<div dir="ltr"><div><span style="font-family:times new roman,serif">Respected Sir/Madam,</span></div><div><span style="font-family:times new roman,serif">I want to calculate the energy due 
to vacancy in CaO. I need to create a supercell. So for that, don't I 
need all the above atomic positions of CaO in input file? Are only two 
atomic positions (0,0,0) and (0.5,0.5,0.5) enough? If yes, how can I 
create vacancy with just two atomic positions? I searched for a query 
similar to mine, but couldn't get any. <br></span></div><div><span style="font-family:times new roman,serif"><br></span></div><div><div><span style="font-family:times new roman,serif">For instance, I tried calculation for Si-Ge alloy with the following script, but there was no such error faced here.</span></div><div><span style="font-family:times new roman,serif"><br></span></div><div><span style="font-family:times new roman,serif"><span class="gmail-im">&control<br>    calculation = 'scf',<br></span>    prefix = 'sige'<span class="gmail-im"><br>    tstress= .true.<br>    tprnfor= .true.<br>    outdir = '/home/userpooja/cao.oct/'<br>    pseudo_dir = '/home/userpooja/cao.oct/pseudo/'<br> /<br> &system<br></span>    ibrav =  0,<br>    celldm(1) = 5.4492,<br>    nat =  16,<span class="gmail-im"><br>    ntyp = 2,<br>    ecutwfc = 100,<br>/<br>&electrons<br>    mixing_beta = 0.7<br> /<br><br>ATOMIC_SPECIES<br><br></span>Si 28.0855 Si.pz-vbc.UPF<br>Ge 72.64 Ge.pz-bhs.UPF<br><br>ATOMIC_POSITIONS<br>Si 0.0 0.0 0.0<br>Si 0.5 0.5 0.0<br>Si 0.5 0.0 0.5<br>Ge 0.0 0.5 0.5<br>Ge 0.25 0.25 0.25<br>Ge 0.75 0.75 0.25<br>Ge 0.75 0.25 0.75<br>Ge 0.25 0.75 0.75<br>Si 1.0 0.5 0.5<br>Si 1.0 1.0 0.0<br>Ge 1.25 0.25 0.25<br>Ge 1.5 0.0 0.5<br>Ge 1.5 0.5 0.0<br>Si 1.75 0.75 0.25<br>Si 1.75 0.25 0.75<br>Si 1.25 0.75 0.75<br><br>CELL_PARAMETERS<br>2.0 0.0 0.0<br>0.0 1.0 0.0<br>0.0 0.0 1.0</span></div><div><span style="font-family:times new roman,serif"><br></span></div><div><div><span style="font-family:times new roman,serif">Talking in detail about my procedure,</span></div><div><span style="font-family:times new roman,serif">I opened the 
following input file (which is for equlibrium lattice parameter of CaO) 
which has two atomic positions in X-crysden. Then it showed me a 
structure with 27 atoms whose co-ordinates (read by atoms info) are as 
follows:</span></div><div><div class="gmail-im"><div><span style="font-family:times new roman,serif">Ca 0.5 0.5 0.0<br>Ca 0.0 0.0 0.0<br>Ca 0.5 0.0 0.5<br>Ca 0.0 0.5 0.5<br>O  0.0 0.0 0.5<br>O  0.5 0.5 0.5<br>O  0.0 0.5 0.0<br>O  0.5 0.0 0.0<br>Ca 0.5 0.5 1.0<br>Ca 0.0 0.0 1.0<br>O  0.0 0.5 1.0<br>O  0.5 0.0 1.0<br>Ca 0.0 1.0 0.0<br>Ca 0.5 1.0 0.5<br>O  0.0 1.0 0.5<br>O  0.5 1.0 0.0<br>Ca 0.0 1.0 1.0<br>O  0.5 1.0 1.0<br>Ca 1.0 0.0 0.0<br>Ca 1.0 0.5 0.5<br>O  1.0 0.0 0.5<br>O  1.0 0.5 0.0<br>Ca 1.0 0.0 1.0<br>O  1.0 0.5 1.0<br>Ca 1.0 1.0 0.0<br>O  1.0 1.0 0.5<br>Ca 1.0 1.0 1.0</span></div></div></div><div><span style="font-family:times new roman,serif"><br></span></div><div><span style="font-family:times new roman,serif">So, don't I have to include all this atomic positions while calculating energy due to vacancy? how can I 
create vacancy with just two atomic positions?</span></div></div></div></div>