<div dir="ltr"><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">Dear Users,</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">I have been trying to compute the local electrostatic potential (Hartree part to be specific) using the post-processing tool of QE- pp.x using the following inputs:</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">---------------------------------------------------</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">cat > Hartree_pot.in << !<br>&inputpp<br>prefix = 'p1_pristine_sp'<br>outdir = './'<br>filplot = 'Hartree_pot.dat'<br>plot_num = 11<br>/<br>&plot<br>nfile = 1<br>iflag = 3<br>filepp(1) = 'p1_pristine_sp_pot.dat'<br>weight(1) = 1<br>output_format = 5<br>fileout = 'p1_pristine_sp.xsf'<br>/<br>!<br><br>mpirun -np $np Â pp.x  < Hartree_pot.in > p1_hartree_sp.out<br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">-------------------------------------------------------------------------------</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">However, I keep getting the following error related to the MPI:</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">  </font></div><font face="arial, sans-serif"><br>  Â  Â Program POST-PROC v.6.4.1 starts on 10Oct2019 at 18:57: 2<br><br>  Â  Â This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite<br>  Â  Â for quantum simulation of materials; please cite<br>  Â  Â  Â  Â "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);<br>  Â  Â  Â  Â "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 29 465901 (2017);<br>  Â  Â  Â  Â  URL <a href="http://www.quantum-espresso.org" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org</a>",<br>  Â  Â in publications or presentations arising from this work. More details at<br>  Â  Â <a href="http://www.quantum-espresso.org/quote" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org/quote</a><br></font><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><br>  Â  Â Parallel version (MPI), running on Â  Â 16 processors<br><br>  Â  Â MPI processes distributed on Â  Â  1 nodes<br>  Â  Â R & G space division: Â proc/nbgrp/npool/nimage = Â  Â  Â 16<br><br>  Â  Â IMPORTANT: XC functional enforced from input :<br>  Â  Â Exchange-correlation Â  Â  Â = PBE ( 1 Â 4 Â 3 Â 4 0 0)<br>  Â  Â Any further DFT definition will be discarded<br>  Â  Â Please, verify this is what you really want<br><br><br>  Â  Â Parallelization info<br>  Â  Â --------------------<br>  Â  Â sticks: Â  dense Â smooth Â  Â  PW Â  Â  G-vecs: Â  Â dense Â  smooth Â  Â  Â PW<br>  Â  Â Min Â  Â  Â  Â  560 Â  Â  297 Â  Â  81 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 39794 Â  Â 15501 Â  Â 2217<br>  Â  Â Max Â  Â  Â  Â  561 Â  Â  298 Â  Â  82 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 39797 Â  Â 15504 Â  Â 2222<br>  Â  Â Sum Â  Â  Â  Â 8969 Â  Â 4765 Â  1305 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  636715 Â  248049 Â  35513<br><br>  Â  Â Generating pointlists ...<br>  Â  Â new r_m : Â  0.0851 (alat units) Â 1.6486 (a.u.) for type Â  Â 1<br>  Â  Â new r_m : Â  0.0672 (alat units) Â 1.3020 (a.u.) for type Â  Â 2<br>  Â  Â new r_m : Â  0.0672 (alat units) Â 1.3020 (a.u.) for type Â  Â 3<br><br>  Â  Â Calling punch_plot, plot_num = Â 11<br>--------------------------------------------------------------------------<br>A process has executed an operation involving a call to the<br>"fork()" system call to create a child process.  Open MPI is currently<br>operating in a condition that could result in memory corruption or<br>other system errors; your job may hang, crash, or produce silent<br>data corruption.  The use of fork() (or system() or other calls that<br>create child processes) is strongly discouraged.<br><br>The process that invoked fork was:<br><br>  Local host: Â  Â  Â  Â  Â [[61547,1],0] (PID 37849)<br><br>If you are *absolutely sure* that your application will successfully<br>and correctly survive a call to fork(), you may disable this warning<br>by setting the mpi_warn_on_fork MCA parameter to 0.<br>--------------------------------------------------------------------------<br>--------------------------------------------------------------------------<br>mpirun noticed that process rank 9 with PID 0 on node b144 exited on signal 6 (Aborted).<br>--------------------------------------------------------------------------<br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">I have tried compiling the pp.x several times and reran the calculations even using only a single node, but no luck yet. I am not running it on the local machine, I am running it in</font><span style="font-family:arial,sans-serif"> the cluster so there should not be any memory </span>issues<span style="font-family:arial,sans-serif">. I am using openmpi version </span>2.1.1. </div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">Any help would be appreciated.</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">Best,</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">Abhirup</font></div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font color="#0b5394" face="arial, sans-serif">-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</font><div><font color="#0b5394" face="arial, sans-serif">Abhirup Patra</font></div><div><font color="#0b5394" face="arial, sans-serif">Postdoctoral Research Fellow</font></div><div><font color="#0b5394" face="arial, sans-serif">Department of Chemistry</font></div><div><font color="#0b5394" face="arial, sans-serif">University of Pennsylvania</font></div></div></div></div></div>