<div dir="ltr">Thanks Giuseppe. I confused myself by focusing on the filling of vacant p orbital of boron by the lone pair of nitrogen. <div>However, as you said, nitrogen is more electronegative than boron. </div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno lun 4 mar 2019 alle ore 15:11 Giuseppe Mattioli <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
Well, according to the Pauling electronegativity table, boron is the  <br>
“most positive” element in your molecule. I’m not surprised by the  <br>
fact that it loses charge and nitrogen acquires it.<br>
HTH<br>
Giuseppe<br>
<br>
<br>
Paolo Costa <<a href="mailto:paolo.costa85@gmail.com" target="_blank">paolo.costa85@gmail.com</a>> ha scritto:<br>
<br>
> Dear Giuseppe,<br>
><br>
> thanks for your reply!  I still do not understand the partial charge on<br>
> Boron and Nitrogen.<br>
> On BODIPY molecule the boron is tetracoordinated, thus it should have a<br>
> negative charge, while the nitrogens positive charge. However, now the<br>
> charges on B and N are the opposite.<br>
> Do you know why?<br>
><br>
> Thanks again.<br>
><br>
> Paolo<br>
><br>
> Il giorno lun 4 mar 2019 alle ore 11:53 Giuseppe Mattioli <<br>
> <a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>> ha scritto:<br>
><br>
>><br>
>> Dear Paolo<br>
>> It is just the opposite!<br>
>> F has 7 electrons, thus it gains ~0.34 electrons in your molecule (a<br>
>> partial -0.34 charge), at least by using the Lowdin partitioning. H<br>
>> has 1 electron and it loses ~0.24 electrons (a partial +0.24 charge).<br>
>> HTH<br>
>> Giuseppe<br>
>><br>
>> Paolo Costa <<a href="mailto:paolo.costa85@gmail.com" target="_blank">paolo.costa85@gmail.com</a>> ha scritto:<br>
>><br>
>> > Dear QE users,<br>
>> ><br>
>> > I calculated the Lodwin analysis of a BODIPY  molecule. If I understood<br>
>> > correctly, to obtain the partial charges, I have to subtract the total<br>
>> > charge with the anticipated number of electrons.<br>
>> > However, by doing so, I noticed that fluorines own positive partial<br>
>> charge<br>
>> > and hydrogen negative partial charge. I guess it should be opposite.<br>
>> > Am I doing something wrong?<br>
>> > Here the total charge, partial charge and below the coordinates of the<br>
>> > structure.<br>
>> > Thanks.<br>
>> ><br>
>> > Paolo<br>
>> ><br>
>> > Element Total Charge (from Lodwin Analysis) Partial Charge<br>
>> > B 2.375 -0.625<br>
>> > N 5.1304 0.1304<br>
>> > C 3.8606 -0.1394<br>
>> > C 3.9568 -0.0432<br>
>> > C 3.8606 -0.1394<br>
>> > N 5.13 0.13<br>
>> > C 3.9493 -0.0507<br>
>> > C 4.1393 0.1393<br>
>> > C 4.1395 0.1395<br>
>> > C 4.1326 0.1326<br>
>> > H 0.7777 -0.2223<br>
>> > C 4.1326 0.1326<br>
>> > H 0.7778 -0.2222<br>
>> > C 4.1317 0.1317<br>
>> > H 0.7699 -0.2301<br>
>> > H 0.7699 -0.2301<br>
>> > H 0.7702 -0.2298<br>
>> > C 4.1696 0.1696<br>
>> > C 3.893 -0.107<br>
>> > C 4.1698 0.1698<br>
>> > C 3.893 -0.107<br>
>> > F 7.3363 0.3363<br>
>> > F 7.3371 0.3371<br>
>> > C 4.1772 0.1772<br>
>> > C 4.1773 0.1773<br>
>> > H 0.7659 -0.2341<br>
>> > H 0.7542 -0.2458<br>
>> > H 0.7659 -0.2341<br>
>> > H 0.7541 -0.2459<br>
>> > Br 6.8341 -0.1659<br>
>> > Br 6.8342 -0.1658<br>
>> > Coordinates Structure<br>
>> > ATOMIC_POSITIONS (angstrom)<br>
>> > B  Â  Â  Â 17.439513804  25.625322834  20.973045091<br>
>> > N  Â  Â  Â 16.882879284  26.046299295  19.588650891<br>
