<div dir="auto"><div>Possibly, here I'm on holiday and I can't really check, bu I think that it is, safer to see this kind of derivative in cartesian coordinates than think what it means to rotate on the basis of the displacements, there could be a d u/d x factor <br><br><div data-smartmail="gmail_signature">-- <br>Lorenzo Paulatto<br>Written on a virtual keyboard with real fingers</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat, 14 Jul 2018, 11:25 JAY Antoine, <<a href="mailto:Antoine.JAY@isae-supaero.fr">Antoine.JAY@isae-supaero.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Lorenzo,<br>I also forget to precise that as (R0+i*0.01U) I mean the norm of i*0.01*U which I defined in the 3Nat space as sqrt(sum_n(at_n_X^2+at_n_Y^2+at_nZ^2))<br>Do you think this can be another source of error?<br><br>Antoine Jay<br><br><br>On Saturday, July 14, 2018 11:09 CEST, "JAY Antoine" <<a href="mailto:Antoine.JAY@isae-supaero.fr" target="_blank" rel="noreferrer">Antoine.JAY@isae-supaero.fr</a>> wrote:<br> <blockquote type="cite" cite="http://35dc-5b49be00-523-78ec4280@128397061"> </blockquote>Dear Lorenzo,<br>As X I convert the atomic displacement to meters:<br>(R0+i*0.01*U)*alat*au2meters<br>where alat is the unit cell parameter (in a.u.)<br>au2meters convert a.u to meters.<br>R0/i*0.01U is in alat units (cubic cell)<br><br>as Y I used the enery obtained in Ry ploted in Joules<br>so d^2E/dXdX is in kg/s^2.<br><br>I think that the difficulty of obtaining someting comparable is in the divison by the masses to obtain a result homogeneous to 1/s^2 (omega^2)<br><br>In fact the dynamical matrix is filled by 1/sqrt(M_ati*M_atj) d^2E/dRatidRatj<br><br>So the equivalent mass for the eigenmode obtained by diagonalising the matrix must be more complicated than just the reduce mass?<br><br>If all my atoms are the same I just have to divide by one mass, but if not....<br><br>Antoine<br><br><br><br><br><br>On Saturday, July 14, 2018 10:51 CEST, Lorenzo Paulatto <<a href="mailto:paulatz@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">paulatz@gmail.com</a>> wrote:<br> <blockquote type="cite" cite="http://CAG+GtJdBb+ST7SLnCmicOhbc-fB6UJuFyd0ad0XM929O-XvwYg@mail.gmail.com"><div dir="auto">Hello Antoine, <div dir="auto">Your procedure does not look obviously wrong to me, but you did not say what X is. <br> <div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">--<br>Lorenzo Paulatto<br>Written on a virtual keyboard with real fingers</div></div></div> <div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat, 14 Jul 2018, 10:43 JAY Antoine, <<a href="mailto:Antoine.JAY@isae-supaero.fr" target="_blank" rel="noreferrer">Antoine.JAY@isae-supaero.fr</a>> wrote:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>I would like to (re)obtain the phonons frequencies that I first obtained using DFPT but from finite difference.<br><br>Lets be R0 the ground state atomic positions and U the normalised atomic displacement of a normal mode obtained from DFPT.<br>I have calculated the total energy from DFT of 11 structures R0+i*0.01*U with i variing from -5 to 5. The so obtained curve is fitted with a second order polynom a0+a1*X+a2*X^2, so that I obtain the second order derivative of the total energy with respect to the atomic displacements of the studied mode: 2*a2. I then divided by the atomic mass (one type of mass) and I should obtain the omega^2, but my resulting value is 3 or four times to big.<br><br>I use a cubic supercell with one type of atom.<br><br>Did someone already performed this kind of work?<br>How should I do with differents atomic masses?<br><br>Thank you very much for your help,<br><br>Antoine Jay<br><br><br><br>  _______________________________________________<br>users mailing list<br><a rel="noreferrer noreferrer" href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">users@lists.quantum-espresso.org</a><br><a rel="noreferrer noreferrer noreferrer" href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div></blockquote><br><br><br> <br><br><br> 
_______________________________________________<br>
users mailing list<br>
<a href="mailto:users@lists.quantum-espresso.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/users</a></blockquote></div></div></div>