<div dir="ltr"><div>The MPI run-time environment (e.g. mpirun) must be consistent with the MPI libraries you are linking. Be very careful when setting your PATH, LIBPATH, etc. environment variables. They must be the same when you configure, compile, and run. </div><div><br></div><div>Paolo<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 29, 2019 at 3:07 PM Mahmood Naderan <<a href="mailto:mahmood.nt@gmail.com">mahmood.nt@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Hi</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I want to know if I have correctly built qe with openmpi-4.0. So, I ran the following command and got this error</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">[root@rocks7 q-e-qe-6.4]# ./configure --prefix=/share/apps/softwares/q-e-qe-6.4 MPIF90=/share/apps/softwares/openmpi-4.0.1/bin/mpif90</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">...</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">
[root@rocks7 q-e-qe-6.4]# make all</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">...<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">[mahmood@rocks7 job]$ /share/apps/softwares/openmpi-4.0.1/bin/mpirun /share/apps/softwares/q-e-qe-6.4/bin/pw.x<br>--------------------------------------------------------------------------<br>As of version 3.0.0, the "sm" BTL is no longer available in Open MPI.<br><br>Efficient, high-speed same-node shared memory communication support in<br>Open MPI is available in the "vader" BTL.  To use the vader BTL, you<br>can re-run your job with:<br><br>    mpirun --mca btl vader,self,... your_mpi_application<br>--------------------------------------------------------------------------<br>--------------------------------------------------------------------------<br>A requested component was not found, or was unable to be opened.  This<br>means that this component is either not installed or is unable to be<br>used on your system (e.g., sometimes this means that shared libraries<br>that the component requires are unable to be found/loaded).  Note that<br>Open MPI stopped checking at the first component that it did not find.<br><br>Host:      <a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com</a><br>Framework: btl<br>Component: sm<br>--------------------------------------------------------------------------<br>--------------------------------------------------------------------------<br>It looks like MPI_INIT failed for some reason; your parallel process is<br>likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can<br>fail during MPI_INIT; some of which are due to configuration or environment<br>problems.  This failure appears to be an internal failure; here's some<br>additional information (which may only be relevant to an Open MPI<br>developer):<br><br>  mca_bml_base_open() failed<br>  --> Returned "Not found" (-13) instead of "Success" (0)<br>--------------------------------------------------------------------------<br>[rocks7:19796] *** An error occurred in MPI_Init<br>[rocks7:19796] *** reported by process [85917697,3255307776955514882]<br>[rocks7:19796] *** on a NULL communicator<br>[rocks7:19796] *** Unknown error<br>[rocks7:19796] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,<br>[rocks7:19796] ***    and potentially your MPI job)<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2079<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] 31 more processes have sent help message help-mpi-btl-sm.txt / btl sm is dead<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] 8 more processes have sent help message help-mca-base.txt / find-available:not-valid<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] 4 more processes have sent help message help-mpi-runtime.txt / mpi_init:startup:internal-failure<br>[<a href="http://rocks7.jupiterclusterscu.com:19784" target="_blank">rocks7.jupiterclusterscu.com:19784</a>] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal unknown handle<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Is that normal and need input file? I also tried with a sample input file but got the same error.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail-m_-2137513081755338139gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br><br></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Quantum Espresso is supported by MaX (<a href="http://www.max-centre.eu/quantum-espresso" rel="noreferrer" target="_blank">www.max-centre.eu/quantum-espresso</a>)<br>
users mailing list <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>