<div dir="ltr">I want to calculate energy due to vacancy. I opened the following input file in x-crysden.<br><br>&control<br>calculation = 'scf',<br>prefix = '9.1334'<br>tstress= .true.<br>tprnfor= .true.<br>outdir = '/home/user/cao.oct/'<br>pseudo_dir = '/home/user/cao.oct/pseudo/'<br>/<br>&system<br>ibrav = 2,<br>celldm(1) = 9.1334,<br>nat = 2,<br>ntyp = 2,<br>ecutwfc = 100,<br>/<br>&electrons<br>mixing_beta = 0.7<br>/<br><br>ATOMIC_SPECIES<br><br>Ca 40.078 Ca.pbe-nsp-van.UPF<br>O 15.999 O.pbe-van_ak.UPF<br><br>ATOMIC_POSITIONS<br>Ca 0.0 0.0 0.0<br>O 0.50 0.50 0.50<br>K_POINTS (automatic)<br>11 11 11 1 1 1<br><br>when
 I opened this structure in x-crysden, it showed me around 27 atoms. Now
 I planned to create one vacancy by removing an atom and included rest 
all the atomic position in my input file and gave a run. But at that 
time I faced an error.<br><br>Following are the atomic positions which I read from x-crysden<br>Ca 0.0 0.0 0.0<br>O 0.5 0.0 0.0<br>O 0.0 0.5 0.0<br>O 0.0 0.0 0.5<br>Ca 0.5 0.5 0.0<br>Ca 0.5 0.0 0.5<br>Ca 0.0 0.5 0.5<br>O 0.5 0.5 0.5<br>Ca 0.5 0.5 1.0<br>Ca 0.0 0.0 1.0<br>O 0.0 0.5 1.0<br>O 0.5 0.0 1.0<br>Ca 0.0 1.0 0.0<br>Ca 0.5 1.0 0.5<br>O 0.0 1.0 0.5<br>O 0.5 1.0 0.0<br>Ca 0.0 1.0 1.0<br>O 0.5 1.0 1.0<br>Ca 1.0 0.0 0.0<br>Ca 1.0 0.5 0.5<br>O 1.0 0.0 0.5<br>O 1.0 0.5 0.0<br>Ca 1.0 0.0 1.0<br>O 1.0 0.5 1.0<br>Ca 1.0 1.0 0.0<br>O 1.0 1.0 0.5<br>Ca 1.0 1.0 1.0<br><br>Out of all these positions only<br>Ca 0.0 0.0 0.0<br>O 0.5 0.5 0.5<br>are needed. rest are automatically ignored by quantum espresso. Then how do I create vacancy?</div>