<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><br></div>Dear Expert,<br><br></div> I have created a Zr supercell with 16 atoms (the positions of the atoms are given in the input file below). Zr has the spacegroup P 63/m m c (No. 194). <br><br></div> However, in output I notice, <br><br>Found symmetry operation: I + ( -0.5000  0.5000  0.0000)<br>     This is a supercell, fractional translations are disabled<br>     Found symmetry operation: I + ( -0.5000  0.5000  0.0000)<br>     This is a supercell, fractional translations are disabled<br><br></div>Now, although the space group has no fractional translational along a and b, I think the fractional translations are identified as it is a supercell. But why there is no fractional translation identified along c? There is a fractional transformation along c in this spacegroup. <br><br></div> I will be grateful for your kind explanation. I am attaching the input below and some part of the output.<br>-------------------------------------------<br>cat > thermo_control << EOF<br> &INPUT_THERMO<br>  what='mur_lc_elastic_constants',<br>  frozen_ions=.FALSE.<br> /<br>EOF<br><br>cat > <a href="http://zr.elastic.in">zr.elastic.in</a> << EOF<br> &control<br>    calculation = 'scf'<br>    restart_mode='from_scratch',<br>    prefix='zr',<br>    tstress = .true., <br>   tprnfor = .true.,<br>    pseudo_dir = '$PSEUDO_DIR/',<br>    outdir='$TMP_DIR/'<br> /<br> &system<br>    ibrav=  4, <br>    celldm(1) =12.241645, <br>    celldm(3) = 1.59185, <br>    nat= 16, <br>    ntyp= 1,<br>    ecutwfc=50.0,<br>   ecutrho = 430,<br>   occupations='smearing', <br>   smearing='marzari-vanderbilt', <br>   degauss=0.02<br>   starting_magnetization(1) = 0.7,<br>   use_all_frac = .true. <br> /<br> &electrons<br>    conv_thr =  1.0d-10<br> /<br>ATOMIC_SPECIES<br> Zr  91.22  Zr.pz-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS (angstrom)<br>Zr    0.000000    1.870038    1.289000<br>Zr    3.239000    3.740075    9.023001<br>Zr    1.619500    4.675094    1.289000<br>Zr    1.619500    0.935019    9.023001<br>Zr   -1.619500    4.675094    1.289000<br>Zr    4.858500    0.935019    9.023001<br>Zr    3.239000    3.740075    3.867000<br>Zr    1.619500    0.935019    3.867000<br>Zr    4.858500    0.935019    3.867000<br>Zr    0.000000    1.870038    6.445000<br>Zr    1.619500    4.675094    6.445000<br>Zr   -1.619500    4.675094    6.445000<br>Zr    3.239000    1.870038    1.289000<br>Zr    0.000000    3.740075    9.023001<br>Zr    0.000000    3.740075    3.867000<br>Zr    3.239000    1.870038    6.445000<br>K_POINTS AUTOMATIC<br>5 5 3 0 0 0 <br><br><br>EOF<br><br>---------------------------------------------------------------------<br><br>Info: using nr1, nr2, nr3 values from input<br>     Found symmetry operation: I + ( -0.5000  0.5000  0.0000)<br>     This is a supercell, fractional translations are disabled<br>     Found symmetry operation: I + ( -0.5000  0.5000  0.0000)<br>     This is a supercell, fractional translations are disabled<br><br><br>     Computing the elastic constants at the minimum volume <br><br>     FFT mesh: (   81,   81,  135 )<br><br>     Bravais lattice:<br><br>     ibrav=  4: hexagonal<br>     Cell parameters:<br><br>     alat=  12.241645 a.u., c/a=   1.591850<br><br><br>     Starting primitive lattice vectors:<br>     crystal axes: (cart. coord. in units of alat)<br><br>               a(1) = (   1.000000   0.000000   0.000000 )  <br>               a(2) = (  -0.500000   0.866025   0.000000 )  <br>               a(3) = (   0.000000   0.000000   1.591850 )  <br><br>     Starting reciprocal lattice vectors:<br>     reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/alat)<br><br>               b(1) = (  1.000000  0.577350 -0.000000 )  <br>               b(2) = (  0.000000  1.154701  0.000000 )  <br>               b(3) = (  0.000000 -0.000000  0.628200 )  <br><br>     Starting atomic positions in Cartesian axes:<br><br>     site n.     atom                  positions (alat units)<br>         1           Zr  tau(   1) = (   0.0000000   0.2886752   0.1989812  )<br>         2           Zr  tau(   2) = (   0.5000000   0.5773503   1.3928684  )<br>         3           Zr  tau(   3) = (   0.2500000   0.7216879   0.1989812  )<br>         4           Zr  tau(   4) = (   0.2500000   0.1443376   1.3928684  )<br>         5           Zr  tau(   5) = (  -0.2500000   0.7216879   0.1989812  )<br>         6           Zr  tau(   6) = (   0.7500001   0.1443376   1.3928684  )<br>         7           Zr  tau(   7) = (   