<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Dear Riccardo and forum</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
For some reason the calculation is stuck at that point even when using damping as Giuliana suggested. The pseudos I generated from psilibrary.1.0.0. Maybe its a compilation issue?
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Best regards,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Oier.</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
CIC Energigune<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<pre style="margin: 0em">Hi Oier,
</pre>
<pre>1) don't know, what values did you use?

</pre>
<tt>2) This is normal if you use a too large timestep, you did the correct </tt><tt>thing.
</tt>
<pre style="margin: 0em"></pre>
<tt>3) I tried your input in the last master git version with the following </tt>
<tt>modification: </tt>
<pre style="margin: 0em">vdw_corr = TS   --> vdw_corr = 'TS'

and

</pre>
<tt> Fe 72 Fe.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF  -->  Fe 72 </tt><tt>Fe.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
</tt>
<pre style="margin: 0em">(I didn't find, with a fast search, your pseudo)

and it run without freezing on my laptop with 4 mpi processes.


How did you run your input?


</pre>
<tt>Then I have some comments. You can try to use conjugate gradient (if it </tt>
<tt>works in your case) and </tt>
<pre style="margin: 0em"></pre>
<tt> to avoid the calculation of the stress during the minimization, I had </tt><tt>problems with it in some cases generating strange behaviours.
</tt>
<pre style="margin: 0em">best regards,


Riccardo Bertossa

SISSA





p.s. please include affiliation in the posts




On 10/01/19 17:29, Oier Arcelus wrote:
</pre>
<blockquote style="border-left: #5555EE solid 0.2em; margin: 0em; padding-left: 0.85em">
<pre style="margin: 0em">Dear All,

</pre>
<tt>I am trying to run the cp.x to analyze Na ion dynamics into a rigid </tt><tt>layered host structure. The first test is to try to run the simulation
</tt><tt>on a small unit cell of layered NaFeO2. As I read in the user guide </tt>
<tt><a rel="nofollow" href="https://www.quantum-espresso.org/Doc/cp_user_guide/">https://www.quantum-espresso.org/Doc/cp_user_guide/</a> there are few
</tt><tt>steps. 1) Reach the GS 2) Relax the electrons 3) Run the dynamics. For </tt>
<tt>the first step I am using the following input file: </tt><tt>User's Guide for The Quantum ESPRESSO Car-Parrinello Molecular
</tt><tt>Dynamics <<a rel="nofollow" href="https://www.quantum-espresso.org/Doc/cp_user_guide/">https://www.quantum-espresso.org/Doc/cp_user_guide/</a>>
</tt>
<pre style="margin: 0em">Pietro Delugas 2018-03-16
www.quantum-espresso.org

 &control
   calculation='cp'
   restart_mode='from_scratch',
   iprint = 10
   isave = 100
   ndr = 51
   ndw = 51
   nstep = 100
   tstress = .TRUE.
   tprnfor = .TRUE.
   dt = 2.5d0
   etot_conv_thr = 1.0d-5
   ekin_conv_thr = 1.0d-4
   pseudo_dir='/home/enxararo/NaFeO2/pseudos/',
   outdir='./'
   prefix='nafeo'
 /
 &system
   ibrav = 0
   nat= 12
   ntyp= 3
   ecutwfc = 90
   ecutrho = 900
   nr1b = 20, nr2b = 20, nr3b = 65
   nspin = 2
   tot_magnetization = 5.0
   lda_plus_u = .TRUE.
   Hubbard_U(2) = 3.9
   vdw_corr = TS
 /
 &electrons
   electron_dynamics = 'sd'
 /
 &ions
   ion_dynamics = 'none'
 /
 &cell
   cell_dynamics = 'none'
   press = 0.0d0
 /
 ATOMIC_SPECIES
 Na 51 Na.pbe-spnl-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
 Fe 72 Fe.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
 O 16.0 O.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
 ATOMIC_POSITIONS (crystal)
  Na   0.333332980         0.666666973         0.166666995
  Na   0.000000000         0.000000000         0.500000000
  Na   0.666666991         0.333332969         0.833333020
  Fe   0.000000000         0.000000000         0.000000000
  Fe   0.666666991         0.333332969         0.333332991
  Fe   0.333332980         0.666666973         0.666666980
  O   0.666666991         0.333332969         0.067304000
  O   0.000000000         0.000000000         0.266029012
  O   0.333332980         0.666666973         0.400636998
  O   0.666666991         0.333332969         0.599363031
  O   0.000000000         0.000000000         0.733970988
  O   0.333332980         0.666666973         0.932695992
 CELL_PARAMETERS {angstrom}
        3.0578720570         0.0000000000 0.0000000000
       -1.5289360285         2.6481948829 0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000  16.2363090515

I've noticed a few things.
</pre>
<tt>1) Trying to use the estimation of nr1b, nr2b, and nr3b that appears </tt><tt>in the user guide point 4.4.4 resulted in a SIGSEV:segmentation fault.
</tt><tt>Reducing it to the values of the input I attached solved the problem. </tt>
<tt>2) Using a value of dt = 5.0 resulted in an error from routine 'ortho: </tt><tt>orthogonalization went bananas' or something like that. Setting it to
</tt><tt>dt = 2.5 gets rid of this problem. </tt><tt>3) Last, and most importantly, I've been running this 12 atom system
</tt><tt>for about 6 hours now and it is stuck on the following: </tt>
<pre style="margin: 0em">.
.
.
   Wave Initialization: random initial wave-functions
   Occupation number from init
   spin =   1 nbnd =    46
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
   spin =   2 nbnd =    41
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
    1.00

   formf: eself=   519.42285
   formf:     vps(g=0)=  -0.0016489     rhops(g=0)=  -0.0091918
   formf: sum_g vps(g)=  -0.7698402 sum_g rhops(g)=  -6.4702082
   formf:     vps(g=0)=   0.0136252     rhops(g=0)=  -0.0081705
   formf: sum_g vps(g)=   4.1620329 sum_g rhops(g)=  -5.7512961
   formf:     vps(g=0)=  -0.0001694     rhops(g=0)=  -0.0061279
   formf: sum_g vps(g)=   0.3628532 sum_g rhops(g)=  -4.3134721
   Delta V(G=0):   0.077012Ry,    2.095591eV

   from rhoofr: total integrated electronic density
   spin up
   in g-space =     46.000000   in r-space =    46.000000
   spin down
   in g-space =     41.000000   in r-space =    41.000000

     TS-vdW Pressure (GPa)        2.30153      0
     Total Electronic Pressure (GPa)     7162.86920      0

</pre>
<tt>Is this normal? The scf calculations with pw.x does not take more than </tt><tt>a minute to solve this system. Any help is very much appreciated!
</tt>
<pre style="margin: 0em">Thanks in advance,

Best regards,

Oier.</pre>
</blockquote>
<br>
</div>
</body>
</html>