<div>Dear all,</div><div>The reviewers asked me to do zero-point corrections (ZPE) for water adsorbed on Fe surface slab.</div><div>I tried to use ph.x to calculate vibration frequency of adsorbed H2O on the surface.</div><div>But when I finished the scf calculation, ph.x made the CPU cores rushing madly without output...</div><div>Then I simplified the system with one water molecule in the supercell of 12.5x12.5x21 Angstrom^3. The ph.x could calculate 9 vibration frequencies successfully. But it seems a little bit slow.</div><div>But when I simplified the system with 16 Fe atoms on first layer of surface slab in the supercell of 12.5x12.5x21 Angstrom^3 and removed the rest Fe atoms below the surface. The ph.x  made the CPU cores mad again.</div><div><br></div><div>the input file for scf calculation of Fe atoms on first layer of surface slab as follows,</div><div><div><br></div><div>&CONTROL</div><div>   calculation  = 'scf',</div><div>   restart_mode = 'from_scratch' ,</div><div>   outdir='/fs08/home/espresso-6.1/qe-6.1/tempdir/test-1.0.2x2/Fe' ,</div><div>   prefix='test-1.0.2x2Fe',</div><div>   pseudo_dir = '/fs08/home/qe-6.3/pseudo/' ,</div><div>   etot_conv_thr = 4.0D-4 ,</div><div>   forc_conv_thr = 4.0D-4 ,</div><div>         tstress = .true. ,</div><div>         tprnfor = .true. ,</div><div>      wf_collect = .true. ,</div><div>/</div><div>&SYSTEM</div><div>    ibrav     = 0,</div><div>        nosym = .true.,</div><div>    A         = 11.2840,</div><div>    nat       = 16,</div><div>    ntyp      = 1,</div><div>    nspin     = 2,</div><div>    starting_magnetization(1)=0.6,</div><div>    occupations='smearing',</div><div>    smearing='mp',</div><div>    degauss=0.05,</div><div>    ecutwfc =64,</div><div>    ecutrho =782.0</div><div>/</div><div>&ELECTRONS</div><div>    mixing_mode ='local-TF',</div><div>    mixing_beta=0.3,</div><div>/</div><div><br></div><div>CELL_PARAMETERS</div><div>    1.00000000  0.00000000  0.00000000</div><div>    0.00000000  1.00000000  0.00000000</div><div>    0.00000000  0.00000000  1.86569478</div><div><br></div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div>Fe  55.85   Fe.pbe-spn-kjpaw_psl.0.2.1.UPF</div><div><br></div><div>ATOMIC_POSITIONS  crystal</div><div>Fe      -0.000070162  -0.001364954   0.336563416</div><div>Fe       0.249801425  -0.000872680   0.336864779</div><div>Fe       0.499934921  -0.002545661   0.336890374</div><div>Fe       0.750021168  -0.000874476   0.336865169</div><div>Fe      -0.000045769   0.249376170   0.336866355</div><div>Fe       0.249625654   0.248725837   0.336534575</div><div>Fe       0.499939806   0.248410455   0.336312079</div><div>Fe       0.750318855   0.248696436   0.336528914</div><div>Fe      -0.000005167   0.498750484   0.336896061</div><div>Fe       0.246009504   0.499503888   0.335983876</div><div>Fe       0.500263595   0.496421434   0.341364152</div><div>Fe       0.753992382   0.499521417   0.335970703</div><div>Fe      -0.000037116   0.749380804   0.336858971</div><div>Fe       0.250321424   0.748218135   0.336582066</div><div>Fe       0.499946787   0.755247262   0.335688659</div><div>Fe       0.749616030   0.748261810   0.336570775</div><div>K_POINTS automatic</div><div>2 2 1 0 0 0</div></div><div><br></div><div>The input file for ph.x as follows,</div><div><div><br></div><div>test</div><div>&INPUTPH</div><div>   outdir='/fs08/home/espresso-6.1/qe-6.1/tempdir/test-1.0.2x2/Fe' ,</div><div>   prefix='test-1.0.2x2Fe',</div><div>fildyn='test.dynG',</div><div>nat_todo=1</div><div>/</div><div>0.0 0.0 0.0</div><div>1</div></div><div><br></div><div>The output of ph.x as follows,</div><div><div>Program PHONON v.6.3 starts on 22Jan2019 at 19:46:26</div><div><br></div><div>     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite</div><div>     for quantum simulation of materials; please cite</div><div>         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);</div><div>         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 29 465901 (2017);</div><div>          URL http://www.quantum-espresso.org",</div><div>     in publications or presentations arising from this work. More details at</div><div>     http://www.quantum-espresso.org/quote</div><div><br></div><div>     Parallel version (MPI), running on    24 processors</div><div><br></div><div>     MPI processes distributed on     1 nodes</div><div>     R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =      24</div><div><br></div><div>     Reading data from directory:</div><div>     /fs08/home/espresso-6.1/qe-6.1/tempdir/test-1.0.2x2/Fe/test-1.0.2x2Fe.save/</div><div><br></div><div>     IMPORTANT: XC functional enforced from input :</div><div>     Exchange-correlation      = PBE ( 1  4  3  4 0 0)</div><div>     Any further DFT definition will be discarded</div><div>     Please, verify this is what you really want</div><div><br></div><div>               file Fe.pbe-spn-kjpaw_psl.0.2.1.UPF: wavefunction(s)  3D renormalized</div><div><br></div><div>     Parallelization info</div><div>     --------------------</div><div>     sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW</div><div>     Min        1178     386    101               278340    52130    7032</div><div>     Max        1179     387    103               278345    52141    7038</div><div>     Sum       28293    9265   2441              6680231  1251139  168823</div><div><br></div><div>     Generating pointlists ...