<div dir="ltr"><div dir="ltr">I don't what may cause this kind of random MPI errors, but those of the original post seem to have a less mysterious origin.  A compilation with bound check (-CB for Intel fortran) yields<br><br>forrtl: severe (408): fort: (2): Subscript #1 of the array KVAL1 has value 167 which is greater than the upper bound of 166<br><br>Image              PC                Routine            Line        Source             <br>pwcond.x           000000000046E942  jbloch_                   162  jbloch.f90<br>pwcond.x           0000000000416D57  compbs_                   244  compbs.f90<br>pwcond.x           00000000004328AA  do_cond_                  520  do_cond.f90<br>pwcond.x           000000000042AB26  MAIN__                     22  condmain.f90<br><br></div><div>This is clearly a programming issue<br><br></div><div>Paolo<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Sep 1, 2018 at 11:04 PM, Holzwarth, Natalie <span dir="ltr"><<a href="mailto:natalie@wfu.edu" target="_blank">natalie@wfu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">I have chimed into the  Quantum Espresso listserve a few times noting a similar problem characterized by an intermittent segmentation fault while running pw.x and ph.x.  Â  Â On our system which runs the Red Hat operating system (RHEL6u9) and intel 2018 compilers we see the segmentation fault when using  <span style="font-size:12.8px;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">OpenMPI 3.1.1 and 3.1.0. compiled with Intel 2018.  Â When we use OpenMPI 2.1.0, the problem does not appear as often.  Â In our case, libpthread is always listed in the error trace.  Â  The specific error message that we get from a ph.x example is pasted below and the run script and UPF are attached, just in case this is useful information.  Â  Â Thanks, Natalie</span><div><span style="font-size:12.8px;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">-----------error from ph.x run------------------</span></div><span class=""><div><span style="font-size:12.8px;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"> </span><span style="font-size:12.8px">Image  Â  Â  Â  Â  Â  Â  PC  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Routine  Â  Â  Â  Â  Â  Line  Â  Â  Â  Source  Â  Â  Â  Â  Â  Â </span></div></span><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0000000000D99A1D  for__signal_handl  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">libpthread-2.12.s  0000003271E0F7E0  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">mca_btl_vader.so  Â 00002AB74BBB99A7  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">libopen-pal.so.40  00002AB738AD3A54  opal_progress  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">libmpi.so.40.10.1  00002AB7384DBC04  ompi_request_defa  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">libmpi.so.40.10.1  00002AB7385384C5  ompi_coll_base_ba  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">libmpi.so.40.10.1  00002AB7384F26F1  MPI_Barrier  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">libmpi_mpifh.so.4  00002AB73826D013  MPI_Barrier_f08  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0000000000BA9E0E  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0000000000B9835B  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 000000000057FE26  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 00000000004BE229  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 00000000004A0F10  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 0000000000415A65  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 000000000040EE73  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 000000000040EDDE  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><a href="http://libc-2.12.so" target="_blank">libc-2.12.so</a>  Â  Â  Â 000000327161ED1D  __libc_start_main  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">ph.x  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 000000000040ECE9  Unknown  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Unknown  Unknown</span></div><div><span style="font-size:12.8px">------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------</span></div><div><span style="font-size:12.8px">mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing</span></div><div><span style="font-size:12.8px">the job to be terminated. The first process to do so was:</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">  Process name: [[24484,1],12]</span></div><div><span style="font-size:12.8px">  Exit code:  Â  174</span></div><div><span style="font-size:12.8px">------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------</span></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-4088132989952130025gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">N. A. W. Holzwarth Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  email: <a href="mailto:natalie@wfu.edu" target="_blank">natalie@wfu.edu</a><div>Department of Physics Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â web: <a href="http://www.wfu.edu/~natalie" target="_blank">http://www.wfu.edu/~natalie</a></div><div>Wake Forest University Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  phone: 1-336-758-5510 </div><div>Winston-Salem, NC 27109 USA Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  office: Rm. 300 Olin Physical Lab</div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 31, 2018 at 5:32 AM, Ankit Jain <span dir="ltr"><<a href="mailto:ajain@fysik.dtu.dk" target="_blank">ajain@fysik.dtu.dk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
Hello Subrata,
<div><br>
</div>
<div>setting 'ulimit -u unlimited' does not help.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Ankit Jain<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 31 Aug 2018, at 11.17, Subrata Jana <<a href="mailto:subrata.jana@niser.ac.in" target="_blank">subrata.jana@niser.ac.in</a>> wrote:</div>
<br class="m_-4088132989952130025m_-2755556786036370479Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:"Lucida Grande","Trebuchet MS",Verdana,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px">Hi,</span></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:"Lucida Grande","Trebuchet MS",Verdana,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></span></div>
<div dir="ltr"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:"Lucida Grande","Trebuchet MS",Verdana,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px">This error was also observed when a different
 version of a compiler was loaded than that used to compile the code. </span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:"Lucida Grande","Trebuchet MS",Verdana,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px">Suggested was to rebuild everything and please
 try this:</span></span><br>
</div>
<div dir="ltr"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:"Lucida Grande","Trebuchet MS",Verdana,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></span></div>
