<div dir="ltr"><div>1- k-points are not the same in all calculations.<br></div>2- If I were you, just for fun, I would try to make two calculations instead of three. In one of them (molecule+surface) the molecule is far away from the surface (make sure that vacuum in z-direction is large enough) and in the other one (molecule+surface) the molecule adsorbed on the surface. In this way both of your charged supercells will be the same size.  <br></div>