<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>On Tue, Oct 2, 2018 at 11:46 AM Jan Oliver Oelerich <<a href="mailto:jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de">jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de</a>> wrote:</div><div><br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
What you say makes sense, but doesn't it render the plot_num=21 feature <br>
kind of useless then?<br></blockquote><div><br></div><div>from the documentation:           <br>                   21 = all-electron charge density (valence+core).<br>                        For PAW calculations only; requires a very dense real-space grid.</div><div><br></div><div>If you just need a plot, in particular a 1D plot, you may try code "pawplot".<br> </div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
BTW, using the plot_num=0 for the pseudo charge density also doesn't <br>
give me reasonable results, possibly for the same reason. I guess I need <br>
finer grids even for that case?<br></blockquote><div><br></div><div>no, you should get a very reasonable plot with the FFT grid used in the calculation<br></div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Ultimately I am interested in the total charge density of my system <br>
(including positive charges from the cores); Am I correct that this is <br>
difficult to obtain using QE?<br></blockquote><div><br></div><div>the problem is not QE, it is the plane wave basis set<br></div><div><br> </div><div>Paolo<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Cheers!<br>
<br>
<br>
On 10/2/18 11:37 AM, Alberto Otero de la Roza wrote:<br>
> Hi Jan,<br>
> <br>
> That is normal for the all-electron density. The density peaks at the<br>
> nuclei are very steep, so they are poorly represented by a uniform<br>
> grid and consequently the cube doesn't integrate to the correct number<br>
> of electrons. You can try to make the grid finer but for most systems<br>
> that won't help very much because you would need an unreasonable<br>
> number of grid points to converge it.<br>
> <br>
> Best,<br>
> <br>
> Alberto<br>
> <br>
> --<br>
> Dr. Alberto Otero de la Roza<br>
> Department of Physical and Analytical Chemistry,<br>
> University of Oviedo<br>
> <br>
> <br>
> * Jan Oliver Oelerich <<a href="mailto:jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de" target="_blank">jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de</a>> [2018-10-02 11:28:05 +0200]:<br>
>> Hi QE users,<br>
>><br>
>> I need the total charge density (including core electrons) and calculated it<br>
>> using pp.x's `plot_num=21` method after a converged SCF calculation. (See<br>
>> below for the pw.x and pp.x input files).<br>
>><br>
>> Summing up the values of the `density.cube` file and multiplying the result<br>
>> with the volume element (dV=V/(96*96*180), V in bohr^3) gets me nothing even<br>
>> close to the expected value of 76 electrons. (I get 2.7..)<br>
>><br>
>> What am I missing here? Are my grids too small or is it something about the<br>
>> units that I got wrong?<br>
>><br>
>> Thanks and cheers,<br>
>> Jan Oliver Oelerich<br>
>><br>
>> -------pw.x----------<br>
>> &CONTROL<br>
>>      calculation = 'scf',<br>
>>      prefix     = 'GaN',<br>
>>      pseudo_dir = '/opt/QEPseudos/pslibrary.1.0.0/pbe/PSEUDOPOTENTIALS',<br>
>>      outdir     = './out',<br>
>>      wf_collect = .TRUE.,<br>
>> /<br>
>> &SYSTEM<br>
>>      ecutwfc          = 30.0<br>
>>      ntyp             = 2<br>
>>      nat              = 4<br>
>>      ibrav            = 0<br>
>>      nr1              = 96<br>
>>      nr2              = 96<br>
>>      nr3              = 180<br>
>> /<br>
>> &ELECTRONS<br>
>> /<br>
>><br>
>> ATOMIC_SPECIES<br>
>> Ga 69.723   Ga.pbe-dn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>> N  14.007   N.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>><br>
>> K_POINTS automatic<br>
>> 6 6 4  0 0 0<br>
>><br>
>> CELL_PARAMETERS angstrom<br>
>> 3.18600000000000 0.00000000000000 0.00000000000000<br>
>> -1.59300000000000 2.75915693645722 0.00000000000000<br>
>> 0.00000000000000 0.00000000000000 5.18600000000000<br>
>><br>
>> ATOMIC_POSITIONS angstrom<br>
>> Ga 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000<br>
>> N 0.0000000000 1.8394379576 0.6440642113<br>
>> Ga 0.0000000000 1.8394379576 2.5930000000<br>
>> N 0.0000000000 0.0000000000 3.2370642113<br>
>><br>
>><br>
>> -------pp.x------------<br>
>> &inputpp<br>
>>      prefix  = 'GaN'<br>
>>      outdir = './out'<br>
>>      filplot = 'electron_density.dat'<br>
>>      plot_num = 21<br>
>> /<br>
>> &plot<br>
>>      nfile = 1<br>
>>      filepp(1) = 'electron_density.dat'<br>
>>      weight(1) = 1.0<br>
>>      iflag = 3<br>
>>      output_format = 6<br>
>>      fileout = 'density.cube'<br>
>> /<br>
>><br>
>><br>
>> -- <br>
>> Dr. Jan Oliver Oelerich<br>
>> Philipps-Universität Marburg<br>
>><br>
>> Faculty of Physics and Material Sciences Center<br>
>> Addr.: Room 02D35, Hans-Meerwein-Straße 6, 35032 Marburg, Germany<br>
>> Phone: +49 6421 2822260<br>
>><br>
>> Semiconductor Theory, Department of Physics<br>
>> Addr.: Room 01001, Mainzer Gasse 33, 35032 Marburg, Germany<br>
>> Phone: +49 6421 2824335<br>
>><br>
>> Mail : <a href="mailto:jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de" target="_blank">jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de</a><br>
>> Web  : <a href="http://academics.oelerich.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://academics.oelerich.org</a><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> users mailing list<br>
>> <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
>> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> _______________________________________________<br>
> users mailing list<br>
> <a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
> <a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a><br>
> <br>
<br>
-- <br>
Dr. Jan Oliver Oelerich<br>
Philipps-Universität Marburg<br>
<br>
Faculty of Physics and Material Sciences Center<br>
Addr.: Room 02D35, Hans-Meerwein-Straße 6, 35032 Marburg, Germany<br>
Phone: +49 6421 2822260<br>
<br>
Semiconductor Theory, Department of Physics<br>
Addr.: Room 01001, Mainzer Gasse 33, 35032 Marburg, Germany<br>
Phone: +49 6421 2824335<br>
<br>
Mail : <a href="mailto:jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de" target="_blank">jan.oliver.oelerich@physik.uni-marburg.de</a><br>
Web  : <a href="http://academics.oelerich.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://academics.oelerich.org</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div></div></div>