<div dir="ltr"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Lucida Grande, Trebuchet MS, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif" color="#333333"><a href="ftp://ftp.iitb.ac.in/LDP/en/solrhe/ch06s10.html" target="_blank">ftp://ftp.iitb.ac.in/LDP/en/so<wbr>lrhe/ch06s10.html</a></font><br>
</span></div>
<div dir="ltr"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Lucida Grande, Trebuchet MS, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif" color="#333333"><br>
</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Lucida Grande, Trebuchet MS, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif" color="#333333">With Regards,</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Lucida Grande, Trebuchet MS, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif" color="#333333">SJ</font></span></div>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br clear="all">
<div>
<div class="m_-4088132989952130025m_-2755556786036370479gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div style="font-size:12.8px">
<div><b style="color:rgb(56,118,29);font-size:12.8px">------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
</b></div>
<div><b style="color:rgb(56,118,29);font-size:12.8px">SUBRATA JANA</b><br>
</div>
</div>
<div>
<div style="font-size:12.8px"><font color="#38761d"><b>Research Scholar</b></font></div>
<div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font color="#38761d"><b>School of Physical Sciences<br>
National Institute of Science Education and Research (NISER), </b><b style="font-size:12.8px">Bhubaneswar</b></font></div>
<div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font color="#38761d"><b><span style="font-size:12.8px">PO- Bhimpur-Padanpur, </span><span style="font-size:12.8px">Via- Jatni, District:- Khurda</span></b><br style="font-size:12.8px">
</font>
<blockquote style="font-size:12.8px;margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px">
</blockquote>
<b><font color="#38761d">PIN â€“ 752050, Odisha, INDIA</font></b></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Aug 31, 2018 at 2:14 PM, Ankit Jain <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ajain@fysik.dtu.dk" target="_blank">ajain@fysik.dtu.dk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Dear All,
<div><br>
</div>
<div>I am new to PWCOND calculations and I created my input files following the provided examples.</div>
<div>I am trying to do conductance calculation for Metal-conductor-metal system. I am running into SIGSEGV error.</div>
<div><br>
</div>
<div>Things I tried:</div>
<div>- running in serial vs parallel and on larger memory machines (16 cpus with 128 gb memory).</div>
<div>- changing ikind in the <a href="http://pwcond.in/" target="_blank">
pwcond.in</a> input from 1 to 2 as my right and left lead are same material.</div>
<div>- setting ikind =2, and bdr = 40 in the input to pwcond.x (40 is my system size in the z-direction)</div>
<div>- setting ikind=2 and bdl =10 and bds = 30 in the pwcond.x input file. In this case, program does not crash but returns NAN as non-zero value of transmittance.</div>
<div><br>
</div>
<div>My <a href="http://scf.in/" target="_blank">scf.in</a>, <a href="http://pwcond.in/" target="_blank">
pwcond.in</a>, scf.out and pwcond.out files are attached. The program (pwcond.x) dies with the following error:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>Image  Â  Â  Â  Â  Â  Â  PC  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Routine  Â  Â  Â  Â  Â  Line  Â  Â  Â  Source  Â  Â  Â  Â  Â  Â </span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>pwcond.x Â  Â  Â  Â  Â  0000000000BA019D  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libpthread-2.17.s  00007F841B50D6D0  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F4595  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F42D4  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F5F16  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F6215  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F6137  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F60EF  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F918F  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2F8F3D  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2ED4A3  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>libiomp5.so  Â  Â  Â  00007F841A2EFD9E  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>pwcond.x Â  Â  Â  Â  Â  0000000000BE1FAA  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>pwcond.x Â  Â  Â  Â  Â  0000000000418405  compbs_ Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  439  compbs.f90</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>pwcond.x Â  Â  Â  Â  Â  0000000000425A75  do_cond_  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  520  do_cond.f90</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>pwcond.x Â  Â  Â  Â  Â  000000000042096F  MAIN__ Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  22  condmain.f90</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>pwcond.x Â  Â  Â  Â  Â  000000000040E2EE  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span><a href="http://libc-2.17.so/" target="_blank">libc-2.17.so</a> Â  Â  Â  00007F841B153445  __libc_start_main Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>pwcond.x Â  Â  Â  Â  Â  000000000040E1E9  Unknown Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Unknown  Unknown</span></div>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span><br>
</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span><br>
</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>Thank You,</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span><br>
</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>Ankit Jain</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>Postdoctroal Scholar,</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>DTU Physics,</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,255,255)">
<span>Denmark.</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div></div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div></div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div></div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div></div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div></div>
</div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.o<wbr>rg</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso<wbr>.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.o<wbr>rg</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso<wbr>.org/mailman/listinfo/users</a><br></blockquote></div><br></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org">users@lists.quantum-espresso.<wbr>org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-<wbr>espresso.org/mailman/listinfo/<wbr>users</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>
</div>