<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Hi,</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Thanks all for the response. I tried to run
<span>Will DeBenedetti</span>'s script for his anatase (001) slab and the calculation runs without an error (on 4 nodes and 20 cores per node). I don't understand though why his script does run and mine does not. Does anybody has an idea about this?</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">I also tried to add 'ndiag=1' for some of my scripts like
<span>Mostafa Youssef</span> suggested, but <span>unfortunately</span> without succes.<span></span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Somebody at my departement suggested to try and run it on 1 node with 20 cores. For some reason this does work. This will probably not be enough power to complete the calculation, but I don't get the error 'problems computing
 cholensky'. Does anybody have a suggestion why it does work on 1 node with 20 cores, but fails when I try to increase my nodes? (except when I try to run Will's script)</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Thanks in advance,</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Laurens Siemons<br>
</p>
<br>
<br>
<div style="color: rgb(20, 19, 18);">
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>Van:</b> pw_forum-bounces@pwscf.org <pw_forum-bounces@pwscf.org> namens Paolo Giannozzi <p.giannozzi@gmail.com><br>
<b>Verzonden:</b> zondag 25 februari 2018 8:33<br>
<b>Aan:</b> PWSCF Forum<br>
<b>Onderwerp:</b> Re: [Pw_forum] Problems computing cholensky</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">You can use cell_parameters together with A or celldm(1).<br>
</div>
<div class="x_gmail_extra"><br>
<div class="x_gmail_quote">On Sat, Feb 24, 2018 at 8:53 PM, Manu Hegde <span dir="ltr">
<<a previewremoved="true" id="LPlnk118496" href="mailto:mhegde@uwaterloo.ca" target="_blank">mhegde@uwaterloo.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="x_gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div class="x_gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi,</div>
<div class="x_gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I do not know much about your system but looking quickly into the crystal structure there is something that might be causing problem. Looks like you have set ibrav=0, in that case you
 have to use card cell_parameters. A=xx not required. Also double check ypur system with xcrysden before starting the calculations.</div>
<div class="x_gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Manu</div>
<div class="x_gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">(SFU)</div>
</div>
<div class="x_HOEnZb">
<div class="x_h5">
<div class="x_gmail_extra"><br>
<div class="x_gmail_quote">On Fri, Feb 23, 2018 at 10:19 AM, <span dir="ltr"><<a previewremoved="true" id="LPlnk71928" href="mailto:elchatz@auth.gr" target="_blank">elchatz@auth.gr</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="x_gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
Hello Laurens Siemons,<br>
<br>
Although I am not one of the experts, I had the same problem in one of<br>
the scf runs I was doing for a GW calculation. Because of the high<br>
number of bands and ecutwfc that I needed to use and in order to get<br>
any results, I had to run the simulation on 100 cores. The strange<br>
thing for me also was that the first one I tried run, but then nothing<br>
again. After a few weeks of trying I was notified by our cluster<br>
services that I should not use more than 60 cores as the I/O<br>
operations that are done by QE were too high and the disk could not<br>
cope. I gave up GW since then, but if there is a solution to this<br>
problem, I would like to hear it too :S<br>
<br>
<br>
Eleni<br>
<div class="x_m_-28545858131076478HOEnZb">
<div class="x_m_-28545858131076478h5"><br>
<br>
Quoting Laurens Siemons <<a previewremoved="true" id="LPlnk314836" href="mailto:laurenssiemons@hotmail.be" target="_blank">laurenssiemons@hotmail.be</a>>:<br>
<br>
> Dear all,<br>
><br>
><br>
> I'm a master student chemistry and I'm using QE (v. 6.1) for a relax<br>
> calculation of a rutile 101 slab with a vacuum above it.<br>
><br>
> I'm getting the famous error:<br>
><br>
><br>
><br>
> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>      Error in routine  cdiaghg (161):<br>
>       problems computing cholesky<br>
><br>
> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
><br>
> I've read almost every related topic on the forum that I could find<br>
> and I tried a lot already to overcome this, like:<br>
> - changing values for ecutwfc and ecutrho<br>
> - changing mixing_beta<br>
> - changing functionals<br>
> - Tried to run the calcualtion with other input files (anatase 101, 001...)<br>
> - Changed diagonalization to 'cg' (In this case it calculates some<br>
> itterations but then crashes with the error: 'Error in routine<br>
> c_bands (1): >> too many bands are not converged')<br>
><br>
> Nothing seems to help and I'm out of options... I even tried to run<br>
