<div dir="ltr">Thank you, will be fixed - Paolo<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jun 11, 2020 at 10:55 AM Mauro Sgroi <<a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@gmail.com">maurofrancesco.sgroi@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Paolo,<div>I tested the patch.</div><div>Now it works fine. Apart from the fact that in the dynamical matrix file there is a missing space between the number of atoms and the ibrav.</div><div><br></div><div><div>Dynamical matrix file</div><div>Normal modes for LTS</div><div>  3   24-13 11.6858807  1.7310209  1.9612353  0.0000000 -0.1716636  0.0000000</div><div>           1  'Li  '    6326.3344846401033</div><div>           2  'Ti  '    43628.101538145485</div><div>           3  'S   '    29220.902402760657</div><div>    1    1     -0.2551129775      1.0067864328      0.0003655873</div><div>    2    1      0.0868228665      1.0067864328      0.9654301883</div><div>    3    1     -0.0814672444      0.7237592561      1.9312259639</div><div>    4    1     -0.4234030885      0.7237592561      0.9661613629</div><div>    5    1     -0.0841450555      0.1440253503      0.4828978878</div><div>    6    1     -0.2524351665      1.5865203386      1.4486936634</div><div>    7    1      0.0816412520      0.4326364222      0.9657957756</div><div>    8    1     -0.2499313629      0.4326364222     -0.0000000000</div><div>    9    2     -0.0841450555      0.7208688888      0.4828978878</div><div>   10    2     -0.2524351665      1.0096768001      1.4486936634</div><div>   11    2     -0.0841450555      1.2956752604      0.4828978878</div><div>   12    2     -0.2524351665      0.4348704285      1.4486936634</div><div>   13    3     -0.2326906602      1.0100457453      0.7084879251</div><div>   14    3      0.0644005493      1.0100457453      0.2573078505</div><div>   15    3     -0.1038895617      0.7204999436      1.2231036261</div><div>   16    3     -0.4009807712      0.7204999436      1.6742837007</div><div>   17    3      0.0922547561      0.4498166326      0.2575012773</div><div>   18    3     -0.2605448671      0.4498166326      0.7082944983</div><div>   19    3     -0.4288349780      1.2807290563      1.6740902739</div><div>   20    3     -0.0760353549      1.2807290563      1.2232970529</div><div>   21    3     -0.5764185202      1.0245767265      1.2212468201</div><div>   22    3      0.0715481872      1.0245767265      1.6761405067</div><div>   23    3      0.2398382982      0.7059689624      0.7103447311</div><div>   24    3     -0.4081284092      0.7059689624      0.2554510445</div></div><div>......</div><div><br></div><div>Which file I've to modify to correct this error?</div><div>Thanks a lot and best regards,</div><div>Mauro.</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno gio 4 giu 2020 alle ore 16:07 Mauro Sgroi <<a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@gmail.com" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@gmail.com</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Paolo and Lorenzo,<div>thanks a lot for the help.</div><div>Best regards,</div><div>Mauro.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno gio 4 giu 2020 alle ore 12:32 Lorenzo Paulatto <<a href="mailto:paulatz@gmail.com" target="_blank">paulatz@gmail.com</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">We had the same problem with ibrav=-12 in the previous version. The <br>
phonon calculation is correct, all that is needed to recover the data is <br>
edit the dynamical matrix files to put the correct value of ibrav.<br>
<br>
hth<br>
<br>
On 6/4/20 12:27 PM, Paolo Giannozzi wrote:<br>
> Oh well. Contrary to what I believed, the Bravais lattices is <br>
> incorrectly written to file in v.6.5, and this makes a cascade of funny <br>
> problems. You need to apply the following patch (in particular, the <br>
> first one) and recompile. I think that the phonon calculations are <br>
> correct, though, so it might still be possible to recover the phonon <br>
> results by simply editing the *.dyn file, removing the incorrect <br>
> structural data and inserting the correct ones<br>
> <br>
> --- a/Modules/qexsd_init.f90    2019-12-09 13:02:55.000000000 +0000<br>
> +++ b/Modules/qexsd_init.f90    2020-05-27 15:39:28.962668033 +0000<br>
> @@ -197,7 +197,7 @@<br>
>            ibrav_tgt =  abs(ibrav)<br>
>            ibrav_ptr => ibrav_tgt<br>
>            use_alt_axes_ => use_alt_axes<br>
> -         SELECT CASE(abs(ibrav))<br>
> +         SELECT CASE(ibrav)<br>
