br> &electrons<br>   mixing_beta=0.7,<br>   conv_thr=1.0E-8,<br> /<br>ATOMIC_SPECIES<br>Ca     40.078    Ca.pbe-nsp-van.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS<br>Ca      0.0   0.0     0.0<br>K_POINTS  Gamma<br><br>OCCUPATIONS<br>2.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0<br>EOF<br>$ECHO "  running self-consistent calculation for Al atom...\c"<br>$PW_COMMAND < Ca.in > Ca.out<br>check_failure $?<br>$ECHO " done"<br><br><br><br># clean TMP_DIR<br>$ECHO "  cleaning $TMP_DIR...\c"<br>rm -rf $TMP_DIR/pwscf*<br>$ECHO " done"<br><br><br>$ECHO<br>$ECHO "$EXAMPLE_DIR: done"</div><div><br></div><div>Can anyone suggest how should the occupation number be written in above case?</div><div>Thanks and regards.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jun 26, 2020 at 11:58 AM Pietro Delugas <<a href="mailto:pdelugas@sissa.it">pdelugas@sissa.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div lang="EN-US"><div class="gmail-m_-8681102370381522911WordSection1"><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt">Hello <u></u><u></u></span></span></p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></span></p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt">In ATOMIC_POSITIONS  you need to specify the units that you are  using for the coordinates, if you don’t put anything he program assumes alat units and puts the 2 atoms very far apart. <u></u><u></u></span></span></p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></span></p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt">If you actually wanted  compute the two separated atoms specifying startingwfc=’random’ in the &electrons name list may help.  In this case I would also chose calculation=’scf’ in &control. <u></u><u></u></span></span></p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></span></p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt">Regards - Pietro  <u></u><u></u></span></span></p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></span></p><p class="MsoNormal">Sent from <a href="https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=550986" target="_blank">Mail</a> for Windows 10</p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></span></p><div style="border-color:rgb(225,225,225) currentcolor currentcolor;border-style:solid none none;border-width:1pt medium medium;padding:3pt 0in 0in"><p class="MsoNormal" style="border:medium none;padding:0in"><b>From: </b><a href="mailto:poojavyas595@gmail.com" target="_blank">Pooja Vyas</a><br><b>Sent: </b>Friday, June 26, 2020 8:12 AM<br><b>To: </b><a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">Quantum ESPRESSO users Forum</a><br><b>Subject: </b>[QE-users] Energy of isolated atom of CaO</p></div><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></span></p><div><div><p class="MsoNormal">Dear users,</p></div><div><p class="MsoNormal">I want to calculate cohesive energy of CaO. I'm using cluster_example/PW which uses assume_isolated = 'martyna_tuckerman' . Following is my input script:</p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">#!/bin/sh<br>for a in 30<br>do<br>cat > ${a}.in << EOF<br>&CONTROL<br>  calculation  = 'relax'<br>  prefix       = "${a}",<br>  pseudo_dir   = "/home/user/pv/cohesive/pseudo/",<br>  outdir       = "/home/user/pv/cohesive/",<br>/<br>&SYSTEM<br>  ibrav     = 1,<br>  celldm(1) = $a,<br>  nat       = 2,<br>  ntyp      = 2,<br>  ecutwfc   = 100.D0,<br>  assume_isolated = 'martyna-tuckerman'<br>/<br>&ELECTRONS<br>  conv_thr    = 1.D-8,<br>  mixing_beta = 0.7D0,<br>/<br>&IONS<br>/<br>ATOMIC_SPECIES<br>Ca  40.078  Ca.pbe-nsp-van.UPF<br>O  15.999  O.pbe-van_ak.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS <br>Ca 0.0 0.0 0.0<br>O  0.5 0.5 0.5<br>K_POINTS Gamma<br><br>EOF<br><br>mpirun -np 40 -machinefile x1 /apps/codes/qe/6.4/bin/pw.x < ${a}.in > ${a}.out<br>done<br>done</p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">My lattice constant is around 8 a.u , so I assumed the box size to be 3 times of it. But when I run the script, the convergence was not achieved even after 100 iterations. Then I tried to take small box size of about 16 bohr. That too didn't work. Then I even tried reducing ecutwfc and mixing_beta..but same error was obtained. Can anyone suggest what can I do to resolve the issue?</p></div><div><p class="MsoNormal">Any kind of help is appreciated.</p></div></div><p class="MsoNormal">Thanks and regards.</p><p class="MsoNormal"><span class="gmail-m_-8681102370381522911DefaultFontHxMailStyle"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></span></p></div></div>_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>