>> > C  Â  Â  Â 17.611417570  26.577761866  18.547638252<br>
>> > C  Â  Â  Â 18.981473543  26.847480834  18.679994501<br>
>> > C  Â  Â  Â 19.627787526  26.552801209  19.889428726<br>
>> > N  Â  Â  Â 18.946313574  25.987021043  20.943865411<br>
>> > C  Â  Â  Â 19.725048002  27.421306063  17.572506985<br>
>> > C  Â  Â  Â 20.966884035  26.898825182  17.199885814<br>
>> > C  Â  Â  Â 19.215753256  28.507049461  16.854272118<br>
>> > C  Â  Â  Â 21.672475010  27.442583578  16.143363528<br>
>> > H  Â  Â  Â 21.355632883  26.025431956  17.736034285<br>
>> > C  Â  Â  Â 19.928670364  29.053299943  15.803815775<br>
>> > H  Â  Â  Â 18.258129871  28.943219988  17.161656267<br>
>> > C  Â  Â  Â 21.158317994  28.523222279  15.442553524<br>
>> > H  Â  Â  Â 22.636034674  27.008532757  15.854570202<br>
>> > H  Â  Â  Â 19.522552264  29.915432507  15.263514196<br>
>> > H  Â  Â  Â 21.720598110  28.955759334  14.608217851<br>
>> > C  Â  Â  Â 16.755699795  26.709363581  17.431198041<br>
>> > C  Â  Â  Â 15.626387791  25.867384471  19.148113264<br>
>> > C  Â  Â  Â 20.961586499  26.780304609  20.296707620<br>
>> > C  Â  Â  Â 19.816776014  25.851045266  21.957660446<br>
>> > F  Â  Â  Â 16.805285541  26.335760829  21.963860569<br>
>> > F  Â  Â  Â 17.299909483  24.267118687  21.135505695<br>
>> > C  Â  Â  Â 15.503982739  26.269192895  17.814655089<br>
>> > C  Â  Â  Â 21.080018363  26.329060350  21.596854814<br>
>> > H  Â  Â  Â 21.734290190  27.249658971  19.687403597<br>
>> > H  Â  Â  Â 21.957537020  26.337873981  22.242787824<br>
>> > H  Â  Â  Â 17.056054376  27.071432630  16.447685129<br>
>> > H  Â  Â  Â 14.590507636  26.219539022  17.222738922<br>
>> > Br  Â  Â  19.337204180  25.130245441  23.585145081<br>
>> > Br  Â  Â  14.294364702  25.162791887  20.209885331<br>
>> > --<br>
>> > Paolo Costa, Ph.D.<br>
>> > Postdoctoral Researcher<br>
>> > Department of Chemistry and Biomolecular Sciences<br>
>> > University of Ottawa<br>
>> > 10 Marie Curie, Ottawa, ON K1N 6N5, Canada<br>
>> > Room number: DRO 326 (D'Iorio Hall)<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> GIUSEPPE MATTIOLI<br>
>> CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
>> Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
>> I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
>> Mob (*preferred*) +39 373 7305625<br>
>> Tel + 39 06 90672342 - Fax +39 06 90672316<br>
>> E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> users mailing list<br>
>> <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
>><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Paolo Costa, Ph.D.<br>
> Postdoctoral Researcher<br>
> Department of Chemistry and Biomolecular Sciences<br>
> University of Ottawa<br>
> 10 Marie Curie, Ottawa, ON K1N 6N5, Canada<br>
> Room number: DRO 326 (D'Iorio Hall)<br>
<br>
<br>
<br>
GIUSEPPE MATTIOLI<br>
CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
Mob (*preferred*) +39 373 7305625<br>
Tel + 39 06 90672342 - Fax +39 06 90672316<br>
E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
<br>
_______________________________________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">Paolo Costa, Ph.D.<div>Postdoctoral Researcher</div><div>Department of Chemistry and Biomolecular Sciences</div><div>University of Ottawa</div><div>10 Marie Curie, Ottawa, ON K1N 6N5, Canada</div><div>Room number: DRO 326 (D'Iorio Hall)</div></div></div>