<div dir="ltr">Dear  Stefano<div>Many thanks for you reply.<br><div>I am tried to calculate the energy of isolated ion (the ion which was absorbed in the pore of MOF) so I used <b style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">assume_isolated = 'mt' for energy calculation of Ion.  </b><b style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">assume_isolated = </b>'makov-payne' can be applied only for cubic lactic and my systems are not cubic. If this correction is that you meant but you can give me some clarifications If I misunderstood you.</div><div><br></div><div>Thanks</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat, 1 Dec 2018 at 09:34, Stefano de Gironcoli <<a href="mailto:degironc@sissa.it">degironc@sissa.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p><tt>assume_isolated is an option that applies to a molecule or a</tt>
      cluster surrounded by vacuum.</p>
    <p>Does not work for a defect inside a solid.</p>
    <p>one could estimate the correction in  a way similar to the
      Makov-Payne  method scaling the MP correction with the MOF
      dielectric constant. MP is a correction only to the energy so the
      density and potential are not affected.<br>
    </p>
    <p>stefano<br>
    </p>
    <div class="m_-3741781478486965819moz-cite-prefix">On 30/11/18 19:15, Mohamed Safy wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div dir="ltr">
          <div dir="ltr">
            <div dir="ltr">
              <div dir="ltr">Dear QE users
                <div>I am trying to study the adsorption if some Cations
                  and Anions on the pore of Metal-organic frameworks
                  (MOF). I relaxed the cell which contains the ion and
                  added <span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">tot_charge=1
                    or </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">tot_charge=-1
                    for the cell containing cation and anion. I took the
                    optimized coordinates of the complex, MOF and ion
                    and performed scf calculations with higher </span><font color="#000000"><span style="font-size:14px"><i>ecutwfc
                      </i>and denser K-points. I added the  </span></font><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">tot_charge keyword
                    as follow:</span></div>
                <div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">tot_charge</span> =
                  1 for the complex</div>
                <div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">tot_charge
                    =1 for the ion  <b>i add </b></span><font color="#000000"><span style="font-size:14px"><b>assume_isolated
                        = 'mt'</b></span></font></div>
                <div><font color="#000000"><span style="font-size:14px">removed
                      the keyword for the MOF.</span></font></div>
                <div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px">I
                    calculate the adsorption energy as follow:</span></div>
                <div><font color="#000000"><span style="font-size:14px">E_Adsorbtion=
                    </span><span style="font-size:14px">E</span><font size="1">Complex</font> -<span style="font-size:14px"> E</span><font size="1">MOF</font><span style="font-size:14px"> - E</span><font size="1">adsorbate</font></font><br>
                </div>
                <div><font color="#000000">but I found an
                    overestimated binding energy for my calculations.</font></div>
                <div><font color="#000000">any advice or suggestions,
                    please</font></div>
                <div><font color="#000000">Thanks in Advance</font></div>
                <div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px"><br>
                  </span></div>
                <div><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px"><br>
                  </span></div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="m_-3741781478486965819mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="m_-3741781478486965819moz-quote-pre">_______________________________________________
users mailing list
<a class="m_-3741781478486965819moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a>
<a class="m_-3741781478486965819moz-txt-link-freetext" href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></pre>
    </blockquote>
  </div>

_______________________________________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div>