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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am using NEB code to calculate vacancy jump activation energy in pure copper. I am not sure how to initialize elastic constants ( k_max and k_min) for this system using Hartree atomic units ( hartree/ bohr^2). I tried a bunch of values
but they all gave me weird results. I have also included my code here.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any help will be greatly appreciated.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Soumyajit<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">BEGIN<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">BEGIN_PATH_INPUT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&PATH<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> restart_mode = 'from_scratch'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> string_method = 'neb'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> nstep_path = 55<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> num_of_images = 9 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> opt_scheme = 'broyden'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> CI_scheme = 'auto'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> path_thr = 0.05<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> k_max = 0.3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> k_min = 0.001<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ds = 0.1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> first_last_opt = .false.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> minimum_image = .true.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> use_freezing = .true.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> use_masses = .true.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">END_PATH_INPUT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">BEGIN_ENGINE_INPUT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&CONTROL<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> prefix='copper_neb',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> pseudo_dir = './',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> outdir='./',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> verbosity='low', <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">&SYSTEM<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ibrav=0,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> A=7.66836091,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> B=7.66836091,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> C=7.66836091,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> cosAB=0.5,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> cosBC=0.5,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> cosAC=0.5,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> nat = 26,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ntyp = 1,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ecutwfc = 50,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ecutrho = 250,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> occupations='smearing', smearing='marzari-vanderbilt', degauss=0.005,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">&ELECTRONS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> conv_thr = 1d-7<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> mixing_beta = 0.7,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">CELL_PARAMETERS {alat} <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1.00 0.00 0.00<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.00 1.00 0.00<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 0.00 0.00 1.00<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">ATOMIC_SPECIES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Cu 63.5 Cu_PBE_PAW_nonlinear.UPF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">BEGIN_POSITIONS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FIRST_IMAGE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ATOMIC_POSITIONS {alat} <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 -0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 -0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 -0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.0000 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.0000 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.0000 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 -0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 -0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 -0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.0000 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#Cu 0.0000 0.0000 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.0000 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 -0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 -0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 -0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.0000 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.0000 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.0000 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">LAST_IMAGE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ATOMIC_POSITIONS {alat} <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 -0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 -0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 -0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.0000 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.0000 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.0000 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu -0.3333 0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 -0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 -0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 -0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.0000 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.0000 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#Cu 0.0000 0.0000 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.0000 0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 -0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 -0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 -0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.0000 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.0000 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.0000 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.3333 -0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.3333 0.0000 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cu 0.3333 0.3333 0.3333 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">END_POSITIONS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">K_POINTS {automatic} <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 4 4 4 0 0 0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">END_ENGINE_INPUT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">END<o:p></o:p></p>
</div>
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