<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Dear All,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
I am trying to run the cp.x to analyze Na ion dynamics into a rigid layered host structure. The first test is to try to run the simulation on a small unit cell of layered NaFeO2. As I read in the user guide
<a href="https://www.quantum-espresso.org/Doc/cp_user_guide/" id="LPlnk695548">https://www.quantum-espresso.org/Doc/cp_user_guide/</a> there are few steps. 1) Reach the GS 2) Relax the electrons 3) Run the dynamics. For the first step I am using the following
 input file:<br>
</div>
<div id="LPBorder_GTaHR0cHM6Ly93d3cucXVhbnR1bS1lc3ByZXNzby5vcmcvRG9jL2NwX3VzZXJfZ3VpZGUv" class="LPBorder394281" style="width: 100%; margin-top: 16px; margin-bottom: 16px; position: relative; max-width: 800px; min-width: 424px;" contenteditable="false">
<table id="LPContainer394281" role="presentation" style="padding: 12px 36px 12px 12px; width: 100%; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(200, 200, 200); border-radius: 2px;">
<tbody>
<tr style="border-spacing: 0px;" valign="top">
<td style="width: 100%;">
<div id="LPTitle394281" style="font-size: 21px; font-weight: 300; margin-right: 8px; font-family: "wf_segoe-ui_light", "Segoe UI Light", "Segoe WP Light", "Segoe UI", "Segoe WP", Tahoma, Arial, sans-serif; margin-bottom: 12px;">
<a target="_blank" id="LPUrlAnchor394281" href="https://www.quantum-espresso.org/Doc/cp_user_guide/" style="text-decoration: none; color:var(--themePrimary);">User's Guide for The Quantum ESPRESSO Car-Parrinello Molecular Dynamics</a></div>
<div id="LPDescription394281" style="font-size: 14px; max-height: 100px; color: rgb(102, 102, 102); font-family: "wf_segoe-ui_normal", "Segoe UI", "Segoe WP", Tahoma, Arial, sans-serif; margin-bottom: 12px; margin-right: 8px; overflow: hidden;">
Pietro Delugas 2018-03-16</div>
<div id="LPMetadata394281" style="font-size: 14px; font-weight: 400; color: rgb(166, 166, 166); font-family: "wf_segoe-ui_normal", "Segoe UI", "Segoe WP", Tahoma, Arial, sans-serif;">
www.quantum-espresso.org</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<span> &control<br>
</span>
<div>   calculation='cp'<br>
</div>
<div>   restart_mode='from_scratch',<br>
</div>
<div>   iprint = 10<br>
</div>
<div>   isave = 100<br>
</div>
<div>   ndr = 51<br>
</div>
<div>   ndw = 51<br>
</div>
<div>   nstep = 100<br>
</div>
<div>   tstress = .TRUE.<br>
</div>
<div>   tprnfor = .TRUE.<br>
</div>
<div>   dt = 2.5d0<br>
</div>
<div>   etot_conv_thr = 1.0d-5<br>
</div>
<div>   ekin_conv_thr = 1.0d-4<br>
</div>
<div>   pseudo_dir='/home/enxararo/NaFeO2/pseudos/',<br>
</div>
<div>   outdir='./'<br>
</div>
<div>   prefix='nafeo'<br>
</div>
<div> /<br>
</div>
<div> &system<br>
</div>
<div>   ibrav = 0<br>
</div>
<div>   nat= 12<br>
</div>
<div>   ntyp= 3<br>
</div>
<div>   ecutwfc = 90<br>
</div>
<div>   ecutrho = 900<br>
</div>
<div>   nr1b = 20, nr2b = 20, nr3b = 65<br>
</div>
<div>   nspin = 2<br>
</div>
<div>   tot_magnetization = 5.0<br>
</div>
<div>   lda_plus_u = .TRUE.<br>
</div>
<div>   Hubbard_U(2) = 3.9<br>
</div>
<div>   vdw_corr = TS<br>
</div>
<div> /<br>
</div>
<div> &electrons<br>
</div>
<div>   electron_dynamics = 'sd'<br>
</div>
<div> /<br>
</div>
<div> &ions<br>
</div>
<div>   ion_dynamics = 'none'<br>
</div>
<div> /<br>
</div>
<div> &cell<br>
</div>
<div>   cell_dynamics = 'none'<br>
</div>
<div>   press = 0.0d0<br>
</div>
<div> /<br>
</div>
<div> ATOMIC_SPECIES<br>
</div>
<div> Na 51 Na.pbe-spnl-rrkjus_psl.1.0.0.UPF<br>
</div>
<div> Fe 72 Fe.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF<br>
</div>
<div> O 16.0 O.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF<br>
</div>
<div> ATOMIC_POSITIONS (crystal)<br>
</div>
<div>  Na   0.333332980         0.666666973         0.166666995<br>
</div>
<div>  Na   0.000000000         0.000000000         0.500000000<br>
</div>
