<div dir="ltr">Exactly so: a quick look at the error message shows that the z component of the first two crystal vectors must be zero. <br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 10, 2019 at 8:30 AM Dr. Thomas Brumme <<a href="mailto:thomas.brumme@uni-leipzig.de">thomas.brumme@uni-leipzig.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear  Julien,<br>
<br>
Maybe it's because your cell vectors 1 and 2 are pointing<br>
slightly in the z direction? I don't know but I think this<br>
could be a problem. If it is just a rotation of the whole<br>
cell you could try rotating it back... Otherwise search the<br>
code for the message and look when it is triggered.<br>
<br>
Regards<br>
<br>
Thomas<br>
<br>
Zitat von Julien Barbaud <<a href="mailto:julien_barbaud@sjtu.edu.cn" target="_blank">julien_barbaud@sjtu.edu.cn</a>>:<br>
<br>
> Dear users,<br>
><br>
><br>
><br>
> I am running into a new problem while trying to perform a calculation on a<br>
> 2D slab consisting of 4 unit cells in the z-direction with an additional<br>
> molecule on top of an under-coordinated surface atom.<br>
><br>
> When I try to run the code (in serial mode just for checking), I get this<br>
> message:<br>
><br>
> 2D CODE WILL NOT WORK, 2D MATERIAL NOT IN X-Y PLANE!!<br>
><br>
> 2D CODE WILL NOT WORK, 2D MATERIAL NOT IN X-Y PLANE!!<br>
><br>
> (repeated twice as shown here)<br>
><br>
><br>
><br>
> I tried to search, but could not find any documentation on this error.<br>
><br>
><br>
><br>
> I thought that this might be due to a vacuum slab too small, but the<br>
> dimension should be ok according to previous calculations on similar<br>
> systems, and increasing the c lattice to very large values constant does not<br>
> solve the problem.<br>
><br>
> I made sure that the slab+molecule were centered around 0 in the z-direction<br>
> as I have been told on this list that this was important for the 2D code not<br>
> to cutoff some real coulombian interactions. This did not solve the problem.<br>
> I also tried to wrap all atoms in the cell, but this did not change anything<br>
> (plus it necessarily meant that the system was not centered around 0<br>
> anymore).<br>
><br>
><br>
><br>
> I do not understand this error message. What does "not in x-y plane" mean<br>
> for this 2D code? What confuses me is that I have been doing several very<br>
> similar calculations, and I never had this problem before. Any suggestion ?<br>
><br>
><br>
><br>
> I will join my input file<br>
><br>
><br>
><br>
> Thanks for reading,<br>
><br>
> Julien<br>
<br>
-- <br>
Dr. rer. nat. Thomas Brumme<br>
Wilhelm-Ostwald-Institute for Physical and Theoretical Chemistry<br>
Leipzig University<br>
Phillipp-Rosenthal-Strasse 31<br>
04103 Leipzig<br>
<br>
Tel:  +49 (0)341 97 36456<br>
<br>
email: <a href="mailto:thomas.brumme@uni-leipzig.de" target="_blank">thomas.brumme@uni-leipzig.de</a><br>
<br>
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</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>