> a calculation of my predecessor (that has succeeded in the past) but<br>
> this also failed (he used an older version of QE though...).<br>
><br>
> I'm postig my input file at the end here and I really hope somebody<br>
> can help me.<br>
><br>
> Kind Regards,<br>
> Laurens Siemons<br>
><br>
> &CONTROL<br>
>   calculation = 'relax'<br>
>   restart_mode = "from_scratch",<br>
>   prefix       = "testen",<br>
>   pseudo_dir =<br>
> '/data/antwerpen/204/vsc20442/<wbr>pseudo/pslibrary.1.0.0/wc/PSEU<wbr>DOPOTENTIALS'<br>
>   outdir = '/data/antwerpen/204/vsc20442'<br>
>   nstep = 100<br>
> /<br>
> &SYSTEM<br>
>   ibrav = 0<br>
>   A =    4.59631<br>
>   nat = 36<br>
>   ntyp = 2<br>
>   ecutwfc = 60<br>
>   ecutrho = 600<br>
> /<br>
> &ELECTRONS<br>
>   electron_maxstep = 300<br>
>   mixing_beta = 0.10<br>
>   conv_thr =  1.0d-8<br>
>   mixing_mode = 'local-TF'<br>
>   diago_thr_init = 1e-4<br>
> /<br>
> &IONS<br>
>   ion_dynamics = 'bfgs'<br>
>   ion_positions = 'default'<br>
> /<br>
> CELL_PARAMETERS {alat}<br>
>   1.000000000000000   0.000000000000000   0.640859733133753<br>
>   0.000000000000000   2.000000000000000   0.000000000000000<br>
>   0.000000000000000   0.000000000000000   3.845158398802518<br>
> ATOMIC_SPECIES<br>
>    O   15.99900   O.wc-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>   Ti   47.86700   Ti.wc-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
> ATOMIC_POSITIONS {crystal}<br>
> Ti  -0.000000000000000  -0.000000000000000   0.075000000000000 0 0 0<br>
> Ti  -0.000000000000000  -0.000000000000000   0.408333333333333<br>
> Ti  -0.000000000000000   0.500000000000000   0.241666666666667<br>
> Ti  -0.000000000000000  -0.000000000000000   0.241666666666667<br>
> Ti  -0.000000000000000   0.500000000000000   0.075000000000000 0 0 0<br>
> Ti  -0.000000000000000   0.500000000000000   0.408333333333333<br>
> Ti   0.500000000000000   0.250000000000000   0.075000000000000 0 0 0<br>
> Ti   0.500000000000000   0.250000000000000   0.408333333333333<br>
> Ti   0.500000000000000   0.750000000000000   0.241666666666667<br>
> Ti   0.500000000000000   0.250000000000000   0.241666666666667<br>
> Ti   0.500000000000000   0.750000000000000   0.075000000000000 0 0 0<br>
> Ti   0.500000000000000   0.750000000000000   0.408333333333333<br>
>  O   0.304303000000000   0.152151500000000   0.024282833333333 0 0 0<br>
>  O   0.304303000000000   0.152151500000000   0.357616166666667<br>
>  O   0.304303000000000   0.652151500000000   0.190949500000000<br>
>  O   0.304303000000000   0.152151500000000   0.190949500000000<br>
>  O   0.304303000000000   0.652151500000000   0.024282833333333 0 0 0<br>
>  O   0.304303000000000   0.652151500000000   0.357616166666667<br>
>  O   0.695697000000000   0.347848500000000   0.459050500000000<br>
>  O   0.695697000000000   0.347848500000000   0.292383833333333<br>
>  O   0.695697000000000   0.847848500000000   0.125717166666667 0 0 0<br>
>  O   0.695697000000000   0.347848500000000   0.125717166666667 0 0 0<br>
>  O   0.695697000000000   0.847848500000000   0.459050500000000<br>
>  O   0.695697000000000   0.847848500000000   0.292383833333333<br>
>  O   0.804303000000000   0.097848500000000   0.024282833333333 0 0 0<br>
>  O   0.804303000000000   0.097848500000000   0.357616166666667<br>
>  O   0.804303000000000   0.597848500000000   0.190949500000000<br>
>  O   0.804303000000000   0.097848500000000   0.190949500000000<br>
>  O   0.804303000000000   0.597848500000000   0.024282833333333 0 0 0<br>
>  O   0.804303000000000   0.597848500000000   0.357616166666667<br>
>  O   0.195697000000000   0.402151500000000   0.125717166666667 0 0 0<br>
>  O   0.195697000000000   0.402151500000000   0.459050500000000<br>
>  O   0.195697000000000   0.902151500000000   0.292383833333333<br>
>  O   0.195697000000000   0.402151500000000   0.292383833333333<br>
>  O   0.195697000000000   0.902151500000000   0.125717166666667 0 0 0<br>
>  O   0.195697000000000   0.902151500000000   0.459050500000000<br>
> K_POINTS {automatic}<br>
> 4 4 6 1 1 1<br>
<br>
<br>
<br>
</div>
</div>
<span class="x_m_-28545858131076478HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
Dr. Eleni Chatzikyriakou<br>
Computational Physics lab<br>
Aristotle University of Thessaloniki<br>
<a previewremoved="true" id="LPlnk566366" href="mailto:elchatz@auth.gr" target="_blank">elchatz@auth.gr</a> - tel:<a previewremoved="true" id="LPlnk183008" href="tel:%2B30%202310%20998109" value="+302310998109" target="_blank">+30 2310 998109</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a previewremoved="true" id="LPlnk467628" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a previewremoved="true" id="LPlnk509954" href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listi<wbr>nfo/pw_forum</a><br>
</font></span></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a previewremoved="true" id="LPlnk259953" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a previewremoved="true" id="LPlnk795802" href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
<div class="x_gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>