</div><div>     new r_m :   0.0999 (alat units)  2.1305 (a.u.) for type    1</div><div><br></div><div>     Check: negative/imaginary core charge=   -0.000004    0.000000</div><div><br></div><div>     negative rho (up, down):  2.283E-04 2.603E-03</div><div><br></div><div>     Calculation of q =    0.0000000   0.0000000   0.0000000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    1   0.00000   0.00000   0.00000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    2   0.00000  -0.50000   0.00000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    3  -0.50000   0.00000   0.00000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    4  -0.50000  -0.50000   0.00000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    5   0.00000   0.00000   0.00000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    6   0.00000  -0.50000   0.00000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    7  -0.50000   0.00000   0.00000</div><div><br></div><div>Possibly too few bands at point    8  -0.50000  -0.50000   0.00000</div><div><br></div><div>     test</div><div><br></div><div>     bravais-lattice index     =            0</div><div>     lattice parameter (alat)  =      21.3237  a.u.</div><div>     unit-cell volume          =   18089.4947 (a.u.)^3</div><div>     number of atoms/cell      =           16</div><div>     number of atomic types    =            1</div><div>     kinetic-energy cut-off    =      64.0000  Ry</div><div>     charge density cut-off    =     782.0000  Ry</div><div>     convergence threshold     =      1.0E-12</div><div>     beta                      =       0.7000</div><div>     number of iterations used =            4</div><div>     Exchange-correlation      = PBE ( 1  4  3  4 0 0)</div><div><br></div><div><br></div><div>     celldm(1)=   21.32367  celldm(2)=    0.00000  celldm(3)=    1.86569</div><div>     celldm(4)=    0.00000  celldm(5)=    0.00000  celldm(6)=    0.00000</div><div><br></div><div>     crystal axes: (cart. coord. in units of alat)</div><div>               a(1) = (  1.0000  0.0000  0.0000 )</div><div>               a(2) = (  0.0000  1.0000  0.0000 )</div><div>               a(3) = (  0.0000  0.0000  1.8657 )</div><div><br></div><div>     reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/alat)</div><div>               b(1) = (  1.0000  0.0000  0.0000 )</div><div>               b(2) = (  0.0000  1.0000  0.0000 )</div><div>               b(3) = (  0.0000  0.0000  0.5360 )</div><div><br></div><div><br></div><div>     Atoms inside the unit cell:</div><div><br></div><div>     Cartesian axes</div><div><br></div><div>     site n.  atom      mass           positions (alat units)</div><div>        1     Fe  55.8500   tau(    1) = (   -0.00007   -0.00136    0.62792  )</div><div>        2     Fe  55.8500   tau(    2) = (    0.24980   -0.00087    0.62849  )</div><div>        3     Fe  55.8500   tau(    3) = (    0.49993   -0.00255    0.62853  )</div><div>        4     Fe  55.8500   tau(    4) = (    0.75002   -0.00087    0.62849  )</div><div>        5     Fe  55.8500   tau(    5) = (   -0.00005    0.24938    0.62849  )</div><div>        6     Fe  55.8500   tau(    6) = (    0.24963    0.24873    0.62787  )</div><div>        7     Fe  55.8500   tau(    7) = (    0.49994    0.24841    0.62746  )</div><div>        8     Fe  55.8500   tau(    8) = (    0.75032    0.24870    0.62786  )</div><div>        9     Fe  55.8500   tau(    9) = (   -0.00001    0.49875    0.62855  )</div><div>       10     Fe  55.8500   tau(   10) = (    0.24601    0.49950    0.62684  )</div><div>       11     Fe  55.8500   tau(   11) = (    0.50026    0.49642    0.63688  )</div><div>       12     Fe  55.8500   tau(   12) = (    0.75399    0.49952    0.62682  )</div><div>       13     Fe  55.8500   tau(   13) = (   -0.00004    0.74938    0.62848  )</div><div>       14     Fe  55.8500   tau(   14) = (    0.25032    0.74822    0.62796  )</div><div>       15     Fe  55.8500   tau(   15) = (    0.49995    0.75525    0.62629  )</div><div>       16     Fe  55.8500   tau(   16) = (    0.74962    0.74826    0.62794  )</div><div><br></div><div>     Computing dynamical matrix for</div><div>                    q = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000 )</div><div><br></div><div>      2 Sym.Ops. (with q -> -q+G )</div><div><br></div><div><br></div><div>     G cutoff = 9006.8081  ( 278343 G-vectors)     FFT grid: (192,192,360)</div><div>     G cutoff = 2948.5203  (  52132 G-vectors)  smooth grid: (120,120,216)</div><div><br></div><div>     number of k points=     8  mp smearing, width (Ry)=  0.0500</div><div>                       cart. coord. in units 2pi/alat</div><div>        k(    1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div>        k(    2) = (   0.0000000  -0.5000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div>        k(    3) = (  -0.5000000   0.0000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div>        k(    4) = (  -0.5000000  -0.5000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div>        k(    5) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div>        k(    6) = (   0.0000000  -0.5000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div>        