<div dir="auto"><div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">---------- Forwarded message ---------<br>Da: <strong class="gmail_sendername" dir="auto">alberto</strong> <span dir="auto"><<a href="mailto:voodoo.bender@gmail.com">voodoo.bender@gmail.com</a>></span><br>Date: gio 20 feb 2020 04:54 PM<br>Subject: PBS script and tmp stogage<br>To:  <<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org">users@lists.quantum-espresso.org</a>><br></div><br><br><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">Hi, <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">I'm using QE in some single point simulations. <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">In particular I'm running scf/nscf calculations <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">In my block input <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">calculation = 'nscf' ,<br>                restart_mode = 'from_scratch' ,<br>                      outdir = './tmp_qe' ,<br>                  pseudo_dir = '/home/alberto/QUANTUM_ESPRESSO/BASIS/upf_files/' ,<br>                      prefix = 'BIS-IMID-PbI4_SR' ,<br>                   verbosity = 'high' ,<br>               etot_conv_thr = 1.0D-8 ,<br>               forc_conv_thr = 1.0D-7 ,<br>                  wf_collect = .true.</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">the out dir is located in /home/alberto/ and I notice that the writing/reading time is very long</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">I would use /tmp dir of one node where the jobs is running.</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">(my cluster has got some nodes xeon to 20 CPU every nodes)</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">This is my PBS script</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small">## Script for parallel Quantum Espresso job by Alberto<br>## Run script with 3 arguments:<br>## $1 = Name of input-file, without extension<br>## $2 = Numbers of nodes to use (ncpus=nodes*20)<br>## $3 = Module to run<br><br>if [ -z "$1" -o -z "$2" -o -z "$3" ]; then<br>     echo "Usage: $0 <input_file> <np> <module> "<br>fi<br><br>if [ $2 -ge 8 ]; then<br> NODES=$(($2/20))<br>      CPUS=20<br>else<br> NODES=1<br>       CPUS=$2<br>fi<br><br>cat<<EOF>$1.job<br>#!/bin/bash<br>#PBS -l nodes=xeon1:ppn=$CPUS:xeon20+xeon2:ppn=$CPUS:xeon20+xeon3:ppn=$CPUS:xeon20+xeon4:ppn=$CPUS:xeon20+xeon5:ppn=$CPUS:xeon20+xeon6:ppn=$CPUS:xeon20<br>#PBS -l walltime=9999:00:00<br>#PBS -N $1<br>#PBS -e $1.err<br>#PBS -o $1.sum<br>#PBS -j oe<br>job=$1      # Name of input file, no extension<br>project=\$PBS_O_WORKDIR<br>cd \$project<br>cat \$PBS_NODEFILE > \$PBS_O_WORKDIR/nodes.txt <br><br>export OMP_NUM_THREADS=$(($2/40))<br>time /opt/openmpi-1.4.5/bin/mpirun -machinefile \$PBS_NODEFILE -np $2 /opt/qe-6.4.1/bin/$3 -ntg $(($2/60)) -npool $(($2/60)) < $1.inp > $1.out<br>EOF<br><br>qsub $1.job</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace;font-size:small"><div><div><span lang="en"><span title="">how could I use the directory /tmp and avoid that the nscf calculation don't stop it because no files are found! </span><span lang="en"><span title="">really the files are present, but they are divided on different nodes</span></span><br><br><span title="">regards</span></span></div><div><br></div><div>Alberto<br></div><div><span lang="en"><span title=""></span></span><span></span></div></div></div></div>
</div></div></div>