<div>  Na   0.666666991         0.333332969         0.833333020<br>
</div>
<div>  Fe   0.000000000         0.000000000         0.000000000<br>
</div>
<div>  Fe   0.666666991         0.333332969         0.333332991<br>
</div>
<div>  Fe   0.333332980         0.666666973         0.666666980<br>
</div>
<div>  O   0.666666991         0.333332969         0.067304000<br>
</div>
<div>  O   0.000000000         0.000000000         0.266029012<br>
</div>
<div>  O   0.333332980         0.666666973         0.400636998<br>
</div>
<div>  O   0.666666991         0.333332969         0.599363031<br>
</div>
<div>  O   0.000000000         0.000000000         0.733970988<br>
</div>
<div>  O   0.333332980         0.666666973         0.932695992<br>
</div>
<div> CELL_PARAMETERS {angstrom}<br>
</div>
<div>        3.0578720570         0.0000000000         0.0000000000<br>
</div>
<div>       -1.5289360285         2.6481948829         0.0000000000<br>
</div>
<div>        0.0000000000         0.0000000000        16.2363090515<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
<span></span></div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
I've noticed a few things. <br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
1) Trying to use the estimation of nr1b, nr2b, and nr3b that appears in the user guide point 4.4.4 resulted in a SIGSEV:segmentation fault. Reducing it to the values of the input I attached solved the problem.</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
2) Using a value of dt = 5.0 resulted in an error from routine 'ortho: orthogonalization went bananas' or something like that. Setting it to dt = 2.5 gets rid of this problem.</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
3) Last, and most importantly, I've been running this 12 atom system for about 6 hours now and it is stuck on the following:</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
.</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
.</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
.</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span>   Wave Initialization: random initial wave-functions<br>
</span>
<div>   Occupation number from init<br>
</div>
<div>   spin =   1 nbnd =    46<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>   spin =   2 nbnd =    41<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00<br>
</div>
<div>    1.00<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>   formf: eself=   519.42285<br>
</div>
<div>   formf:     vps(g=0)=  -0.0016489     rhops(g=0)=  -0.0091918<br>
</div>
<div>   formf: sum_g vps(g)=  -0.7698402 sum_g rhops(g)=  -6.4702082<br>
</div>
<div>   formf:     vps(g=0)=   0.0136252     rhops(g=0)=  -0.0081705<br>
</div>
<div>   formf: sum_g vps(g)=   4.1620329 sum_g rhops(g)=  -5.7512961<br>
</div>
<div>   formf:     vps(g=0)=  -0.0001694     rhops(g=0)=  -0.0061279<br>
</div>
<div>   formf: sum_g vps(g)=   0.3628532 sum_g rhops(g)=  -4.3134721<br>
</div>
<div>   Delta V(G=0):   0.077012Ry,    2.095591eV<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>   from rhoofr: total integrated electronic density<br>
</div>
<div>   spin up<br>
</div>
<div>   in g-space =     46.000000   in r-space =    46.000000<br>
</div>
<div>   spin down<br>
</div>
<div>   in g-space =     41.000000   in r-space =    41.000000<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>     TS-vdW Pressure (GPa)        2.30153      0<br>
</div>
<div>     Total Electronic Pressure (GPa)     7162.86920      0<br>
</div>
<span></span></div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Is this normal? The scf calculations with pw.x does not take more than a minute to solve this system. Any help is very much appreciated!</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Thanks in advance,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Best regards,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Oier.<br>
</div>
</body>
</html>