<div dir="auto">Yes!</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il mar 9 lug 2019, 13:39 Michal Krompiec <<a href="mailto:michal.krompiec@gmail.com">michal.krompiec@gmail.com</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Fabrizio,<div>Thanks. Do you mean replacing this: (lines 466-475)</div><div>   IF(DoLoc) then<br>!$omp parallel do collapse(3) default(shared) firstprivate(npol,nrxxs,nkqs,ibnd_buff_start,ibnd_buff_end) private(ir,ibnd,ikq,ipol)<br>      DO ikq=1,SIZE(locbuff,3) <br>         DO ibnd=1, x_nbnd_occ <br>            DO ir=1,nrxxs*npol<br>               locbuff(ir,ibnd,ikq)=0.0_DP<br>            ENDDO<br>         ENDDO<br>      ENDDO<br>    ELSE<br></div><div><br></div><div>with the following:</div><div><br></div><div>    IF(DoLoc) then<br>         IF(gamma_only) then<br>!$omp parallel do collapse(3) default(shared) firstprivate(npol,nrxxs,nkqs,ibnd_buff_start,ibnd_buff_end) private(ir,ibnd,ikq,ipol)<br>        DO ikq=1,SIZE(locbuff,3) <br>           DO ibnd=1, x_nbnd_occ <br>              DO ir=1,nrxxs*npol<br>                 locbuff(ir,ibnd,ikq)=0.0_DP<br>              ENDDO<br>           ENDDO<br>        ENDDO<br>      END IF<br>    ELSE<br></div><div><br></div><div>?</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 9 Jul 2019 at 11:37, Fabrizio Ferrari <<a href="mailto:ferrariruffino.fz@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">ferrariruffino.fz@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello,</div><div> if you put the loop at line 467 of PW/src/exx.f90 inside an 'IF(gamma_only)', the segfault should disappear. I'm just checking if that is the only fix needed.</div><div><br></div><div>Fabrizio<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 9, 2019 at 12:27 PM Michal Krompiec <<a href="mailto:michal.krompiec@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">michal.krompiec@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">I got a similar segfault using a fresh installation of QE 6.4.1, on a different HPC, this time with Intel 2018 compilers and ELPA, with the same input file and pseudos (SG15) as previously. <div>I noticed that my molecule is a bit too high in the simulation cell (vs. the potential added by assume_isolated), but increasing the size of the cell in the Z direction changed nothing. </div><div>Switching off assume_isolated also didn't help. <br><div><br></div><div>from stdout:</div><div><br>forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred<br>Image              PC                Routine            Line        Source<br>pw.x               00000000056A6D8D  Unknown               Unknown  Unknown<br>libpthread-2.17.s  00002AC70727E5E0  Unknown               Unknown  Unknown<br>pw.x               00000000005B3618  Unknown               Unknown  Unknown<br>pw.x               00000000005AE060  Unknown               Unknown  Unknown<br>pw.x               000000000040ADFD  Unknown               Unknown  Unknown<br>pw.x               000000000059D83D  Unknown               Unknown  Unknown<br>pw.x               00000000004086C9  Unknown               Unknown  Unknown<br>pw.x               000000000040851E  Unknown               Unknown  Unknown<br><a href="http://libc-2.17.so" target="_blank" rel="noreferrer">libc-2.17.so</a>       00002AC7077AEC05  __libc_start_main     Unknown  Unknown<br>pw.x               0000000000408429  Unknown               Unknown  Unknown<br>forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred<br></div><div><br></div><div>Last few lines of the log file:</div><div><br>     convergence has been achieved in   9 iterations<br><br>     Using localization algorithm with threshold:   0.50D-02<br><br>     Using ACE for calculation of exact exchange<br><br>     EXX grid:  1427071 G-vectors     FFT dimensions: (  90,  90, 375)<br><br> NBands =           15  nks =            1  nkqs =            9<br>     Canonical Orbitals<br></div><div><br></div><div>Any suggestions?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Michal</div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 8 Jul 2019 at 13:27, Michal Krompiec <<a href="mailto:michal.krompiec@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">michal.krompiec@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<br><div>I'm getting a segmentation fault when trying to run a HSE06 SCF calculation in QE 6.4rc (built with gcc and OpenMPI). I got the same result regardless of number of OMP threads (1-2) or MPI processes, it is also not because I'm running out of memory. Increasing OMP_STACK_SIZE didn't help. </div><div>I'm using SG15 norm-conserving pseudopotentials. </div><div>This is the error message:</div><div><br></div><div>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.<br><br>Backtrace for this error:<br><br>Backtrace for this error:<br>#0  0x2ba41caf6607 in ???<br>#1  0x2ba41caf586d in ???<br>#2  0x2ba41d9d5fdf in ???<br>#1  0x2ba41caf586d in ???<br>#2  0x2ba41d9d5fdf in ???<br>#3  0x481031 in __exx_MOD_exxinit._omp_fn.41<br>        at /home/hpcadmin/Cluster-packages/Apps/QE/q-e-qe-6.4-rc/PW/src/exx.f90:471<br></div><div><br></div><div><br></div><div>And this is the input file:</div><div>&CONTROL<br>   nstep            = 150<br>   prefix           = 'pz'<br>   calculation = 'scf'<br>/<br>&SYSTEM<br>   ecutwfc          = 60<br>   ecutrho          = 240<br>   occupations      = 'smearing'<br>   degauss          = 0.03<br>   smearing         = 'marzari-vanderbilt'<br>   assume_isolated  = '2D'<br>   ntyp             = 3<br>   nat              = 10<br>   ibrav            = 0<br>   vdw_corr='dft-d3'<br>   nosym = .true.<br>   input_dft = 'hse'<br>   localization_thr = 0.005<br><br>/<br>&ELECTRONS<br>electron_maxstep = 1000<br>mixing_mode  = 'plain'<br>mixing_beta = 0.3<br>mixing_ndim = 10<br>/<br>&IONS<br>ion_dynamics = 'bfgs'<br>/<br><br>ATOMIC_SPECIES<br>H 1 H_ONCV_PBE-1.0.upf<br>C 12 C_ONCV_PBE-1.0.upf<br>N 14 N_ONCV_PBE-1.0.upf<br><br>K_POINTS automatic<br>3 3 1  0 0 0<br><br>CELL_PARAMETERS angstrom<br>9.45000000000000 0.00000000000000 0.0<br>0.00000000000000 8.90954544295050 0.0<br>0.00000000000000 0.00000000000000 40.0<br><br></div><div>ATOMIC_POSITIONS angstrom<br>N        3.220157348   4.070243213   7.161850862<br>C        2.057591707   4.250681378   7.817575738<br>C        4.333273229   4.171146830   7.913403134<br>C        2.009345068   4.525337360   9.193044239<br>C        4.285082283   4.446195607   9.288766365<br>N        3.122476937   4.626559339   9.944547282<br>H        1.139008253   4.174089393   7.227702259<br>H        5.290517910   4.028527369   7.402554504<br>H        1.052120461   4.668162403   9.703968061<br>H        5.203598139   4.523590493   9.878655120<br></div><div><br></div><div><br></div><div>I would be grateful for any suggestions. In the meantime, we are upgrading to 6.4.1 to see if this helps. </div><div><br>Best regards,</div><div><br></div><div>Michal Krompiec</div><div><br></div><div>Merck KGaA, Darmstadt, Germany & University of Southampton</div></div>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Quantum ESPRESSO is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>