0.5000000   0.5773503   0.5969435  )<br>         8           Zr  tau(   8) = (   0.2500000   0.1443376   0.5969435  )<br>         9           Zr  tau(   9) = (   0.7500001   0.1443376   0.5969435  )<br>        10           Zr  tau(  10) = (   0.0000000   0.2886752   0.9949059  )<br>        11           Zr  tau(  11) = (   0.2500000   0.7216879   0.9949059  )<br>        12           Zr  tau(  12) = (  -0.2500000   0.7216879   0.9949059  )<br>        13           Zr  tau(  13) = (   0.5000000   0.2886752   0.1989812  )<br>        14           Zr  tau(  14) = (   0.0000000   0.5773503   1.3928684  )<br>        15           Zr  tau(  15) = (   0.0000000   0.5773503   0.5969435  )<br>        16           Zr  tau(  16) = (   0.5000000   0.2886752   0.9949059  )<br><br>     Starting atomic positions in crystallographic axes:<br><br>     site n.     atom                  positions (cryst. coord.)<br>         1           Zr  tau(   1) = (  0.1666667  0.3333334  0.1250000  )<br>         2           Zr  tau(   2) = (  0.8333334  0.6666667  0.8749998  )<br>         3           Zr  tau(   3) = (  0.6666667  0.8333334  0.1250000  )<br>         4           Zr  tau(   4) = (  0.3333334  0.1666667  0.8749998  )<br>         5           Zr  tau(   5) = (  0.1666667  0.8333334  0.1250000  )<br>         6           Zr  tau(   6) = (  0.8333334  0.1666667  0.8749998  )<br>         7           Zr  tau(   7) = (  0.8333334  0.6666667  0.3749999  )<br>         8           Zr  tau(   8) = (  0.3333334  0.1666667  0.3749999  )<br>         9           Zr  tau(   9) = (  0.8333334  0.1666667  0.3749999  )<br>        10           Zr  tau(  10) = (  0.1666667  0.3333334  0.6249998  )<br>        11           Zr  tau(  11) = (  0.6666667  0.8333334  0.6249998  )<br>        12           Zr  tau(  12) = (  0.1666667  0.8333334  0.6249998  )<br>        13           Zr  tau(  13) = (  0.6666668  0.3333334  0.1250000  )<br>        14           Zr  tau(  14) = (  0.3333334  0.6666667  0.8749998  )<br>        15           Zr  tau(  15) = (  0.3333334  0.6666667  0.3749999  )<br>        16           Zr  tau(  16) = (  0.6666668  0.3333334  0.6249998  )<br><br>     The energy minimization will require  9 scf calculations<br><br>     The point group 118 D_3d (-3m) is compatible with the Bravais lattice.<br><br>     The rotation matrices with the order used inside thermo_pw are:<br><br>     12 Sym. Ops., with inversion, found<br><br><br>                          s                  frac. trans.<br><br>      isym =  1     identity                                     <br><br> cryst.   s( 1) = (  1    0    0   )<br>                  (  0    1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 1) = (  1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000  1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  2     180 deg rotation - cart. axis [1,0,0]        <br><br> cryst.   s( 2) = (  1    0    0   )<br>                  ( -1   -1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 2) = (  1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000 -1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  3     120 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]       <br><br> cryst.   s( 3) = (  0    1    0   )<br>                  ( -1   -1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 3) = ( -0.500 -0.866  0.000 )<br>                  (  0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  4     120 deg rotation - cryst. axis [0,0,-1]      <br><br> cryst.   s( 4) = ( -1   -1    0   )<br>                  (  1    0    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 4) = ( -0.500  0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  5     180 deg rotation - cryst. axis [0,1,0]       <br><br> cryst.   s( 5) = ( -1   -1    0   )<br>                  (  0    1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 5) = ( -0.500 -0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866  0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  6     180 deg rotation - cryst. axis [1,1,0]       <br><br> cryst.   s( 6) = (  0    1    0   )<br>                  (  1    0    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 6) = ( -0.500  0.866  0.000 )<br>                  (  0.866  0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  7     inversion                                    <br><br> cryst.   s( 7) = ( -1    0    0   )<br>                  (  0   -1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 7) = ( -1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000 -1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  8     inv. 180 deg rotation - cart. axis [1,0,0]   <br><br> cryst.   