k(    7) = (  -0.5000000   0.0000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div>        k(    8) = (  -0.5000000  -0.5000000   0.0000000), wk =   0.2500000</div><div><br></div><div>     PseudoPot. # 1 for Fe read from file:</div><div>     /fs08/home/js_wjliu/qe-6.3/pseudo/Fe.pbe-spn-kjpaw_psl.0.2.1.UPF</div><div>     MD5 check sum: 4338034a7fd945be4bb7db5fd3b2d142</div><div>     Pseudo is Projector augmented-wave + core cor, Zval = 16.0</div><div>     Generated using "atomic" code by A. Dal Corso v.5.0.2 svn rev. 9415</div><div>     Shape of augmentation charge: PSQ</div><div>     Using radial grid of 1191 points,  6 beta functions with:</div><div>                l(1) =   0</div><div>                l(2) =   0</div><div>                l(3) =   1</div><div>                l(4) =   1</div><div>                l(5) =   2</div><div>                l(6) =   2</div><div>     Q(r) pseudized with 0 coefficients</div><div><br></div><div><br></div><div>     Mode symmetry, C_1 (1)     point group:</div><div><br></div><div><br></div><div>     Atomic displacements:</div><div>     There are  48 irreducible representations</div><div><br></div><div>     Representation     1      1 modes -A  To be done</div><div><br></div><div>     Representation     2      1 modes -A  To be done</div><div><br></div><div>     Representation     3      1 modes -A  To be done</div><div><br></div><div>     Representation     4      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation     5      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation     6      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation     7      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation     8      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation     9      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    10      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    11      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    12      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    13      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    14      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    15      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    16      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    17      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    18      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    19      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    20      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    21      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    22      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    23      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    24      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    25      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    26      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    27      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    28      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    29      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    30      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    31      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    32      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    33      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    34      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    35      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    36      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    37      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    38      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    39      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    40      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    41      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    42      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    43      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    44      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    45      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    46      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    47      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Representation    48      1 modes -A  Not done in this run</div><div><br></div><div>     Compute atoms:     1,</div></div><div><br></div><div>Then the CPU cores runs madly for days, but the output file never updates at all.</div><div><br></div><div>I have tested it with 6.1,6.2,6.3 versions of QE. The situation remains the same.</div><div><br></div><div>My QE is compiled by intel compilers. openmpi 1.10.0 is also used for parallel calculation.</div><div><br></div><div>Any help will be deeply appreciated.</div><div><br></div><div>best wishes</div><div><br></div><div>vega</div><div><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px">------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div><div style="  ; ; ;; color: rgb(144, 144, 144); font-size: 12px; ">------------------</div><div><div style="line-height: 23px;"><div style="line-height: 23px;">vega</div><div style="line-height: 23px;">Department of physics, Nanjing University, China</div></div></div></div></div></div><div> </div>