>               CASE(-3)<br>
>                  use_alt_axes="b:a-b+c:-c"<br>
>               CASE(-5)<br>
> --- a/Modules/qexsd_copy.f90    2019-12-09 13:02:55.000000000 +0000<br>
> +++ b/Modules/qexsd_copy.f90    2020-04-23 07:04:37.542375866 +0000<br>
> @@ -172,7 +172,7 @@<br>
>                   ELSE<br>
>                         CALL <br>
> errore("qexsd_copy_atomic_structure:","alternative axes not recognised", 1)<br>
>                   END IF<br>
> -            CASE(13,14)<br>
> +            CASE(13,12)<br>
>                   IF <br>
> (TRIM(atomic_structure%alternative_axes)=="unique-axis-b") THEN<br>
>                         ibrav = -ibrav<br>
>                    ELSE<br>
> <br>
> On Wed, Jun 3, 2020 at 12:43 PM Mauro Sgroi <br>
> <<a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@gmail.com" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@gmail.com" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@gmail.com</a>>> <br>
> wrote:<br>
> <br>
>     Dear Paolo,<br>
>     this is the result of grep -r bravais * in my outdir:<br>
> <br>
>     LTS_mono.save/data-file-schema.xml:    <atomic_structure nat="8"<br>
>     alat="1.168587743315e1" bravais_index="13"><br>
>     LTS_mono.save/data-file-schema.xml:    <atomic_structure nat="24"<br>
>     alat="1.168587743315e1" bravais_index="13"><br>
>     LTS_mono.xml:    <atomic_structure nat="8" alat="1.168587743315e1"<br>
>     bravais_index="13"><br>
>     LTS_mono.xml:    <atomic_structure nat="24" alat="1.168587743315e1"<br>
>     bravais_index="13"><br>
> <br>
>     In my output file of pw.x I have bravais-lattice index     =       <br>
>        -13<br>
> <br>
>     Thanks a lot and best regards,<br>
>     Mauro.<br>
> <br>
>     Il giorno mer 3 giu 2020 alle ore 08:56 Paolo Giannozzi<br>
>     <<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank">p.giannozzi@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank">p.giannozzi@gmail.com</a>>> ha scritto:<br>
> <br>
>         On Tue, Jun 2, 2020 at 8:08 PM Mauro Sgroi<br>
>         <<a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@gmail.com" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@gmail.com</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:maurofrancesco.sgroi@gmail.com" target="_blank">maurofrancesco.sgroi@gmail.com</a>>> wrote:<br>
> <br>
>             Part of the pw.x output file:<br>
>                   bravais-lattice index     =          -13<br>
> <br>
>             Part of the ph.x output:<br>
>                   bravais-lattice index     =           13<br>
> <br>
> <br>
>         ... and this is the origin of the problem. Note however that the<br>
>         lattice vectors are correct so is the phonon calculation.<br>
>         I am quite sure that this problem was fixed well before the 6.5<br>
>         release, though.<br>
>         Search for "bravais" in "outdir"/data-file-schema.xml:  you<br>
>         should find a line (actually two) that looks like<br>
>         <atomic_structure nat="24" alat=" 11.6859" bravais_index="13"<br>
>         alternative_axes="unique-axis-b">.<br>
>         Is this true?<br>
> <br>
>         Paolo<br>
>         -- <br>
>         Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
>         Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
>         Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>
> <br>
>         _______________________________________________<br>
>         Quantum ESPRESSO is supported by MaX<br>
>         (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a><br>
>         <<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>>)<br>
>         users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>         <mailto:<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
>         <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
>     _______________________________________________<br>
>     Quantum ESPRESSO is supported by MaX<br>
>     (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a><br>
>     <<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>>)<br>
>     users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br>
>     <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
> <br>
> <br>
> -- <br>
> Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
> Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
> Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
> users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
<br>
-- <br>
Lorenzo Paulatto - Paris<br>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>