s( 8) = ( -1    0    0   )<br>                  (  1    1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 8) = ( -1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000  1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  9     inv. 120 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]  <br><br> cryst.   s( 9) = (  0   -1    0   )<br>                  (  1    1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 9) = (  0.500  0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866  0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym = 10     inv. 120 deg rotation - cryst. axis [0,0,-1] <br><br> cryst.   s(10) = (  1    1    0   )<br>                  ( -1    0    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s(10) = (  0.500 -0.866  0.000 )<br>                  (  0.866  0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym = 11     inv. 180 deg rotation - cryst. axis [0,1,0]  <br><br> cryst.   s(11) = (  1    1    0   )<br>                  (  0   -1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s(11) = (  0.500  0.866  0.000 )<br>                  (  0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym = 12     inv. 180 deg rotation - cryst. axis [1,1,0]  <br><br> cryst.   s(12) = (  0   -1    0   )<br>                  ( -1    0    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s(12) = (  0.500 -0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>     point group D_3d (-3m) <br>     there are  6 classes<br>     the character table:<br><br>       E     2C3   3C2'  i     2S6   3s_d <br>A_1g   1.00  1.00  1.00  1.00  1.00  1.00<br>A_2g   1.00  1.00 -1.00  1.00  1.00 -1.00<br>E_g    2.00 -1.00  0.00  2.00 -1.00  0.00<br>A_1u   1.00  1.00  1.00 -1.00 -1.00 -1.00<br>A_2u   1.00  1.00 -1.00 -1.00 -1.00  1.00<br>E_u    2.00 -1.00  0.00 -2.00  1.00  0.00<br><br>     the symmetry operations in each class and the name of the first element:<br><br>     E        1<br>          identity                                               <br>     2C3      3    4<br>          120 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]                 <br>     3C2'     2    5    6<br>          180 deg rotation - cart. axis [1,0,0]                  <br>     i        7<br>          inversion                                              <br>     2S6      9   10<br>          inv. 120 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]            <br>     3s_d     8   11   12<br>          inv. 180 deg rotation - cart. axis [1,0,0]             <br><br>     Space group identification,  12 symmetries:<br><br>     Bravais lattice   4  hexagonal                               <br>     Point group number  25 / 118  D_3d (-3m)<br><br>     Nonsymmorphic operations not found: All fractional translations vanish<br>     Symmetries of the point group in standard order<br><br>        1       E   1<br>        2      3z  27<br>        3     3-z  28<br>        4      2x   4<br>        5    2110  32<br>        6    2010  31<br>        7       i  33<br>        8     i3z  59<br>        9    i3-z  60<br>       10     i2x  36<br>       11   i2110  64<br>       12   i2010  63<br><br><br>     Space group nymber  164<br><br>     Space group P-3m1   (group number 164).<br>     The origin coincides with the ITA tables.<br><br>     The Laue class is D_3d (-3m) <br><br>     In this class the elastic tensor is<br><br>     ( c11  c12  c13  c14   .    .  )<br>     ( c12  c11  c13 -c14   .    .  )<br>     ( c13  c13  c33   .    .    .  )<br>     ( c14 -c14   .   c44   .    .  )<br>     (  .    .    .    .   c44  c14 )<br>     (  .    .    .    .   c14   X  )<br>     X=(c11-c12)/2<br><br>     It requires three strains: e1, e3, and e4<br>     for a total of 12 scf calculations<br><br>     ----------------------------------------------------------------------<br>     Ions are relaxed in each calculation<br>     ----------------------------------------------------------------------<br><br>--------------------------------------------------------<br><br></div>Thanks,<br></div>Best regards,<br></div>Krishnendu<br clear="all"><div><div><div><div><div><div><div><div><br><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div>Dr. Krishnendu Mukherjee,</div></div><div><br></div><div>Principal Scientist,</div><div>CSIR-NML,</div><div>Jamshedpur.</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div>