<div dir="ltr"><br clear="all"><div>Dear QE users,</div><div><br></div><div>I want to calculate the affinity (ads. energy) between an open-shell molecule (radical) and Pd(111) slab. </div><div>I have already computed a three layer Pd surface (72 Pd atoms) with and without spin polarization (SP). The final energy differs from each other's since a total magnetization of 20.61 Bohr mag/cell has been computed when SP is included. </div><div><br></div><div>How can I calculate an open-shell molecule on top of such Pd slab? Can I constrain the total magnetization to 1?</div><div><br></div><div>Any suggestions would be really appreciate.</div><div><br></div><div>Here below the input for the Pd slab calculated with SP:</div><div>&CONTROL<br>    calculation   = "relax"<br>    prefix ='Pd_Surface_111_testSP'<br>    forc_conv_thr =  1.0e-03<br>    max_seconds   =  1.34369e+14<br>    nstep         = 400<br>    pseudo_dir    = "/home/pcosta/pseudo"<br>    verbosity     ='high'<br>    disk_io ='none'<br>    tprnfor       = .TRUE.<br>    tstress       = .TRUE.<br>/<br><br>&SYSTEM<br>    a     =  1.11278e+01<br>    b     =  1.66917e+01<br>    c     =  2.45429e+01<br>    cosab = -5.00000e-01<br>    degauss                   =  1.00000e-02<br>    ecutrho                   =  1.33000e+02<br>    ecutwfc                   =  3.2000e+01        <br>    lda_plus_u                = .FALSE.<br>   nspin                     = 2<br>    ibrav = 12<br>    nat   = 72<br>    ntyp  = 1<br>    vdw_corr                  = 'grimme-d3'<br>    occupations               = "smearing"<br>    smearing                  = "gaussian"<br>    starting_magnetization(1) = 2.00000e-01<br>/<br><br>&ELECTRONS<br>    conv_thr         =  1.00000e-06<br>    diagonalization  = "david"<br>    mixing_beta      = 0.2<br>    electron_maxstep = 450<br>    startingpot      = "atomic"<br>    startingwfc      = "atomic+random"<br>/<br><br>&IONS<br>    ion_dynamics = "bfgs"<br>/<br><br>K_POINTS {gamma}<br><br>ATOMIC_SPECIES<br>Pd    106.42000  Pd.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br><br>ATOMIC_POSITIONS {angstrom}<br>Pd      1.390977   0.803081  14.542918 <br>Pd      4.172936   0.803081  14.542918<br>Pd     -0.000000   3.212326  14.542915<br>Pd      2.781956   3.212328  14.542918<br>Pd     -0.000000   1.606165  12.271460<br>Pd      2.781956   1.606163  12.271458<br>Pd     -1.390977   4.015407  12.271460<br>Pd      1.390977   4.015407  12.271460<br>Pd      0.000000   0.000000  10.000000<br>Pd      2.781956   0.000002  10.000002<br>Pd      1.390979   2.409244  10.000002<br>Pd      4.172933   2.409244  10.000002<br>Pd     -1.390979   5.621570  14.542918<br>Pd      1.390979   5.621570  14.542918<br>Pd     -2.781956   8.030815  14.542915<br>Pd      0.000000   8.030817  14.542918<br>Pd     -2.781956   6.424654  12.271460<br>Pd      0.000000   6.424652  12.271458<br>Pd     -4.172933   8.833896  12.271460<br>Pd     -1.390979   8.833896  12.271460<br>Pd     -2.781956   4.818489  10.000000<br>Pd      0.000000   4.818491  10.000002<br>Pd     -1.390977   7.227733  10.000002<br>Pd      1.390977   7.227733  10.000002<br>Pd     -4.172936  10.440059  14.542918<br>Pd     -1.390977  10.440059  14.542918<br>Pd     -5.563912  12.849305  14.542915<br>Pd     -2.781956  12.849306  14.542918<br>Pd     -5.563912  11.243143  12.271460<br>Pd     -2.781956  11.243142  12.271458<br>Pd     -6.954889  13.652385  12.271460<br>Pd     -4.172936  13.652385  12.271460<br>Pd     -5.563912   9.636979  10.000000<br>Pd     -2.781956   9.636980  10.000002<br>Pd     -4.172933  12.046222  10.000002<br>Pd     -1.390979  12.046222  10.000002<br>Pd      6.954889   0.803081  14.542918<br>Pd      9.736848   0.803081  14.542918<br>Pd      5.563912   3.212326  14.542915<br>Pd      8.345868   3.212328  14.542918<br>Pd      5.563912   1.606165  12.271460<br>Pd      8.345868   1.606163  12.271458<br>Pd      4.172936   4.015407  12.271460<br>Pd      6.954889   4.015407  12.271460<br>Pd      5.563912   0.000000  10.000000<br>Pd      8.345868   0.000002  10.000002<br>Pd      6.954892   2.409244  10.000002<br>Pd      9.736845   2.409244  10.000002<br>Pd      4.172933   5.621570  14.542918<br>Pd      6.954892   5.621570  14.542918<br>Pd      2.781956   8.030815  14.542915<br>Pd      5.563912   8.030817  14.542918<br>Pd      2.781956   6.424654  12.271460<br>Pd      5.563912   6.424652  12.271458<br>Pd      1.390979   8.833896  12.271460<br>Pd      4.172933   8.833896  12.271460<br>Pd      2.781956   4.818489  10.000000<br>Pd      5.563912   4.818491  10.000002<br>Pd      4.172936   7.227733  10.000002<br>Pd      6.954889   7.227733  10.000002<br>Pd      1.390977  10.440059  14.542918<br>Pd      4.172936  10.440059  14.542918<br>Pd     -0.000000  12.849305  14.542915<br>Pd      2.781956  12.849306  14.542918<br>Pd     -0.000000  11.243143  12.271460<br>Pd      2.781956  11.243142  12.271458<br>Pd     -1.390977  13.652385  12.271460<br>Pd      1.390977  13.652385  12.271460<br>Pd      0.000000   9.636979  10.000000<br>Pd      2.781956   9.636980  10.000002<br>Pd      1.390979  12.046222  10.000002<br>Pd      4.172933  12.046222  10.000002<br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Paolo Costa, Ph.D.<div>Postdoctoral Researcher</div><div>Department of Chemistry and Biomolecular Sciences</div><div>University of Ottawa</div><div>10 Marie Curie, Ottawa, ON K1N 6N5, Canada</div><div>Room number: DRO 326 (D'Iorio Hall)</div></div></div></div>